TABLE 2.

List of primers used for real-time PCR

Target gene	Primer name	Sequence (5′-3′)
16S rRNA	16SrRNAf	CGCAGGCGGTCAGAAA
	16SrRNAr	TTCCAGAGCACACTATGGTTGAG
SMU.20 (mreC)	SMU20f	TCCCTGATCTAACTGTTTTGTCATCT
	SMU20r	TGTCACCCCATCATTTTTTCC
SMU.503c	SMU503f	TGCAGCCTGGTTTCATCCTAA
	SMU503r	TGGATAGGGATTGGGATGTGA
SMU.609c	SMU609f	AGAAACACCCCAAGTTGAAGTTG
	SMU609r	TTCTTTGGATTTTGCACCTTTGT
SMU.625 (comEA)	SMU625f	GCATGAGGGCGTCTATACTTTACC
	SMU625r	TTTGCGATCAGCCTTTTCAGA
SMU.910 (gtfD)	SMU910f	CAGGCAGCCAACGCATTAA
	SMU910r	AGCCCTCGCTCATCATAAGC
SMU.984	SMU984f	CAACGGGTAATCAGGCAAAAG
	SMU984r	TCTACAAAAGCAAGATGACTAGAAGACTCT
SMU.1882c	SMU1882f	ATTATTCAAAATGGCTGGGTGAA
	SMU1882r	TTACTAAATCCTCTATTACCTTGAGCTGAGT
SMU.1986c (bsmH)	SMU1896f	AGACATGTTAGCCGCTGTTGAAG
	SMU1896r	AAGCGCCTGTTCCAATCGTA
SMU.1910c	SMU1910f	TTTTCTGTCTACTGGCCGAATG
	SMU1910r	CAAATGTATAAATGATTACCGTCTTCCT
SMU.1914c (bsmA)	SMU1914f	GGTGCTGGGCAAGGTTATATG
	SMU1914r	CCGATTCCTCCAGCAATAGC
SMU.1984 (comYC)	SMU1984f	TCAGGCTGAGCTTTATGAGCTTAA
	SMU1984r	CCTTGTATGAATTTGCCTGTTCTTG
SMU.2146c	SMU2146f	TCAGGAGCTTCAGGTCTCTTTCA
	SMU2146r	CCTTGGGCTTTATAAGCATTGATAG