Table 2. PSSM for the DRB1*0101 generated by the contact-based method.

aa\pos	1	2	3	4	5	6	7	8	9
ALA	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	0.99	1.50	1.33	−3.00	−3.00
ARG	−3.00	1.81	−3.00	−3.00	2.07	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
ASN	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	1.24	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
ASP	−3.00	−3.00	0.92	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
CYS	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
GLU	−3.00	−3.00	−3.00	0.85	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
GLN	−3.00	−3.00	−3.00	1.72	0.77	−3.00	−3.00	−3.00	1.23
GLY	−3.00	0.89	0.29	−3.00	−3.00	1.02	−3.00	−3.00	0.32
HIS	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	1.17	−3.00
ILE	0.79	1.24	1.38	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
LEU	−3.00	−3.00	−3.00	2.10	−3.00	−3.00	1.27	2.25	2.36
LYS	−3.00	0.66	1.19	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	2.01	−3.00
MET	−3.00	−3.00	−3.00	1.41	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
PHE	1.22	−3.00	1.82	−3.00	1.39	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
PRO	−3.00	−3.00	1.10	−3.00	−3.00	−3.00	1.85	−3.00	−3.00
SER	−3.00	0.89	−3.00	−3.00	−3.00	1.43	−3.00	−3.00	0.59
THR	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	2.17	−3.00	−3.00	−3.00
TRP	1.53	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00
TYR	2.09	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	1.87	−3.00	−3.00
VAL	0.65	1.37	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	−3.00	1.12