TABLE 2.
Primers used in this study
| Primer | Nucleotide sequence |
|---|---|
| ΔsepL-Kan-fw | 5′-GGTATTGAATTTAATCAAAACCCCGCATCTGTTTTTAATTCTAATTCATTATGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG-3′ |
| ΔsepL-Kan-rv | 5′-AACATCCTCCTTATAATCTATCACTTTACCAATCATTAATAATGTATTACTCATATGAATATCCTCCTTAGTTCC-3′ |
| ΔsepD-Cm-fw | 5′-ATGAACAATAATAATGGCATAGCAAAGAATGATTGTGACTGGCTAACGGCCCATATGAATATCCTCCTTAGTTCC-3′ |
| ΔsepD-Cm-rv | 5′-TTACAACAATTCGTCCTATATCAGAAAACAAGTGTGTTGGCGGCATCATTGTTGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG-3′ |
| For-20EspA | 5′-TATGGATACATCAACTACAGCATCAGTTGCTAGTGCGAATGCGAGTACTTCGACATCAATGGAG-3′ |
| Rev-20EspA | 5′-AATTCTCCATTGATGTCGAAGTACTCGCATTCGCACTAGCAACTGATGCTGTAGTTGATGTATCCA-3′ |
| For-20EspB | 5′-TATGAATACTATCGATAATAACAATGCGGCAATCGCAGTTAATTCTGTTTTGAGCAGCACGGAG-3′ |
| Rev-20EspB | 5′-AATTCTCCGTGCTGCTCAAAACAGAATTAACTGCGATTGCCGCATTGTTATTATCGATAGTATTCA-3′ |
| For-20EspD | 5′-TATGCTTAATGTAAATAACGATATCCAGTCTGTGAGGTCTGGAGCCAGTGCTGCTACGGCTGAG-3′ |
| Rev-20EspD | 5′-AATTCTCAGCCGTAGCAGCACTGGCTCCAGACCTCACAGACTGGATATCGTTATTTACATTAAGCA-3′ |
| For-20R | 5′-TATGAGCGGTCGTCAGACTGTCGATGAAGCCCTGAAAGACGCGCAGACTCGTATCACCAAGGAG-3′ |
| Rev-20R | 5′-AATTCTCCTTGGTGATACGAGTCTGCGCGTCTTTCAGGGCTTCATCGACAGTCTGACGACCGCTCA-3′ |
| For-20EspF | 5′-TATGCTTAATGGAATTAGTAACGCTGCTTCTACACTAGGGCGGCAGCTTGTAGGTATCGCAGAG-3′ |
| Rev-20EspF | 5′-AATTCTCTGCGATACCTACAAGCTGCCGCCCTAGTGTAGAAGCAGCGTTACTAATTCCATTAAGCA-3′ |
| Eco-Map-EspA | 5′-CAGAATTCATGTTTAGTCCAACGGCAATGGTAGGTAGAGCGTTAGCTCAGGCGGTTACACAAACTCTTGCCTATGATTTAGGGAGCATGT-3′ |
| EspA-PstI | 5′-ATTGTCGAAGCTTGGCTGCAGTTATTTACCAAGGGATATTCCTG-3′ |
| NdeI-MAP-b | 5′-GGAATAACATATGTTTAGTCCAACGGCAAT-3′ |
| MAP-EcoRI | 5′-GTGCGAATTCAGCCGAGTATCCTGCACA-3′ |
| NdeI-EspA20MAP | 5′-GGAATAACATATGGATACATCAACTACAGCATCAGTTGCTAGTGCGAATGCGAGTACTTCGACATCAATGAGACCCGCTGTAACCAAGGCTGC-3′ |
| F-KpnI-Tir | 5′-TGGGTACCAAGAAGGAGATATACCATGCCTATTGGTAACCTTGGT-3′ |
| R-Tir-EcoRI | 5′-GTGCGAATTCTCAACGAAACGTACTGGTCCCG-3′ |
| F-KpnI-EspA20Tir | 5′-TGGGTACCAAGAAGGAGATATACCATGGATACATCAACTACAGCATCAGTTGCTAGTGCGAATGCGAGTACTTCGACATCAATGCCACTACCTTCACAAACAGA-3′ |
| Tir-E69-1 | 5′-TGTGAATTCATGCCTATTGGTAACCTTGG-3′ |
| Tir-E69-HA | 5′-AAGCGTCGACAGTCGACTTAAGCGTAATCTGGAACATCGTATGGGTATGCACCAACGAAACGTACTGGTCCCGGCGT-3′ |
| EspA20Tir-EcoRI | 5′-ACAGAATTCATGGATACATCAACTACAGCATCAGTTGCTAGTGCGAATGCGAGTACTTCGACATCAATGCCACTACCTTCACAAACAGACGG-3′ |