Table 1.
Isolates and accession numbers for rpb2 and tef1 sequences used in the phylogenetic trees, either determined in this study or retrieved from GenBank (NCBI) or (*) from the multiloci database of the ISTH webpage (www.isth.info/tools/blast/show_all_seq.php).
| Name part I | (Sub-) Continent1 | Strain | Accession rpb2 | Accession tef1 | Used in Fig. |
|---|---|---|---|---|---|
| Aphysiostroma stercorarium Barrasa et al. | E | ATCC62321 | EF469103 | -- | 1 |
| A. stercorarium | -- | CBS 148.85 | -- | FJ860607 | 1 |
| Hypocrea aeruginea Jaklitsch | E | CBS 120541 | FJ860516 | FJ860608 | 1, 2 |
| Trichoderma aggressivum Samuels & W. Gams | E | CBS 100525 | AF545541 | -- | 1 |
| H. alcalifuscescens Overton | E | TFC 181548 | DQ834462 | -- | 1 |
| H. alcalifuscescens | -- | TFC 00-36 | -- | FJ860610 | 1 |
| H. alni Jaklitsch | E | CBS 120633 | EU498349 | EU498312 | 1, 2 |
| H. alni | -- | C.P.K. 2494 | -- | EU498313 | 2 |
| H. alni | -- | C.P.K. 2854 | -- | EU498314 | 2 |
| H. alni | -- | C.P.K. 2858 | -- | EU498315 | 2 |
| H. alutacea (Pers.: Fr.) Tul. & C. Tul. | E | CBS 120535 | FJ179600 | FJ179567 | 1 |
| H. americana (Canham) Overton | NA | G.J.S. 92-93 | DQ835455 | -- | 1 |
| H. americana | -- | AFTOL-ID52 | -- | DQ471043 | 1 |
| T. arundinaceum Zafari, Gräfenhan & Samuels | Af, As, NA | ATCC 90237 | EU338326 | -- | 1 |
| T. asperellum Samuels, Lieckf. & Nirenberg | C | CBS 433.97 | EU248617 | -- | 1 |
| H. atrogelatinosa Dingley | Au | G.J.S. 95-159 | AF545508 | AF534603 | 1 |
| H. atroviridis Dodd, Lieckf. & Samuels | A, Au, E | CBS 119499 | FJ860518 | FJ860611 | 1 |
| H. aureoviridis Plowr. & Cooke | E | CBS 120536 | FJ179602 | -- | 1 |
| H. aureoviridis | -- | C.P.K. 2848 | -- | FJ860615 | 1, 2 |
| H. aureoviridis | -- | C.P.K. 2849 | -- | FJ860616 | 2 |
| H. aureoviridis | -- | C.P.K. 2857 | -- | FJ860617 | 2 |
| H. austrokoningii Samuels & Druzhin. | Au | CBS 247.63 | FJ442772 | -- | 1 |
| H. avellanea Rogerson & S.T. Carey | NA | CTR 77-155 | AF545562 | AY225857 | 1 |
| T. brevicompactum G.F. Kraus, C.P. Kubicek & W. Gams | C? | CBS 112443 | EU338319 | -- | 1 |
| T. brevicompactum | -- | TUBF 1076 | -- | ISTH* | 1 |
| H. brunneoviridis Jaklitsch | E | CBS 121130 | -- | EU498316 | 2 |
| H. brunneoviridis | -- | C.P.K. 2425 | -- | EU498317 | 2 |
| H. brunneoviridis | -- | CBS 120928 | EU498358 | EU498318 | 1, 2 |
| H. candida P. Chaverri & Samuels | CA | P.C. 59 | AY391899 | AY391962 | 1 |
| H. catoptron Berk. & Broome | Af, As | G.J.S. 02-76 | AY391900 | AY391963 | 1 |
| H. ceracea P. Chaverri & Samuels | NA | G.J.S. 88-28 | AY391901 | AY391964 | 1 |
| H. ceramica Ellis & Everh. | NA | CBS 114576 | FJ860531 | FJ860628 | 1, 2 |
| T. cerinum Bissett, C.P. Kubicek & Szakacs | As, E | CBS 120637 | FJ860532 | FJ860629 | 1, 2 |
| H. chlorospora Berk. & M.A. Curtis | CA, NA | G.J.S. 88-33 | AY391903 | AY391966 | 1 |
| H. chromosperma M.A. Curtis & Peck | NA | G.J.S. 94-68 | AY391913 | AY391974 | 1 |
| H. cinereoflava Samuels & Seifert | NA | G.J.S. 92-102 | DQ834461 | DQ834454 | 1 |
| H. cinnamomea P. Chaverri & Samuels | As, NA | G.J.S. 97-230 | AY391918 | -- | 1 |
| H. cinnamomea | -- | G.J.S. 97-237 | -- | AY391979 | 1 |
| H. citrina (Pers.: Fr.) Fr. | E, J, NA | C.P.K. 960 | FJ179603 | FJ860631 | 1 |
| H. costaricensis P. Chaverri & Samuels | CA | P.C. 21 | AY391921 | AY391980 | 1 |
| H. crassa P. Chaverri & Samuels | As, NA | G.J.S. 01-227 | AY481587 | -- | 1 |
| H. crassa | -- | DAOM 164916 | -- | AF534615 | 1 |
| H. cremea P. Chaverri & Samuels | Au, NA | G.J.S. 91-125 | AF545511 | AF534598 | 1 |
| H. crystalligena Jaklitsch | E | C.P.K. 1911 | DQ345348 | DQ345344 | 1 |
| H. cuneispora P. Chaverri & Samuels | NA | G.J.S. 91-93 | AF545512 | AF534600 | 1 |
| H. dacrymycella Cooke & Plowr. | E | WU 29044 | FJ860533 | FJ860633 | 1, 2 |
| H. danica Jaklitsch | E | CBS 121273 | FJ860534 | FJ860634 | 1, 2 |
| H. decipiens Jaklitsch, K. Põldmaa & Samuels | E, NA | G.J.S. 91-101 | DQ835520 | -- | 1 |
| H. decipiens | -- | CBS 121307 | -- | FJ860635 | 1 |
| H. delicatula Tul. & C. Tul. | E | CBS 120631 | FJ860535 | FJ860636 | 1 |
| H. dorotheae Samuels & Dodd | Au | G.J.S. 99-202 | EU248602 | -- | 1 |
| H. epimyces Jaklitsch | E | C.P.K. 1980 | EU498359 | EU498319 | 1, 2 |
| H. epimyces | -- | CBS 120534 | -- | EU498320 | 1, 2 |
| H. epimyces | -- | C.P.K. 2417 | -- | EU498321 | 2 |
| H. epimyces | -- | C.P.K. 2487 | -- | EU498322 | 2 |
| T. erinaceus Bissett, C.P. Kubicek & Szakacs | As | DIS 7 | EU248604 | -- | 1 |
| H. estonica P. Chaverri & Samuels | E | CBS 121556 | FJ860536 | FJ860637 | 1, 2 |
| H. estonica | -- | CBS 111147 | -- | FJ860638 | 2 |
| H. eucorticioides Overton | CA, SA | G.J.S. 99-61 | DQ835518 | DQ835474 | 1 |
| T. fertile Bissett | E, NA | DAOM 167070 | AF545545 | AF534617 | 1 |
| H. flaviconidia P. Chaverri, Druzhin. & Samuels | CA | G.J.S. 99-49 | EU883557 | -- | 1 |
| H. flaviconidia | -- | C.P.K. 455 | -- | AY665711 | 1 |
| H. fomiticola Jaklitsch | E | CBS 121136 | FJ860538 | FJ860639 | 1 |
| H. gelatinosa (Tode : Fr.) Fr. | E | C.P.K. 1618 | FJ179604 | FJ179569 | 1, 2 |
| T. hamatum (Bonord.) Bainier | C | DAOM 167057 | AF545548 | AF534620 | 1 |
| T. helicum Bissett, C.P. Kubicek & Szakacs | As | DAOM 230021 | DQ087239 | ISTH* | 1 |
| T. intricatum Samuels & Dodd | As, CA | G.J.S. 02-78 | EU241505 | -- | 1 |
| H. jecorina Berk. & Broome | PT | TUBF 363 | DQ087241 | -- | 1 |
| H. jecorina | -- | QM9414 | -- | Z23012 | 1 |
| H. koningii Lieckf., Samuels & W. Gams | E, NA | CBS 119500 | FJ860541 | -- | 1 |
| H. koningii | -- | C.P.K. 3564 | -- | FJ860642 | 1 |
| H. koningiopsis Samuels | A, (Af, E) | G.J.S. 93-20 | EU241506 | -- | 1 |
| H. leucopus (P. Karst.) H.L. Chamb. | E, NA | CBS 122499 | FJ179605 | FJ179571 | 1 |
| H. lixii Pat. | C | C.P.K. 1934 | FJ17960 | FJ179573 | 1, 2 |
| H. lixii | -- | C.P.K. 1935 | -- | EU498324 | 2 |
| H. lixii | -- | C.P.K. 1941 | -- | EU498325 | 2 |
| T. longibrachiatum Rifai | C? | CBS 816.68 | DQ087242 | EU401591 | 1 |
| H. longipilosa Jaklitsch | E, (NA) | CBS 120953 | FJ860542 | FJ860643 | 1, 2 |
| H. lutea (Tode) Petch | C? | CBS 121131 | FJ179609 | FJ860644 | 1 |
| H. megalocitrina Yoshim. Doi | J, NA | BEO 00-09 | AF545563 | AY225855 | 1 |
| H. melanomagna P. Chaverri & Samuels | Au | G.J.S. 99-153 | AY391926 | AY391985 | 1 |
| H. microcitrina Yoshim. Doi | J, NA | G.J.S. 91-61 | DQ835460 | DQ835478 | 1 |
| H. minutispora B.S. Lu, Fallah & Samuels | E, NA | CBS 121276 | FJ179610 | FJ179574 | 1 |
| H. moravica Petr. | E | C.P.K. 2489 | FJ860549 | -- | 1 |
| H. moravica | -- | C.P.K. 2411 | -- | FJ860650 | 1 |
| H. neorufa Samuels, Dodd & Lieckf. | E, NA | CBS 119498 | FJ860550 | FJ860653 | 1 |
| H. nigrovirens P. Chaverri & Samuels | CA | G.J.S. 99-64 | AF545518 | AF534582 | 1 |
| H. novaezelandiae Samuels & O. Petrini | Au | TR 175 | DQ857348 | -- | 1 |
| H. nybergiana T. Ulvinen & H.L. Chamb. | E | CBS 122500 | FJ179611 | FJ179575 | 1 |
| T. oblongisporum Bissett | NA | DAOM 167085 | AF545551 | AF534623 | 1 |
| H. ochroleuca Berk. & Ravenel | E, NA | CBS 119502 | FJ860556 | FJ860659 | 1 |
| T. ovalisporum Samuels & Schroers | SA | DIS 70A | FJ442742 | -- | 1 |
| H. pachybasioides Yoshim. Doi | C? | C.P.K. 2461 | FJ179613 | -- | 1 |
| H. pachybasioides | -- | C.P.K. 3131 | -- | FJ860661 | 1 |
| H. parapilulifera B.S. Lu, Druzhin. & Samuels | Au, E, NA | CBS 120921 | FJ179614 | FJ179578 | 1 |
| H. parepimyces Jaklitsch | E | CBS 122769 | FJ860562 | FJ860664 | 1, 2 |
| H. parepimyces | -- | CBS 122768 | -- | FJ860665 | 2 |
| H. parestonica Jaklitsch | E | C.P.K. 2427 | -- | FJ860666 | 2 |
| H. parestonica | -- | CBS 120636 | FJ860565 | FJ860667 | 1, 2 |
| H. parmastoi Overton | E | CBS 121139 | FJ860567 | FJ860668 | 1 |
| T. paucisporum Samuels, C. Suárez & K. Solis | SA | G.J.S. 01-13 | FJ150787 | -- | 1 |
| H. petersenii Samuels, Dodd & Schroers | E, NA | CBS 119507 | FJ860568 | FJ860670 | 1 |
| H. phyllostachydis P. Chaverri & Candoussau | E | CBS 114071 | FJ860570 | FJ860673 | 1, 2 |
| H. pilulifera J. Webster & Rifai | E | CBS 120927 | FJ179615 | FJ860674 | 1 |
| H. placentula Grove | E | CBS 121134 | FJ860572 | -- | 1 |
| H. placentula | -- | CBS 120924 | -- | FJ179580 | 1 |
| H. protopulvinata Yoshim. Doi | E, J, NA | C.P.K. 2434 | FJ860574 | FJ860677 | 1 |
| T. protrudens Samuels & P. Chaverri | As | DIS 119F | EU338322 | -- | 1 |
| H. pseudostraminea Yoshim. Doi | J, NA | G.J.S. 90-74 | DQ835454 | -- | 1 |
| H. pseudostraminea | -- | G.J.S. 95-189 | -- | DQ005521, DQ835446, DQ835480 combined | 1 |
| H. psychrophila E. Müll., Aebi & J. Webster | E | C.P.K. 1602 | FJ860575 | FJ860680 | 1 |
| T. pubescens Bissett | NA | DAOM 166162 | EU248613 | AF534624 | 1 |
| H. pulvinata Fuckel | E, NA | CBS 121279 | FJ860577 | FJ860683 | 1 |
| H. rodmanii Samuels & P. Chaverri | E, NA | C.P.K. 2852 | FJ860581 | FJ860688 | 1 |
| H. rogersonii Samuels | E, NA | CBS 119503 | FJ860583 | FJ860690 | 1 |
| T. rossicum Bissett, C.P. Kubicek & Szakacs | R | DAOM 230009 | DQ087240 | -- | 1 |
| H. rufa (Pers.: Fr.) Fr. | E, NA | CBS 119325 | EU711362 | DQ672615 | 1 |
| T. saturnisporum Hammill | C? | CBS 330.70 | DQ087243 | -- | 1 |
| T. scalesiae Samuels & H.C. Evans | SA | G.J.S. 03-74 | EU252007 | -- | 1 |
| H. schweinitzii (Fr.) Sacc. | E, NA | CBS 121275 | FJ860586 | -- | 1 |
| H. schweinitzii | -- | C.P.K. 2005 | -- | FJ860694 | 1 |
| H. semiorbis (Berk.) Sacc. | Au | DAOM 167636 | AF545522 | AF545568 | 1 |
| H. seppoi Jaklitsch | E | CBS 122498 | FJ179617 | FJ179581 | 1 |
| H. sinuosa P. Chaverri & Samuels | A, E | C.P.K. 1595 | FJ179619 | FJ860697 | 1, 2 |
| H. sinuosa | -- | C.P.K. 2008 | -- | FJ860698 | 2 |
| H. spinulosa Fuckel | E | CBS 121280 | FJ860589 | FJ860699 | 1, 2 |
| H. spinulosa | -- | CBS 121272 | FJ860590 | FJ860700 | 1, 2 |
| H. spinulosa | -- | CBS 311.50 | FJ860591 | -- | 1, 2 |
| T. spirale Bissett | C | DIS 311D | FJ442694 | -- | 1 |
| T. spirale | -- | DAOM 183974 | -- | AF534626 | 1 |
| H. stilbohypoxyli B.S. Lu & Samuels | A, Af, E | C.P.K. 1977 | FJ860592 | FJ860702 | 1 |
| H. straminea P. Chaverri & Samuels | As | G.J.S. 02-84 | AY391945 | AY391999 | 1 |
| H. strictipilosa P. Chaverri & Samuels | E, J, NA | C.P.K. 1601 | FJ860594 | FJ860704 | 1, 2 |
| H. strictipilosa | -- | C.P.K. 3135 | -- | FJ179583 | 2 |
| T. strigosum Bissett | A | DAOM 166121 | EU248605 | AF534629 | 1 |
| T. stromaticum Samuels & Pardo-Schulth. | SA | P.C. 209 | AF545539 | AF534613 | 1 |
| H. subalpina Petr. | E | CBS 119128 | FJ860595 | FJ860705 | 1 |
| H. sulawesensis Yoshim. Doi | As | G.J.S. 85-228 | AY391954 | AY392002 | 1 |
| H. sulphurea (Schwein.) Sacc. | E, NA | C.P.K. 1593 | FJ860599 | FJ860709 | 1 |
| H. surrotunda P. Chaverri & Samuels | NA | G.J.S. 88-73 | AF545540 | AF534594 | 1 |
| H. tawa Dingley | As, Au | G.J.S. 97-174 | AY391956 | AY392004 | 1 |
| H. thailandica P. Chaverri & Samuels | As | G.J.S. 97-61 | AY391957 | AY392005 | 1 |
| H. thelephoricola P. Chaverri & Samuels | E, NA | CBS 120925 | -- | FJ860711 | 1, 2 |
| H. thelephoricola | -- | C.P.K. 2480 | -- | FJ860712 | 2 |
| H. thelephoricola | -- | CBS 121138 | FJ860601 | -- | 1 |
| T. theobromicola Samuels & H.C. Evans | SA | DIS 85f | FJ007374 | -- | 1 |
| T. tomentosum Bissett | E, NA | DAOM 178713a | AF545557 | AF534630 | 1 |
| T. tomentosum | -- | C.P.K. 2563 | -- | FJ870906 | 2 |
| H. tremelloides (Schumach.) Fr. | E | CBS 120634 | FJ860602 | FJ860713 | 1 |
| H. victoriensis Overton | Au | G.J.S. 99-200 | DQ835517 | -- | 1 |
| H. victoriensis | -- | C.P.K. 3565 | -- | FJ860718 | 1 |
| H. virens P. Chaverri, Samuels & E.L. Stewart | NA, (E) | GLi39 | AF545558 | AF534631 | 1 |
| H. virescentiflava Speg. | CA, SA | P.C. 278 | AY391959 | AY392007 | 1 |
| H. viridescens Jaklitsch & Samuels | C | C.P.K. 2851 | FJ860606 | -- | 1 |
| H. viridescens | -- | C.P.K. 2046 | -- | DQ672608 | 1 |
| H. voglmayrii Jaklitsch | E | CBS 117711 | FJ179622 | DQ086146 | 1 |
| H. sp. 1 | E | CBS 119286 | FJ860517 | FJ860609 | 1 |
| H. sp. 2 | E | CBS 119284 | FJ860520 | FJ860613 | 1 |
| H. sp. 3 | E | CBS 122494 | FJ860525 | FJ860619 | 1 |
| H. sp. 4 | E | C.P.K. 2021 | FJ860526 | FJ860620 | 1 |
| H. sp. 5 | E | CBS 121133 | FJ860528 | FJ860622 | 1 |
| H. sp. 6 | E | C.P.K. 3127 | FJ860529 | FJ860625 | 1 |
| H. sp. 7 | E | CBS 120922 | FJ860587 | FJ860696 | 1 |
| H. sp. 8 | E | CBS 123828 | FJ860544 | FJ860646 | 1 |
| H. sp. 9 | E | CBS 120926 | FJ860540 | FJ860641 | 1 |
| H. sp. 10 | E | CBS 120537 | FJ860543 | FJ860645 | 1 |
| H. sp. 11 | E | C.P.K. 1896 | FJ860545 | -- | 1 |
| H. sp. 11 | -- | CBS 120632 | -- | FJ860649 | 1 |
| H. sp. 12 | E | C.P.K. 1900 | FJ860553 | -- | 1 |
| H. sp. 12 | -- | CBS 119506 | -- | FJ860657 | 1 |
| H. sp. 13 | E | CBS 120533 | FJ860559 | -- | 1 |
| H. sp. 13 | -- | CBS 122126 | -- | FJ860662 | 1 |
| H. sp. 14 | E | CBS 119283 | FJ860569 | FJ860672 | 1 |
| H. sp. 15 | E | CBS 119288 | FJ860578 | FJ860685 | 1 |
| H. sp. 16 | E | WU 29467 | FJ860585 | FJ860693 | 1 |
| H. sp. 17 | E | CBS 120929 | FJ860597 | FJ860707 | 1 |
| H. sp. 18 | E | CBS 120923 | FJ860605 | FJ860717 | 1 |
| Protocrea farinosa (Berk. & Broome) Petch | E | CBS 121551 | EU703935 | -- | 1 |
| P. farinosa | -- | C.P.K. 2472 | -- | EU703892 | 1 |
| P. pallida (Ellis & Everh.) Jaklitsch et al. | E, NA | CBS 121552 | EU703944 | -- | 1 |
|
P. pallida |
--
|
CBS 299.78 |
--
|
EU703900
|
1 |
1
A. Americas; CA, NA, SA. Central-, North-, South America; Af. Africa; As. Asia; Au. Australasia; C, C?. (probably) cosmopolitan; E. Europe; J. Japan; R. Russia.