Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2011 Mar 5.
Published in final edited form as: Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2010 Mar 5;153B(2):663–674. doi: 10.1002/ajmg.b.31037

TABLE II. Haplotype-Based Association Results in the Family Sample.

Block SNPs Allele FBAT PDT
Freq Z P S E (S) Global, P Freq Z P Trio-T Trio-NT Aff Sib Unaff Sib Global, P
Narrow
1 6–7 1-1 0.68 0.40 0.69 294.97 292.44 0.395 0.65 −0.38 0.70 68 58 635 656 0.606
1-2 0.27 0.37 0.71 170.03 167.99 0.33 0.66 0.51 24 28 292 270
2-2 0.045 −1.33 0.18 34.97 39.53 0.02 −0.96 0.34 4 10 17 18
2 8–9 1-1 0.32 1.05 0.29 191 184.23 0.366 0.38 0.00 1.00 35 37 259 257 0.728
1-2 0.42 0.21 0.83 243 241.53 0.39 0.51 0.61 44 46 266 249
2-1 0.26 −1.30 0.19 156 164.25 0.22 −0.83 0.40 25 21 157 176
3 10–11 1-1 0.11 1.43 0.15 82.03 74.87 0.114 0.12 1.28 0.20 13 11 134 110 0.237
1-2 0.42 −2.01 0.04 198.97 213.35 0.41 −1.51 0.13 36 46 371 402
2-1 0.46 1.19 0.23 250.97 242.72 0.47 0.64 0.52 53 44 503 496
4 12–13 1-1 0.56 1.40 0.16 292.89 282.30 0.267 0.53 0.97 0.33 72.98 62.97 651.4 631.4 0.459
2-1 0.34 −0.64 0.53 207.11 211.50 0.35 −1.00 0.32 43.02 49.03 420.6 443.6
2-2 0.10 −1.35 0.18 74.89 81.08 0.12 −0.64 0.53 9.982 15.97 162.4 169.4
5 15–16 1-1 0.51 2.82 0.0048 295.97 275.66 0.045 0.51 2.48 0.01 51 35 555 513 0.019
2-2 0.46 −2.58 0.0098 231.97 251.26 0.46 −2.18 0.03 46 59 414 457
Intermediate
1 6–7 1-1 0.68 −0.76 0.45 351.97 356.682 0.280 0.65 −1.11 0.27 81 71 681 722 0.26
1-2 0.27 1.43 0.15 209.04 201.24 0.33 1.41 0.16 29 33 334 292
2-2 0.05 −0.85 0.39 44.97 48.032 0.02 −0.91 0.36 4 10 19 20
2 8–9 1-1 0.32 2.12 0.0344 232.00 218.43 0.0496 0.38 1.13 0.26 49 49 310 286 0.38
1-2 0.42 −0.16 0.87 288.00 289.11 0.39 0.04 0.97 54 54 271 270
2-1 0.26 −1.98 0.0475 190.00 202.46 0.22 −1.27 0.20 29 29 173 198
3 10–11 1-1 0.11 1.54 0.12 101.09 93.16 0.0437 0.12 1.62 0.11 17 15 150 121 0.06308
1-2 0.42 −2.40 0.0163 254.91 272.69 0.41 −2.12 0.0337 41 54 385 432
2-1 0.46 1.51 0.13 297.91 286.78 0.47 1.08 0.28 60 48 565 547
4 12–13 1-1 0.56 2.12 0.0342 353.89 337.40 0.0504 0.53 1.65 0.0982 92.96 82.97 721.3 678.4 0.13
2-1 0.34 −1.06 0.29 247.11 254.93 0.35 −1.73 0.0834 48.04 58.03 431.7 474.6
2-2 0.10 −1.92 0.0544 91.89 100.54 0.12 −0.69 0.49 16.96 18.97 169.3 179.4
5 15–16 1-1 0.51 2.81 0.0050 344.94 324.10 0.0433 0.51 2.91 0.0036 58 39 608 553.9 0.00613
2-2 0.46 −2.60 0.0093 290.94 310.74 0.46 −0.37 0.71 1 0.0000 8.047 4.052
Broad
1 6–7 1-1 0.68 −0.61 0.54 379.94 384.143 0.178 0.65 −0.90 0.37 83 74 671 709 0.30
1-2 0.27 1.54 0.12 225.06 216.171 0.33 1.28 0.20 30 34 330 287
2-2 0.05 −1.14 0.26 46.94 51.626 0.02 −1.09 0.28 5 10 19 24
2 8–9 1-1 0.32 2.09 0.0366 254 239.25 0.067 0.38 0.91 0.36 52 52 285 264 0.58
1-2 0.42 −0.32 0.75 308 310.24 0.39 −0.10 0.92 55 55 258 261
2-1 0.26 −1.87 0.0615 202 214.51 0.22 −0.90 0.37 29 29 167 185
3 10–11 1-1 0.11 1.11 0.27 105.15 99.66 0.122 0.12 1.00 0.32 18 16 141 123 0.23
1-2 0.42 −1.90 0.0572 274.85 290.33 0.41 −1.59 0.11 44 54 376 415
2-1 0.46 1.33 0.18 317.85 306.62 0.47 0.93 0.35 60 51 577 556
4 12–13 1-1 0.56 1.37 0.17 380.86 369.54 0.190 0.53 1.07 0.28 95.96 87.97 701.3 673.4 0.38
2-1 0.34 −0.50 0.61 272.14 276.03 0.35 −1.16 0.25 50.04 59.03 427.7 455.6
2-2 0.10 −1.64 0.10 99.86 107.28 0.12 −0.67 0.51 17.96 18.97 165.3 175.4
5 15–16 1-1 0.51 2.88 0.0040 369.93 346.61 0.0231 0.51 3.14 0.0017 59 42 613 543.9 0.00359
2-2 0.46 −2.55 0.0109 308.93 329.99 0.46 −2.67 0.0076 55 69 418 481.9
Very broad
1 6–7 1-1 0.68 −0.12 0.91 496.94 497.69 0.228 0.65 −0.45 0.65 110 101 552 572 0.19
1-2 0.27 1.28 0.20 281.06 273.40 0.33 1.23 0.22 41 42 261 231
2-2 0.05 −1.47 0.14 55.94 62.84 0.02 −1.80 0.0719 5 13 13 23
2 8–9 1-1 0.32 2.03 0.0421 320 306.11 0.103 0.38 1.38 0.17 70 66 248 224 0.38
1-2 0.42 −0.65 0.51 398 402.86 0.39 −0.79 0.43 77 79 225 240
2-1 0.26 −1.38 0.17 268 277.03 0.22 −0.62 0.53 41 43 145 154
3 10–11 1-1 0.11 0.83 0.41 131.25 126.99 0.0624 0.12 0.52 0.60 22 23 101 93.01 0.19
1-2 0.42 −2.25 0.0243 342.75 360.86 0.41 −1.66 0.0974 57 73 325 352
2-1 0.46 1.82 0.0687 409.75 394.28 0.47 1.42 0.15 79 61 440 421
4 12–13 1-1 0.56 1.53 0.13 495.86 482.79 0.0932 0.53 0.89 0.37 125.9 115 570.5 556.5 0.47
2-1 0.34 −0.31 0.75 364.14 366.69 0.35 −0.72 0.47 73.05 81.04 378.5 389.5
2-2 0.10 −2.06 0.0390 134.86 144.88 0.12 −0.97 0.33 28.95 33.96 137.5 147.5
5 15–16 1-1 0.51 2.79 0.0053 463.87 439.45 0.0392 0.51 2.69 0.0071 75 51 486 443 0.00916
2-2 0.46 −2.66 0.0079 389.87 413.27 0.46 −2.52 0.0119 71 94 366 410