Table 2.
(Supplemental) Risk or protective alleles and haplotypes in previous association studies
| Markers1 |
Haplotype |
|||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Population | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | Frequency | Effect | Reference |
| Irish | -- | -- | C | T | A | A | T | G | G | -- | T | -- | risk | Straub et al., 2002b | ||||||||||||||||||||
| G | C | C | T | A | A | C | G | G | C | rare | risk | |||||||||||||||||||||||
| -- | -- | G | -- | -- | T | A | A | -- | G | -- | -- | -- | -- | risk | van den Oord et al. 2003 | |||||||||||||||||||
| G | C | C | T | A | A | C | G | 0.060 | risk | |||||||||||||||||||||||||
| (German, Israeli, Arab, Hungary) | -- | A | C | G | C | A | risk | Schwab et al., 2003 | ||||||||||||||||||||||||||
| C | A | C | G | C | A | most common | risk | |||||||||||||||||||||||||||
| Chinese | A | C | A | G | T | most common | risk | Tang et al., 2003 | ||||||||||||||||||||||||||
| Bulgarian | -- | -- | -- | -- | -- | G | -- | A | -- | risk | Kirov et al., 2004 | |||||||||||||||||||||||
| A | C | G | G | 0.115 | risk | |||||||||||||||||||||||||||||
| Irish | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | --H | risk | Morris et al. 2003 | ||||||||||||||||||||||||
| German | -- | -- | -- | -- | -- | risk | Van Den Bogaert et al., 2003 | |||||||||||||||||||||||||||
| Polish | -- | -- | -- | -- | -- | risk | ||||||||||||||||||||||||||||
| Swedish | T F | -- | AF | T | -- | risk | ||||||||||||||||||||||||||||
| Swedish (FH+) | T | T | A | C | A | 0.178 | risk | |||||||||||||||||||||||||||
| Welsh | A | -- | C | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | G | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | risk | |||||||||||||
| A | A | C | 0.290 | protective | ||||||||||||||||||||||||||||||
| A | G | G | 0.100 | risk | Williams et al., 2004 | |||||||||||||||||||||||||||||
| T | A | C | 0.210 | risk | ||||||||||||||||||||||||||||||
| T | G | G | 0.000 | protective | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Irish | A | A | C | 0.300 | protective | Williams et al., 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||
| T | A | C | 0.210 | risk | ||||||||||||||||||||||||||||||
| T | G | G | 0.000 | protective | ||||||||||||||||||||||||||||||
| German | -- | -- | -- | -- | -- | risk | Zill et al., 2004 | |||||||||||||||||||||||||||
| Japanese | T | C | T | -- | G | -- | risk | Numakawa et al. 2004 | ||||||||||||||||||||||||||
| A | C | T | C | G | G | 0.026 | risk | |||||||||||||||||||||||||||
| EAs | -- | T | C | A | -- | risk | Funke et al. 2004 | |||||||||||||||||||||||||||
| Hispanic | -- | T | C | T | A | -- | risk | |||||||||||||||||||||||||||
| EAs | G | T | C | T | A | C | 0.117 | risk | ||||||||||||||||||||||||||
| AAs | -- | -- | -- | -- | -- | -- | risk | |||||||||||||||||||||||||||
| Chinese | no mutation | risk | Liao and Chen, 2004 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Welsh | T | risk | Raybould et al. 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| T | A | C | 0.210 | risk | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Caucasian | A | risk | Bray et al. 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Welsh | T | A | A | 0.456 | risk | |||||||||||||||||||||||||||||
| Caucasian | T | A | A | risk | ||||||||||||||||||||||||||||||
1
Marker numbers are consistent with Table 3.
F
in patients with positive family history (FH+);
H
Hardy-Weinberg Disequilibrium; “--” denotes non-significant allele that had been studied; the bold italic ones are most significant; the YELLOW shadow denotes risk or protective haplotypes; the highlighted marker numbers denote the studied markers in the present study.