Table 2.
659 bacterial strains assayed by real-time PCR.
| Bacterial | Presence of | Number of strain | PCR positive result with each primer seth | ||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| strain | PCR target | Control | eae | JM | JM | LT | STa | agg | EAS | daa | ipa | inv | ya | PS | PA | A | ceu | AH | omp | tdh | trh | GAP | Lm- | Fe | ces | SG | yers | yersH2 | |
| genea | strain | S1 | S2 | R | T | D | H | A | dA | G | G | B | E | H1 | W | hly | mB | ||||||||||||
| Escherichia coli—STEC | eae, stx1, stx2 | SE02007 | 20 | 20 | 20 | 20 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| eae, stx1 | 15 | 15 | 15 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| eae, stx2 | 7 | 7 | − | 7 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| stx1, stx2 | 2 | − | 2 | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| stx2 | 1 | − | − | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| E. coli—EPEC | eae | EC2736b | 3 | 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| eae, astA | 5 | 5 | − | − | − | − | − | 5 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| E. coli—ETEC | LT | 3 | − | − | − | 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| ST | 9 | − | − | − | − | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| astA, LT | 1 | − | − | − | 1 | − | − | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| astA, LT,ST | EC3515b | 2 | − | − | − | 2 | 2 | − | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| astA, ST | 7 | − | − | − | − | 3 | − | 7 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| E. coli—ETEC | astA, aggR | EC4131b | 8 | − | − | − | − | − | 8 | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| aggR | 26 | − | − | − | − | − | 26 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| astA | 30 | − | − | − | − | − | − | 30 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ||
| E. coli—DAEC | daaD, astA | 2 | − | − | − | − | − | − | 2 | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| daaD | KI2214c | 2 | − | − | − | − | − | − | − | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| E. coli—EIEC | ipaH | EA32d | 5 | − | − | − | − | − | − | − | − | 5 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Shigella spp. | ipaH | I00031 | 38 | − | − | − | − | − | − | − | − | 38 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Salmonella spp. | invA | Sal2339 | 31 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 31 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Yersinia enterocolitica | yadA | Pa241 | 28 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 28 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Y. pseudotuberculosis | yadA | SP988 | 27 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 27 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Plesiomonas shigelloides | gyrB | NIID123e | 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Providencia alcalifaciens | gyrB | NIID124e | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Campylobacter jejuni | specific gene | SC01 | 43 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 43 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Campylobacter coli | ceuE | SC009 | 13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Aeromonas hydrophila | ahh1 | AT CC7966 | 45 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 45 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Vibrio cholerae | OmpW | AT CC14035 | 17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Vibrio parahaemolyticus | tdh | SVP02 | 48 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 48 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| tdh, trh | 2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 | 2 | − | − | − | − | − | − | − | ||
| trh | NIIDk4e | 35 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 35 | − | − | − | − | − | − | − | |
| Clostridium perfringens | cpe | H2f | 41 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 41 | − | − | − | − | − | − |
| Listeria monocytogenes | hly | Scott A | 46 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 46 | − | − | − | − | − |
| Staphylococcus aureus | FemB | SS05 | 35 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 35 | − | − | − | − |
| Emetic Bacillus cereus | ces, nheB | No.127g | 24 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 24 | 24 | − | − |
| Enterotoxgenic B. cereus | nheB | No.1g | 25 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 25 | − | − |
| Yersinia ruckeri | 16S rRNA | JCM15110 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 | 1 |
aPresence of PCR target gene was determined by another conventional PCR primer sets before this test.
bStrain kindly donated by J. Yatsuyanagi, Akita Prefectural Institute of Public Health (Akita, Japan) c K. Ito, National Institute of Infectious Disease (Tokyo, Japan)., d K. Sugiyama, Shizuoka Prefectural Institute of Public Health (Shizuoka, Japan), e E. Arakawa, National Institute of Infectious Disease (Tokyo, Japan), f S. Kaneko, Tokyo Metropolitan Institute of Public Health (Tokyo, Japan), g S. Ueda, Kagawa Nutrition University (Saitama, Japan) hnumber positive result; − negative result. See Table 2 for primer sets.