Table 3.
QTLs detected in the backcrossed (BC1F1:2) and self-pollinated (F2 and F2:3) populations
| Trait | QTL | LG | LOD | P value | Loci position (cM) | BC1F1:2 (2003) |
BC1F1:2 (2004) |
LG | LOD | P value | Loci position (cM) | F2 (2003) |
F2:3 (2004) |
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PEV | Additive effect | PEV | Additive effect | PEV | Additive effect | Dominant effect | D/[A] | PEV | Additive effect | Dominant effect | D/[A] | ||||||||||
| PDL* | Pdl2·1·1 + | 1 | NI† | 1 | 5·36 | 0·00009 | 88·5 | 0·177 | 1·16 | 0·17 | 0·15 | NI | |||||||||
| Pdl1·7·1 + | 7 | 18·63 | 0·00009 | 8·5 | 0·391 | 1·50 | 7 | 4·70 | 0·00018 | 1·6 | 0·170 | 0·96 | −0·48 | −0·50 | |||||||
| Pdl1·8·1 + | 8 | 9·18 | 0·00010 | 48·1 | 0·221 | 1·12 | 8 | 4·80 | 0·00027 | 59·7 | 0·194 | 1·24 | −0·15 | −0·12 | |||||||
| Pdl1·9·1 + | 9 | 3·19 | 0·00050 | 5·5 | 0·096 | 0·73 | 9 | ||||||||||||||
| Pdl1·10·1− | 10 | 3·45 | 0·00050 | 42·2 | 0·107 | −0·78 | 10 | ||||||||||||||
| PDW* | Pdw2·2·1. + | 2 | NI | 2 | 4·05 | 0·00045 | 41·9 | 0·194 | 0·68 | −0·03 | −0·05 | NI | |||||||||
| Pdw1·7·1 + | 7 | 14·96 | 0·00009 | 8·7 | 0·338 | 0·68 | 7 | ||||||||||||||
| Pdw1·9·1 + | 9 | 3·74 | 0·00040 | 10·6 | 0·107 | 0·37 | 9 | 7·18 | 0·00010 | 10·2 | 0·233 | 0·43 | −0·02 | −0·06 | |||||||
| Pdw2·9·2 + | 9 | 9 | 48·0 | 0·53 | −0·14 | −0·27 | |||||||||||||||
| Pdw1·11·1 + | 11 | 3·91 | 0·00010 | 27·2 | 0·105 | 0·37 | 11 | ||||||||||||||
| PDT* | Pdt1·7·1− | 7 | 81·47 | 0·00010 | 11·3 | 0·905 | −3·99 | NI | 7 | 27·42 | 0·00009 | 0·1 | 0·610 | −3·35 | 1·54 | 0·46 | NI | ||||
| SD100WT* | Sd100wt2·1·1 + | 1 | 1 | 6·35 | 0·00100 | 28·5 | 0·279 | 1·15 | −0·16 | −0·14 | NI | ||||||||||
| Sd100wt1·1·2 + | 1 | 4·61 | 0·00010 | 91·2 | 0·133 | 1·14 | NI | 1 | 88·2 | 0·74 | 0·25 | 0·33 | |||||||||
| Sd100wt1·2·1 + | 2 | 11·63 | 0·00010 | 33·5 | 0·268 | 1·65 | 2 | 8·16 | 0·00009 | 45·5 | 0·313 | 1·85 | −0·14 | −0·08 | |||||||
| Sd100wt2·5·1 + | 5 | 5 | 3·78 | 0·00091 | 2·3 | 0·136 | 1·11 | −0·26 | −0·23 | ||||||||||||
| Sd100wt2·9·1 + | 9 | 9 | 7·47 | 0·00010 | 6·8 | 0·252 | 0·99 | −0·14 | −0·14 | ||||||||||||
| Sd100wt2·9·2 + | 9 | 9 | 44·7 | 0·84 | −0·32 | −0·38 | |||||||||||||||
| SDL* | Sdl2·1·1 + | 1 | NI | 1 | 7·76 | 0·00010 | 20·6 | 0·311 | 0·39 | −0·06 | −0·16 | NI | |||||||||
| Sdl1·1·2 + | 1 | 4·96 | 0·00010 | 96·6 | 0·132 | 0·31 | 1 | 88·4 | 0·49 | 0·01 | 0·01 | ||||||||||
| Sdl1·2·1 + | 2 | 6·26 | 0·00010 | 32·8 | 0·162 | 0·35 | 2 | 5·86 | 0·00009 | 43·9 | 0·245 | 0·62 | −0·05 | −0·07 | |||||||
| Sdl2·3·1 + | 3 | 3 | 4·57 | 0·00018 | 38·2 | 0·202 | 0·49 | −0·19 | −0·39 | ||||||||||||
| Sdl1·7·1 + | 7 | 4·23 | 0·00018 | 21·7 | 0·117 | 0·30 | 7 | ||||||||||||||
| Sdl1·8·1 + | 8 | 3·98 | 0·00030 | 41·1 | 0·118 | 0·29 | 8 | 5·50 | 0·00009 | 43·4 | 0·195 | 0·52 | 0·09 | 0·18 | |||||||
| Sdl1·9·1 + | 9 | 3·40 | 0·00050 | 10·3 | 0·100 | 0·27 | 9 | ||||||||||||||
| Sdl1·11·1 + | 11 | 4·36 | 0·00010 | 20·6 | 0·114 | 0·29 | 11 | ||||||||||||||
| SDW* | Sdw1·1·1 + | 1 | 3·34 | 0·00100 | 93·1 | 0·093 | 0·18 | NI | 1 | NI | |||||||||||
| Sdw1·2·1 + | 2 | 8·11 | 0·00010 | 31·0 | 0·212 | 0·28 | 2 | 7·86 | 0·00009 | 44·7 | 0·297 | 0·48 | −0·01 | −0·02 | |||||||
| Sdw2·3·1 + | 3 | 3 | 4·12 | 0·00100 | 44·4 | 0·182 | 0·32 | −0·11 | −0·33 | ||||||||||||
| Sdw2·9·1 + | 9 | 9 | 5·69 | 0·00030 | 8·3 | 0·212 | 0·20 | 0·00 | 0·02 | ||||||||||||
| Sdw2·9·2 + | 9 | 9 | 46·9 | 0·21 | −0·13 | −0·60 | |||||||||||||||
| SDT* | Sdt1·1·1 + | 1 | 5·79 | 0·00010 | 90·3 | 0·159 | 0·25 | NI | 1 | ||||||||||||
| Sdt1·2·1 + | 2 | 10·22 | 0·00010 | 29·4 | 0·260 | 0·32 | 2 | 7·17 | 0·00100 | 47·9 | 0·281 | 0·49 | 0·04 | 0·07 | NI | ||||||
| Sdt2·5·1 + | 5 | 5 | 4·23 | 0·00055 | 3·0 | 0·154 | 0·35 | −0·04 | −0·11 | ||||||||||||
| Sdt2·9·1 + | 9 | 9 | 6·38 | 0·00040 | 8·8 | 0·231 | 0·24 | −0·02 | −0·07 | ||||||||||||
| Sdt2·9·2 + | 9 | 9 | 46·3 | 0·22 | −0·13 | −0·60 | |||||||||||||||
| SDG | Sdg1·1·1 + | 1 | 21·98 | 0·00009 | 37·9 | 0·304 | 15·16 | 0·264 | 11·00 | 1 | NI | ND‡ | |||||||||
| Sdg1·1·2 + | 1 | 99·0 | 8·56 | 5·60 | 1 | ||||||||||||||||
| Sdg1·2·1− | 2 | 7·95 | 0·00009 | 41·9 | 0·137 | −10·87 | 0·104 | −6·76 | 2 | ||||||||||||
| Sdg1·4·1− | 4 | 8·14 | 0·00009 | 7·8 | 0·094 | −4·93 | 0·149 | −2·60 | 4 | ||||||||||||
| Sdg1·4·2− | 48·0 | −1·39 | −4·68 | ||||||||||||||||||
| Sdg1·9·1− | 9 | 6·35 | 0·00009 | 3·5 | 0·065 | −5·02 | 0·103 | −6·71 | 9 | ||||||||||||
| SDP | Sdp1·1·1 + | 1 | 15·02 | 0·00010 | 36·1 | 0·374 | 13·83 | NI | 1 | 10·87 | 0·00100 | 54·7 | NI | 0·400 | 12·48 | −0·94 | −0·08 | ||||
| Sdp1·1·2 + | 1 | 94·9 | 14·74 | 1 | 90·1 | 12·34 | −0·94 | −0·08 | |||||||||||||
| Sdp1·4·1− | 4 | 5·69 | 0·00010 | 11·8 | 0·176 | −1·10 | 4 | ||||||||||||||
| Sdp1·4·2− | 46·8 | −9·90 | |||||||||||||||||||
| Sdp1·9·1− | 9 | 4·03 | 0·00010 | 2·6 | 0·106 | −8·12 | 9 | ||||||||||||||
| ECL | Ecl2·1·1 + | 1 | NI | 1 | 12·17 | 0·00010 | 5·1 | 0·225 | 1·03 | 0·03 | 0·03 | 0·201 | 0·91 | −0·10 | −0·11 | ||||||
| Ecl2·1·2 + | 1 | 1 | 85·7 | 0·49 | 0·14 | 0·28 | 0·75 | 0·39 | 0·52 | ||||||||||||
| Ecl1·2·1 + | 2 | 13·11 | 0·00010 | 27·6 | 0·319 | 1·23 | 2 | 31·74 | 0·00010 | 45·0 | 0·579 | 2·07 | 0·12 | 0·06 | 0·575 | 1·72 | −0·13 | −0·07 | |||
| ST1I | St1i2·1·1 + | 1 | 1 | 11·47 | 0·00100 | 8·8 | 0·198 | 0·86 | 0·08 | 0·09 | 0·160 | 0·84 | 0·37 | 0·44 | |||||||
| St1i1·1·2 + | 12·64 | 0·00009 | 93·0 | 0·138 | 0·31 | 0·210 | 0·37 | 86·5 | 0·46 | 0·02 | 0·05 | 0·94 | 0·04 | 0·05 | |||||||
| St1i1·2·1 + | 2 | 13·89 | 0·00009 | 35·0 | 0·045 | 0·17 | 0·294 | 0·44 | 2 | 22·07 | 0·00010 | 44·0 | 0·386 | 1·67 | −0·28 | −0·17 | 0·371 | 1·80 | −0·15 | −0·08 | |
| St1i1·11·1 + − | 11 | 5·53 | 0·00046 | 8·3 | 0·068 | 0·02 | 0·075 | −0·01 | 11 | ||||||||||||
| St1i1·11·2 + | 11 | 24·2 | 0·20 | 0·23 | 11 | ||||||||||||||||
| ST2I | St2i1·1·1 + | 1 | 11·91 | 0·00009 | 91·5 | 0·101 | 0·35 | 0·229 | 0·38 | 1 | |||||||||||
| St2i1·2·1 + | 2 | 13·23 | 0·00009 | 36·2 | 0·026 | 0·16 | 0·304 | 0·45 | 2 | 15·43 | 0·00010 | 46·3 | 0·341 | 1·61 | −0·04 | −0·02 | 0·333 | 1·43 | 0·08 | 0·06 | |
| ST3I | St3i1·1·1 + | 1 | 11·05 | 0·00009 | 92·6 | 0·114 | 0·48 | 0·199 | 0·41 | 1 | |||||||||||
| St3i1·2·1 + | 2 | 9·92 | 0·00009 | 37·8 | 0·016 | 0·14 | 0·251 | 0·48 | 2 | 14·30 | 0·00010 | 46·9 | 0·386 | 1·70 | −0·19 | −0·11 | 0·376 | 1·29 | 0·02 | 0·01 | |
| ST4I | St4i1·1·1 + | 1 | 15·16 | 0·00009 | 90·4 | 0·188 | 0·80 | 0·221 | 0·73 | 1 | 7·42 | 0·00010 | 90·0 | 0·063 | 0·17 | −0·36 | −2·12 | 0·020 | 1·16 | 0·07 | 0·06 |
| St4i1·2·1 + | 2 | 4·68 | 0·00009 | 29·3 | 0·016 | 0·15 | 0·131 | 0·57 | 2 | 10·51 | 0·00010 | 45·9 | 0·255 | 1·30 | −0·04 | −0·03 | 0·244 | 1·15 | 0·05 | 0·04 | |
| ST5I | St5i1·1·1 + | 1 | 13·78 | 0·00009 | 89·4 | 0·154 | 0·87 | 0·210 | 0·87 | 1 | 6·79 | 0·00010 | 86·9 | 0·100 | 0·22 | −0·48 | −2·22 | 0·032 | 0·96 | −0·12 | −0·12 |
| St5i2·2·1 + | 2 | 2 | 12·26 | 0·00010 | 32·3 | 0·371 | 0·53 | −0·07 | −0·14 | 0·313 | 0·66 | −0·13 | −0·20 | ||||||||
| St5i2·2·2. + | 2 | 2 | 52·3 | 0·84 | 0·17 | 0·20 | 0·37 | 0·13 | 0·35 | ||||||||||||
| ST6I | St6i1·1·1 + | 1 | 9·09 | 0·00009 | 88·1 | 0·124 | 1·06 | 0·130 | 0·81 | 1 | |||||||||||
| St6i2·2·1 + | 2 | 2 | 11·39 | 0·00010 | 20·9 | 0·296 | 0·24 | −0·02 | −0·09 | 0·238 | 0·39 | −0·16 | −0·40 | ||||||||
| St6i2·2·2 + | 2 | 2 | 45·7 | 0·96 | 0·32 | 0·33 | 0·68 | 0·09 | 0·14 | ||||||||||||
| St6i1·5·1 + | 5 | 5·35 | 0·00009 | 17·1 | 0·103 | 0·97 | 0·068 | 0·59 | |||||||||||||
| St6i2·7·1− | 7 | 7 | 5·25 | 0·00030 | 18·8 | 0·090 | −0·74 | 0·04 | 0·05 | 0·079 | −0·84 | −0·10 | −0·12 | ||||||||
| St6i1·9·1− | 9 | 6·10 | 0·00009 | 6·3 | 0·094 | −0·93 | 0·085 | −0·66 | 9 | ||||||||||||
| ST7I | St7i1·1·1 + | 1 | 6·17 | 0·00009 | 83·1 | 0·117 | 1·19 | 0·077 | 0·80 | 1 | |||||||||||
| St7i2·2·1 + | 2 | 2 | 9·35 | 0·00010 | 26·5 | 0·258 | 0·42 | 0·01 | 0·01 | 0·195 | 0·45 | −0·17 | −0·38 | ||||||||
| St7i2·2·2 + | 2 | 2 | 49·5 | 0·45 | 0·35 | 0·78 | 0·45 | 0·11 | 0·25 | ||||||||||||
| St7i1·3·1− | 3 | 4·05 | 0·00091 | 11·0 | 0·043 | −0·68 | 0·093 | −0·93 | 3 | ||||||||||||
| St7i1·4·1− | 4 | 4·16 | 0·00073 | 53·4 | 0·065 | −0·88 | 0·058 | −0·72 | 4 | 5·74 | 0·00050 | 64·5 | 0·187 | −1·15 | −0·06 | −0·05 | 0·179 | −0·68 | −0·08 | −0·12 | |
| St7i1·5·1 + | 5 | 4·03 | 0·00055 | 14·6 | 0·084 | 1·00 | 0·056 | 0·71 | 5 | ||||||||||||
| St7i1·7·1− | 7 | 6·88 | 0·00010 | 13·8 | 0·119 | −0·73 | 0·067 | −0·05 | 7 | ||||||||||||
| St7i1·7·2− | 7 | 39·4 | −0·69 | −0·70 | 7 | 8·33 | 0·00010 | 18·7 | 0·118 | −0·88 | 0·01 | 0·01 | 0·109 | −1·11 | −0·15 | −0·14 | |||||
| St7i1·9·1− | 9 | 9·37 | 0·00009 | 4·5 | 0·163 | −1·43 | 0·100 | −0·97 | 9 | 7·85 | 0·00010 | 14·7 | 0·195 | −0·97 | 0·45 | 0·47 | 0·138 | −0·65 | −0·04 | −0·06 | |
| ST8I | St8i2·7·1− | 7 | NI | 7 | 10·21 | 0·00010 | 18·8 | 0·139 | −0·95 | −0·07 | −0·08 | 0·130 | −1·23 | −0·17 | −0·14 | ||||||
| St8i1·9·1− | 9 | 3·15 | 0·00060 | 9·1 | 0·099 | −1·21 | 9 | 5·42 | 0·00050 | 14·2 | 0·099 | −0·57 | 0·37 | 0·65 | 0·055 | −0·76 | 0·04 | 0·05 | |||
| ST9I | St9i1·7·1− | 7 | 4·71 | 0·00009 | 38·9 | NI | 0·138 | −1·75 | 7 | 14·92 | 0·00010 | 20·5 | 0·248 | −1·20 | −0·36 | −0·30 | 0·214 | −1·30 | −0·10 | −0·08 | |
| ST10I | St10i1·4·1− | 4 | 4·02 | 0·00010 | 52·7 | NI | 0·111 | −1·84 | 4 | ||||||||||||
| St10i1·7·1− | 7 | 4·29 | 0·00009 | 39·5 | 0·130 | −2·01 | 7 | 13·38 | 0·00010 | 22·4 | 0·171 | −0·96 | −0·32 | −0·34 | 0·140 | −1·37 | −0·07 | −0·05 | |||
| St10i1·9·1− | 9 | 4·22 | 0·00020 | 8·5 | 0·135 | −2·04 | 9 | ||||||||||||||
| STL | Stl1·1·1 + | 1 | 10·82 | 0·00009 | 88·0 | 0·178 | 5·19 | 0·130 | 8·19 | 1 | |||||||||||
| Stl2·2·1 + | 2 | 2 | 10·97 | 0·00010 | 25·9 | 0·246 | 0·41 | −0·03 | −0·07 | 0·201 | 0·68 | −0·20 | −0·29 | ||||||||
| Stl2·2·2 + | 50·4 | 0·77 | 0·27 | 0·35 | 0·50 | 0·25 | 0·49 | ||||||||||||||
| Stl2·4·1− | 4 | 4 | 5·90 | 0·00050 | 63·8 | 0·176 | −1·11 | −0·09 | −0·08 | 0·168 | −0·79 | 0·00 | 0·00 | ||||||||
| Stl1·5·1 + | 5 | 4·00 | 0·00073 | 14·2 | 0·084 | 3·44 | 0·049 | 4·82 | 5 | ||||||||||||
| Stl1·7·1− | 7 | 7·29 | 0·00010 | 15·2 | 0·114 | −3·01 | 0·082 | −0·41 | 7 | ||||||||||||
| Stl1·7·2− | 7 | 39·7 | −1·67 | −5·43 | 7 | 10·59 | 0·00010 | 19·2 | 0·196 | −1·14 | −0·16 | −0·14 | 0·184 | −1·07 | −0·11 | −0·10 | |||||
| Stl1·9·1− | 9 | 7·14 | 0·00009 | 6·0 | 0·109 | −4·03 | 0·105 | −7·29 | |||||||||||||
| STTW | Sttw1·4·1− | 4 | 7·51 | 0·00009 | 52·3 | 0·080 | −6·56 | 0·126 | −8·07 | 4 | NI | ||||||||||
| Sttw1·7·1− | 7 | 5·21 | 0·00009 | 33·6 | 0·108 | −8·79 | 0·059 | −3·42 | 7 | 6·09 | 0·00009 | 21·7 | 0·231 | −42·67 | 6·36 | 0·15 | |||||
| Sttw1·9·1− | 9 | 15·77 | 0·00009 | 5·1 | 0·274 | −22·40 | 0·147 | −9·42 | 9 | ||||||||||||
| STT | Stt1·4·1 + | 4 | 7·71 | 0·00009 | 52·2 | 0·048 | 0·27 | 0·159 | 0·51 | 4 | |||||||||||
| Stt1·6·1 + | 6 | 4·12 | 0·00055 | 0·9 | 0·020 | 0·16 | 0·100 | 0·40 | 6 | ||||||||||||
| Stt1·9·1 + | 9 | 5·26 | 0·00018 | 6·5 | 0·072 | 0·34 | 0·085 | 0·37 | 9 | 7·16 | 0·00010 | 22·1 | 0·124 | 0·42 | −0·44 | −1·05 | 0·044 | 0·91 | −0·19 | −0·20 | |
| LFPL | Lfpl1·1·1 + | 1 | 5·26 | 0·00018 | 85·0 | 0·124 | 3·09 | 0·052 | 1·62 | 1 | ND | ND | |||||||||
| Lfpl1·7·1 + − | 7 | 6·67 | 0·00030 | 12·6 | 0·054 | −1·15 | 0·123 | 1·82 | 7 | ||||||||||||
| Lfpl1·7·2 + | 7 | 36·1 | 2·73 | 1·14 | 7 | ||||||||||||||||
| LFPW | Lfpw2·2·1 + | 2 | 2 | 5·77 | 0·00040 | 45·1 | 0·043 | 0·19 | 0·12 | 0·60 | 0·022 | 1·13 | −0·08 | −0·07 | |||||||
| Lfpw1·7·1 + − | 7 | 5·68 | 0·00060 | 11·8 | 0·047 | −0·94 | 0·104 | 1·26 | 7 | ||||||||||||
| Lfpw1·7·2 + | 7 | 37·6 | 2·29 | 1·11 | 7 | ||||||||||||||||
| Lfpw1·8·1 + | 8 | 4·00 | 0·00100 | 37·3 | 0·086 | 1·95 | 0·043 | 1·21 | 8 | ||||||||||||
| Lfpw1·9·1 + | 9 | 4·24 | 0·00073 | 14·4 | 0·061 | 1·77 | 0·064 | 1·58 | 9 | 5·96 | 0·00020 | 18·3 | 0·054 | 0·30 | −0·15 | −0·52 | 0·030 | 0·93 | −0·10 | −0·11 | |
| Lfpw2·11·1 + | 11 | 11 | 5·61 | 0·00030 | 10·9 | 0·086 | 0·43 | 0·14 | 0·33 | 0·059 | 1·02 | 0·10 | 0·10 | ||||||||
| Lfpw1·11·1 + | 11 | 5·18 | 0·00009 | 20·6 | 0·068 | 1·86 | 0·087 | 1·88 | 11 | ||||||||||||
| LFML | Lfml1·5·1 + | 5 | 3·62 | 0·00020 | 22·2 | NI | 0·112 | 4·92 | 5 | ||||||||||||
| Lfml1·6·1− | 6 | 2·92 | 0·00100 | 29·2 | 0·088 | −4·31 | 6 | ||||||||||||||
| Lfml1·7·1 + | 7 | 4·93 | 0·00010 | 17·4 | 0·147 | 5·65 | 7 | ||||||||||||||
| Lfml2·8·1 + | 8 | 8 | 5·52 | 0·00070 | 46·6 | 0·170 | 0·82 | −0·02 | −0·03 | 0·152 | 0·38 | −0·01 | −0·02 | ||||||||
| LFMW | Lfmw1·5·1 + | 5 | 4·51 | 0·00010 | 14·8 | NI | 0·123 | 4·34 | 5 | ||||||||||||
| Lfmw1·6·1− | 6 | 4·31 | 0·00010 | 29·1 | 0·110 | −4·08 | 6 | ||||||||||||||
| Lfmw1·7·1 + | 7 | 3·44 | 0·00050 | 26·3 | 0·115 | 4·18 | 7 | ||||||||||||||
| Lfmw2·8·1 + | 8 | 8 | 5·81 | 0·00040 | 39·0 | 0·172 | 0·83 | 0·18 | 0·22 | 0·140 | 0·60 | 0·02 | 0·03 | ||||||||
| Lfmw1·9·1 + | 9 | 6·07 | 0·00010 | 7·1 | 0·166 | 5·06 | 9 | ||||||||||||||
| BRN | Brn1·10·1− | 10 | 5·90 | 0·00009 | 36·6 | 0·154 | −0·55 | 0·029 | −0·21 | 10 | ND | ND | |||||||||
| BRP | ND | ND | ND | ND | |||||||||||||||||
| FLD | Fld2·4·1− | NI | NI | 4 | 4·99 | 0·00009 | 57·6 | 0·239 | −9·94 | 1·03 | 0·10 | NI | |||||||||
* The BC1F1 generation was evaluated for these traits.
† NI, Not investigated.
‡ ND, Not detected.