Table 1. Population frequencies of the 28 TEs analyzed in this study.

			Australia 2007				Australia 2008				North America
					Raw	FDRb			Raw	FDR			Raw	FDR
Flybase ID	Family	Chra	North	South	P-value	P-value	North	South	P-value	P-value	North	South	P-value	P-value
FBti0018880	Bari1	2R(55F8)	0.48	0.61	0.2017	0.4344	0.50	0.57	0.5262	0.6405	0.55	0.69	0.1767	0.2748
FBti0019056	pogo	X(12F1)	0.61	0.48	0.2000	0.5090	0.38	0.65	0.0098	0.0458	0.47	0.60	0.2757	0.3509
FBti0019065	pogo	X(13C1)	0.21	0.48	0.0108	0.0758	0.43	0.33	0.2823	0.4392	0.73	0.80	0.3870	0.4515
FBti0019144	Rt1b	2L(31A3)	0.18	0.44	0.0449	0.1573	0.06	0.21	0.0676	0.1578	0.17	0.44	0.0113	0.0395
FBti0019164	X-element	2L(34A5)	0.34	0.48	0.2011	0.4693	0.35	0.80	6e-05	0.0008	0.39	0.23	0.0911	0.1594
FBti0019170	F-element	2L(34C4)	0.18	0.45	0.0063	0.0885	0.26	0.43	0.1240	0.2170	0.25	0.24	0.9025	0.9025
FBti0019372	S-element	3R(88A4)	0.16	0.40	0.0103	0.0959	0.04	0.26	0.0024	0.0168	0.25	0.11	0.0770	0.1539
FBti0019386	invader4	3R(89B7)	0.23	0.43	0.0400	0.1867	0.13	0.46	0.0004	0.0042	0.50	0.20	0.0017	0.0080
FBti0019430	Doc	3R(96D1)	0.75	0.80	0.6107	0.7772	0.73	0.91	0.0205	0.0819	0.74	0.57	0.0881	0.1645
FBti0019443	Rt1b	3R(98B3)	0.11	0.45	0.0003	0.0077	0.00	0.39	6e-08	1.7e-06	0.14	0.11	0.6666	0.7179
FBti0019624	hopper	X(10B2)	0.55	0.43	0.2858	0.5001	0.26	0.48	0.0324	0.1134	0.45	0.48	0.8308	0.8615
FBti0019627	pogo	X(10C6–7)	0.57	0.64	0.5201	0.7665	0.63	0.61	0.8767	0.9092	0.83	0.57	0.0109	0.0435
FBti0019679	1731	X(20A1)	0.63	0.65	0.7840	0.8443	0.38	0.44	0.5699	0.6649	0.59	0.48	0.2826	0.3441
FBti0019747	F-element	X(20E2)	0.25	0.3	0.5559	0.7782	0.17	0.19	0.8406	0.9053	0.23	0.10	0.1083	0.1783
FBti0020042	jockey	3L(64D3)	0.11	0.2	0.2075	0.4150	0.04	0.12	0.3256	0.4558	0.25	0.15	0.2736	0.3648
FBti0020046	Doc	3L(65A3)	0.29	0.33	0.7339	0.8220	0.15	0.27	0.1671	0.2752	0.30	0.05	0.0016	0.0087
FBti0020091	Rt1a	3L(68C1)	0.63	0.83	0.0433	0.1732	0.80	0.89	0.3165	0.4664	0.83	0.65	0.0426	0.1086
FBti0020119	S-element	3L(71E1)	0.29	0.56	0.0203	0.1137	0.40	0.75	0.0037	0.0206	0.61	0.13	9.6e-07	1.3e-05
FBti0018879	BS	2R(58E2)	0.61	0.67	0.6230	0.7585	0.43	0.65	0.0356	0.1107	0.60	0.34	0.0168	0.0523
FBti0019079	BS	X(17A2)	0.18	0.14	0.5594	0.7459	0.08	0.13	0.4934	0.6579	0.20	0.52	0.0015	0.0108
FBti0019133	BS	2L(28B2)	0.50	0.55	0.6584	0.7682	0.59	0.79	0.0740	0.1594	0.62	0.54	0.4579	0.5128
FBti0019165	BS	2L(34B1)	0.41	0.52	0.2859	0.4708	0.59	0.52	0.5196	0.6612	0.43	0.66	0.0382	0.1069
FBti0019604	BS	X(7E4)	0.43	0.43	0.9757	0.9757	0.43	0.43	0.9774	0.9774	0.50	0.72	0.0579	0.1246
FBti0019771	1360	2L(36C6)	0.42	0.3	0.2563	0.4784	0.33	0.50	0.0893	0.1787	0.59	0.10	3.5e-07	9.7e-06
FBti0020056	BS	3L(65D6)	0.18	0.05	0.0695	0.2163	0.27	0.02	0.0364	0.1020	0.07	0.21	0.0478	0.1116
FBti0020057	BS	3L(65E4)	0.29	0.41	0.3054	0.4751	0.58	0.75	0.0999	0.1865	0.31	0.43	0.2398	0.3534
FBti0020125	BS	3L(73A4)	0.11	0.11	0.9406	0.9754	0.21	0.04	0.0560	0.1426	0.18	0.00	0.0010	0.0095
FBti0020155	1360	3L(75E1-2)	0.52	0.67	0.1357	0.3801	0.61	0.59	0.8316	0.9314	0.33	0.44	0.2658	0.3721

The horizontal line separates TEs that belong to putatively adaptive families (top 18 TEs) from TEs that belong to putatively neutral families (bottom 10 TEs).

a Chromosome location.

b False Discovery Rate.