Table I.
Numbers of cell wall genes and numbers expressed in developing ovaries by family and group in Arabidopsis, rice, and maize
4CL, 4-Coumaric acid CoA-ligase; C3'H, p-coumaroyl-shikimate/quinate 3′-hydroxylase; C4H, cinnamate 4-hydroxylase; CCoAOMT, caffeoyl-CoA 3-O-methyl transferase; F5H, ferulate (coniferyl alcohol/aldehyde) 5-hydroxylase.
| Designationa | Class/Family | Family/Group | No. of Genes (Expressants)b |
||
|---|---|---|---|---|---|
| Arabidopsis | Rice | Maize | |||
| 1.1 | Nucleotide-sugar interconversion | AUD/SUD | 6 (2) | 6 (5) | 9 (4) |
| AXS | 2 (1) | 1 (1) | 2 (1) | ||
| GAE | 6 (2) | 5 (4) | 9 (2) | ||
| GER | 2 (0) | 2 (1) | 1 (1) | ||
| GMD | 2 (1) | 1 (1) | 1 (1) | ||
| GME | 1 (1) | 2 (2) | 2 (1) | ||
| RHM/UER | 4 (4) | 3 (2) | 4 (2) | ||
| UGD | 4 (2) | 5 (2) | 3 (2) | ||
| UGE | 5 (1) | 4 (2) | 3 (0) | ||
| UXE | 4 (1) | 3 (3) | 4 (0) | ||
| Total | 36 (15) | 32 (23) | 38 (14) | ||
| 1.3 | Phenylpropanoid biosynthesis | COMT | 16 (0) | 6 (0) | 3 (1) |
| 4CL | 13 (3) | 14 (6) | 11 (5) | ||
| CCoAOMT | 7 (1) | 6 (3) | 6 (4) | ||
| PAL | 4 (0) | 9 (0) | 10 (4) | ||
| CAD | 9 (1) | 14 (1) | 7 (3) | ||
| C3'H, F5H, C4H | 6 (0) | 10 (1) | 8 (3) | ||
| CCR | 7 (2) | 24 (6) | 19 (4) | ||
| HCT | 19 (2) | 5 (3) | 38 (9) | ||
| Total | 81 (9) | 86 (20) | 102 (33) | ||
| 2.1 | CesA/Csl superfamily | CesA | 10 (4) | 10 (4) | 20 (9) |
| 2.2 | CslA | 8 (5) | 11 (5) | 10 (2) | |
| CslB | 6 (2) | 0 (0) | 0 (0) | ||
| CslC | 5 (3) | 6 (4) | 8 (2) | ||
| CslD | 5 (1) | 5 (1) | 5 (1) | ||
| CslE | 1 (0) | 3 (0) | 3 (0) | ||
| CslF | 0 (0) | 8 (2) | 7 (0) | ||
| CslG | 3 (3) | 0 (0) | 0 (0) | ||
| CslH | 0 (0) | 3 (1) | 0 (0) | ||
| Total Csl | 29 (14) | 36 (13) | 33 (5) | ||
| 2.3.1 | Family GT8 | A | 5 (1) | 4 (3) | 7 (4) |
| B | 8 (1) | 2 (2) | 2 (0) | ||
| C | 10 (5) | 8 (3) | 10 (4) | ||
| D | 15 (7) | 22 (14) | 25 (2) | ||
| E | 3 (2) | 5 (3) | 5 (0) | ||
| Total | 41 (16) | 41 (25) | 49 (15) | ||
| 2.3.2 | Family GT47 | A | 11 (3) | 11 (5) | 22 (2) |
| B | 8 (3) | 9 (6) | 9 (2) | ||
| C | 7 (0) | 6 (2) | 3 (0) | ||
| D | 8 (3) | 4 (3) | 5 (3) | ||
| E | 5 (3) | 9 (6) | 11 (9) | ||
| F | 0 (0) | 1 (1) | 4 (1) | ||
| Total | 39 (12) | 40 (23) | 54 (17) | ||
| 2.3.3 | Family GT37 | A | 10 (3) | 1 (0) | 1 (0) |
| B | 0 (0) | 9 (1) | 7 (1) | ||
| C | 0 (0) | 8 (3) | 11 (0) | ||
| Total | 10 (3) | 18 (4) | 19 (1) | ||
| 2.3.4 | Family GT34 | A | 3 (3) | 2 (1) | 6 (0) |
| B | 2 (0) | 2 (0) | 4 (1) | ||
| C | 1 (0) | 3 (1) | 1 (0) | ||
| D | 0 (0) | 2 (0) | 3 (0) | ||
| E | 2 (1) | 1 (1) | 4 (4) | ||
| Total | 8 (4) | 10 (3) | 18 (5) | ||
| 2.3.5 | Family GT31 | A | 12 (5) | 7 (3) | 11 (2) |
| B | 6 (3) | 10 (7) | 12 (5) | ||
| C | 3 (1) | 2 (2) | 3 (0) | ||
| D | 3 (3) | 2 (2) | 3 (2) | ||
| E | 8 (5) | 8 (5) | 7 (3) | ||
| F | 1 (1) | 10 (2) | 5 (0) | ||
| Total | 33 (18) | 39 (21) | 41 (12) | ||
| 4.1.1 | Expansin | α- | 26 (5) | 34 (7) | 36 (5) |
| α-like | 3 (0) | 5 (2) | 4 (2) | ||
| β- | 5 (1) | 18 (4) | 17 (6) | ||
| β-like | 1 (0) | 4 (0) | 0 (0) | ||
| Total | 35 (6) | 61 (13) | 57 (13) | ||
| 4.2 | XTH | A | 11 (3) | 3 (1) | 5 (2) |
| B | 15 (1) | 15 (2) | 17 (7) | ||
| C | 7 (1) | 11 (3) | 10 (5) | ||
| Total | 33 (5) | 29 (6) | 32 (14) | ||
| 4.3.3 | PGase | A | 15 (7) | 14 (9) | 14 (9) |
| B | 10 (3) | 0 (0) | 0 (0) | ||
| C | 8 (3) | 8 (4) | 8 (2) | ||
| D | 7 (0) | 10 (6) | 7 (0) | ||
| E | 8 (0) | 3 (0) | 3 (1) | ||
| F | 10 (2) | 0 (0) | 0 (0) | ||
| G | 8 (1) | 4 (0) | 2 (0) | ||
| H | 0 (0) | 6 (0) | 16 (0) | ||
| Total | 66 (16) | 45 (19) | 50 (12) | ||
| 4.5.1 | PME | A | 21 (5) | 18 (5) | 14 (7) |
| B | 11 (1) | 11 (3) | 11 (1) | ||
| C | 11 (5) | 1 (1) | 1 (1) | ||
| D | 14 (4) | 10 (5) | 7 (4) | ||
| E | 9 (2) | 1 (1) | 0 (0) | ||
| Total | 66 (17) | 42 (15) | 34 (13) | ||
| 6.4.8 | COBRA | 11 (2) | 11 (3) | 9 (4) | |
a
Our Web site classification number.
b
Values shown are numbers of genes and (in parentheses) numbers of genes expressed in developing ovaries.