Table 2.

Possible interactions of natural substrates based on limit dextrin and inhibitor structures. A “Y” indicates that the interaction is present in the structure.

subsite	atom from glucose or equivalent	interacting atom	residue	number of mediating waters	Present study	1PPI	1OSE	1PIG	1HX0
-1	O1 (+1 N4)	OEx	E233		Y	Y	Y	Y	Y
	O1 (+1 N4)	ODx	D300			Y	Y	Y	Y
	O1	NE2	H201	1	Y
	O2	ODx	D300			Y	Y	Y	Y
	O2	NH2	R195						Y
	O3	ODx	D300		Y	Y	Y	Y	Y
	O3	NE2	H299			Y	Y	Y	Y
	O5	NHx	R195	1	Y
	O5	ODx	D197	1	Y
	O6	NE2	H101		Y	Y	Y	Y	Y
	O6	ODx	D197		Y	Y	Y	Y	Y
	Ring	Stack	Y62			Y	Y	Y	Y
-2	O2	ODx	D300		Y
	O2	ODx	D300	1	Y
	O2	ND1	H305			Y	Y	Y	Y
	O3	N	G306	2		Y			Y
	O3	O	G304	3		Y
	O3	N	H305	3	Y
	O6	O	W59		Y	Y	Y	Y	Y
	O6	NE2	Q63		Y	Y	Y	Y	Y
	Ring	Stack	W59		Y	Y	Y	Y	Y
-3	O2	NE1	W59	2		Y	Y	Y	Y
	O2	ODx	D356	2		Y	Y	Y	Y
	O3	O	N53	2					Y
	O4 (N4)	O	V163			Y	Y	Y	Y
	O6	NE2	Q63		Y
	Ring	Stack	W59		Y	Y	Y	Y	Y
-4	O3	O	Q161	2					Y
	O3	O	I148	2					Y
	O3	N	G164	2					Y
	O6	N	G106				Y		Y
	O6	O	G164				Y
	O6	N	S105				Y
-4b	O3	O	N53	1	Y
	O6	N	G106		Y
-5	O3	OG	S145	1	Y
	O3	N	I148	1	Y
	O3	O	Q161	1	Y
	O4	OG	S105	1	Y
	O4	OE1	Q161	1	Y
+1	O2	NE2	H201			Y	Y	Y	Y
	O2	N	I235	1		Y	Y	Y	Y
	O2	O	E233	1		Y	Y	Y	Y
	O3	OEx	E233			Y	Y	Y	Y
	O3	O	E233	1					Y
	O3	N	K200	1					Y
	N4 (-1 O1)	ODx	D300			Y	Y	Y	Y
	N4 (-1 O1)	OEx	E233			Y	Y	Y	Y
	O5	N	G306	3		Y
+2	O1	O	G306	1 or 2		Y			Y
	O1	N	L237	2			Y
	O2	NZ	K200			Y	Y	Y	Y
	O2	OEx	E240			Y	Y	Y	Y
	O2	O	G238	2		Y
	O2	N	L237	2		Y	Y
	O3	NZ	K200			Y	Y	Y	Y
	O5	O	G306	1		Y
	O6	O	G306				Y
	O6	N	G306	1			Y
	O6	N	V163	2					Y
	O6	OH	Y151	1					Y
	O6	O	I148	3					Y
	Ring	Stack	Y151			Y	Y	Y	Y
+3	O1	symmetry molecule						Y
	O2	O	G238	1				Y
	O6	symmetry molecule						Y