Table 1.
HLA haplogenotypes of DBS samples distributed for the VQ-PT program.a
| -------------- Chromosome 1 ---------------- | -------------- Chromosome 2 ---------------- | RISK GROUP | ||||||
| DRB1 | DQA1 | DQB1 | DRB1 | DQA1 | DQB1 | |||
| Qt 1 2003 | 040101 | 03 | 0302 | 010101 /07 | 0101 | 050101 | 2 | |
| 030101 | 05 | 0201 | 0402 /04 | 03 | 0302 | 3 | ||
| 070101 | 02 | 0201 | 010101 /07 | 0101 | 050101 | 1 | ||
| 0408 | 03 | 0302 | 070101 | 0201 | 030101 | 1 | ||
| 0411 | 03 | 0302 | 010201 | 01 | 050101 | 1 | ||
| Qt 2 2003 | 030101 | 050101 | 0202 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | ||
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | ||
| 110101 /14 | 0505 | 030101 | 130201 /05 | 010201 | 0609 | 1 | ||
| Qt 3 2003 | 040301 | 0302 /03 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | NE | |
| 0404 | 0302 /03 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | NE | ||
| 0103 | 01 | 050101 | 080101 | 0401 | 0402 | NE | ||
| 090102 | 0302 /03 | 030302 | 160201 | 010202 | 0502 | NE | ||
| 110101 | 0505 | 030101 | 130201 | 010201 | 0609 | 1 | ||
| Qt 4 2003 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 120101 /06 | 0505 | 030101 | 130101 | 0103 | 0603 | 1 | ||
| Qt 1 2004 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 030101 | 3 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | ||
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 130201 | 010201 | 060401 | 2 | ||
| Qt 2 2004 | 080101 | 0401 | 0402 | 160101 | 010202 | 0502 | 1 | |
| 0103 | 01 | 050101 | 080101 | 0401 | 0402 | 1 | ||
| Qt 2 2004 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 1405 | 01 | 050301 | 150101 | 010201 | 0502 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 0402 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| Qt 1 2005 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 130201 | 010201 | 060401 | NE | ||
| 040301 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | 1 | ||
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 040101 | 030101 | 0302 | NE | ||
| 130101 | 0103 | 0602 | 150201 | 0103 | 060101 /03 | 1 | ||
| Qt 2 2005 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | |
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 120201 | 060101 | 030101 | 1 | ||
| 010201 | 01 | 050101 | 0404 | 030101 | 0302 | 2 | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 130201 | 010201 | 060401 | 2 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | ||
| Qt 3 2005 | 030101 | 050101 | 0201 | 090102 | 0302 /03 | 030302 | NE | |
| 040101 | 030101 | 0302 | 0402 | 030101 | 0302 | NE | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | NE | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| Qt 4 2005 | 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 070101 | 0201 | 0202 | 1 | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 130201 | 010201 | 060401 | 2 | ||
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| Qt 1 2006 | 040701 | 0302 /03 | 030101 | 090102 | 0302 /03 | 0202 | 1 | |
| 070101 | 0201 | 030302 | 110101 | 0505 | 030101 | 1 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 0408 | 0302 /03 | 0304 | NE | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| Qt 2 2006 | 150201 | 01 | 050101 | 150201 | 010201 | 0502 | 1 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 070101 | 0201 | 030302 | 1 | ||
| 110101 | 0505 | 030101 | 130201 | 010201 | 0609 | 1 | ||
| 130201 | 010201 | 060101 | 150201 | 0103 | 060101 | 1 | ||
| Qt 3 2006 | 030101 | 050101 | 0201 | 0402 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 0103 | 01 | 050101 | 080101 | 0401 | 0402 | 1 | ||
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 080101 | 0401 | 0402 | 160101 | 010202 | 0502 | NE | ||
| Qt 3 2006 | 0402 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | 2/3 | |
| Qt 4 2006 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 110101 | 0505 | 030101 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 130101 | 0103 | 0603 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| Qt 1 2007 | 1405 | 01 | 050301 | 150101 | 010201 | 0502 | 1 | |
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 0402 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| Qt 2 2007 | 040301 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | 1 | |
| 0103 | 01 | 050101 | 080101 | 0401 | 0402 | 1 | ||
| 040101 | 0302 /03 | 030101 | 120201 | 060101 | 030101 | 1 | ||
| 0404 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | NE | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| Qt 3 2007 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 0402 | 030101 | 0302 | 070101 | 0201 | 0202 | 2/3 | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 040501 | 0302 /03 | 0202 | 2/3 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 140101 | 01 | 050301 | 1 | ||
| Qt 4 2007 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 110101 | 0505 | 030101 | 1 | ||
| 130101 | 0103 | 0603 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 090102 | 0302 /03 | 030302 | NE | ||
| Qt 1 2008 | 010101 /07 | 01 | 050101 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | |
| 130101 | 0103 | 0602 | 150201 | 0103 | 060101 /03 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 0404 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 010201 | 01 | 050101 | 0411 | 030101 | 0302 | NE | ||
| Qt 2 2008 | 030101 | 050101 | 0201 | 0402 | 030101 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 080101 | 0401 | 0402 | 1/2 | ||
| 120101 /06 | 0505 | 030101 | 130201 | 010201 | 060401 | 1 | ||
| 110101 | 0505 | 030101 | 130202 | 010201 | 0609 | 1 | ||
| 070101 | 0201 | 0202 | 150101 | 010201 | 0602 | 1 | ||
| Qt 3 2008 | 0103 | 01 | 050101 | 030101 | 050101 | 0201 | 1 | |
| Qt 3 2008 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | |
| 010101 /07 | 01 | 050101 | 040101 | 0302 /03 | 030101 | 1 | ||
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 040701 | 0302 /03 | 030101 | 090102 | 0302 /03 | 0202 | 1 | ||
| Qt 4 2008 | 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 0302 /03 | 0302 | 3 | |
| 030101 | 050101 | 0201 | 040101 | 030101 | 0302 | 3 | ||
| 160101 | 010202 | 0502 | 090102 | 0302 /03 | 030302 | 1 | ||
| 110101 | 0505 | 030101 | 070101 | 0201 | 0202 | 1 | ||
| 040101 | 030101 | 0302 | 040501 | 0302 /03 | 0202 | 3 | ||
a
Each row represents the haplogenotype of one DBS sample. The first set of shaded columns show the HLA DR, DQA, and DQB alleles on one chromosome, and the second set shows the alleles on the other chromosome. Each allele is designated by an alphanumeric string with two, four or six characters. Ambiguous alleles are indicated by an alternate two-character numeric string following a forward slash (e.g. 0302 /03, meaning the allele is either 0302 or 0303). The final column designates the relative risk for T1DM imparted by the haplogenotype, where 1 indicates the lowest relative risk and 3 represents the highest. NE indicates that the haplogenotype has not been evaluated for T1DM risk.