Table 5. The ligand–enzyme interactions in the four RNase A–U5P complexes.

Conserved interactions over all four complexes are shown in bold. U5P2 is the U5P at the B2 site of molecule A of 3dxg.

U5P atom at B1 subsite	Interaction	Our molecule A	Our molecule B	3dxg molecule A	3dxg molecule B
N3	⋯Thr45 OG1	Y	Y	Y	Y
O2	⋯Thr45 N	Y	Y	Y	Y
O2′	⋯wat⋯Phe120 N	Y	Y	Y	Y
	⋯wat⋯His12 NE2	Y	Y	Y	Y
	⋯Lys41 NZ	Y	Y	N	N
	⋯Phe120 O	N	N	N	Y
	⋯wat⋯Gln11 NE2	N	Y	N	N
	⋯wat⋯U5P2 O2P	N	N	Y	N
	⋯wat⋯Asn22 OD1	N	N	Y	N
	⋯wat⋯Lys41 NZ	N	N	Y	N
O3′	⋯Lys41 NZ	N	N	N	Y
	⋯wat⋯Phe120 O	Y	N	N	N
	⋯wat⋯Gln11 NE2	N	Y	N	N
	⋯U5P2 O3P	N	N	Y	N
	⋯wat⋯U5P2 O1P	N	N	Y	N
	⋯wat⋯U5P2 O2P	N	N	Y	N
O1P	⋯Lys66 NZ	N	Y	N	N
O3P	⋯wat⋯Asp121 O	Y	N	Y	Y