Table 2.
Consensus Genotypes†
| Set 1: Consensus genotype |
|||||
|---|---|---|---|---|---|
| Cell line number | CYP2D6 | CYP2C19 | CYP2C9 | VKORC1 c.-1639G>A‡ | UGT1A1 |
| GM17227 | *1/*9 | *1/*1 | *1/*2 | GA | *28/*28 |
| GM12244 | *35/*41 | *1/*1 | *2/*3 | GG | *1/*28 |
| GM17240 | *1/*10 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17289 | *2/*4 | *2/*2 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17221 | *1XN/*2 | *1/*1 | *2/*3 | GA | *1/*1 |
| GM17119 | *1/*2 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GG | *1/*37 |
| GM17129 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*36 |
| GM17235 | *1/*5 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17203 | *4/*35 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17058 | *10/*10 | *1/*2 | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17281 | *5/*9 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17293 | *2/*9 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*2 | GA | *28/*28 |
| GM17115 | *1/*2 | *1/*1 | *1/*1 (*9/*9) | GG | *28/*28 |
| GM17114 | *1/*5 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17084 | *1/*10 | *2/*4 | *1/*2 | GA | *1/*1 |
| GM17039 | *2/*17 | *1/*1 | *1/*1 (*1/*9) | GG | *1/*36 |
| GM17300 | *1/*6 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17210 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*2 | AA | *1/*1 |
| GM17247 | *1/*2 | *1/*1 | *3/*3 | GA | *1/*28 |
| GM10005 | *17/*29 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 (*1/*9) | GG | *1/*1 |
| GM17057 | *1/*10 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17280 | *2/*3 | *1/*8 | *1/*2 | GG | *1/*1 |
| GM17252 | *4/*5 | *1/*1 | *2/*3 | GA | *28/*28 |
| GM17204 | *1/*35 | *1/*1 | *1/*3 | AA | *1/*1 |
| GM09301 | Duplication | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GG | *28/*28 |
| GM02016 | *2XN/*17 | *1/*2 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17272 | *4/*10 | *1/*1 (*17/*17) | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17296 | *1/*9 | *1/*1 (*17/*17) | *1/*1 | GA | *28/*28 |
| GM17298 | *1/*1XN | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17248 | *4/*10 | *1/*1 (*17/*17) | *1/*1 | AA | *28/*28 |
| GM12273 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*2 | GG | *1/*28 |
| GM17246 | *4/*35 | *1/*8 (*8/*17) | *1/*2 | GA | *1/*28 |
| GM07439 | *4XN/*41 | *2/*2 (*2/*10) | *1/*1 (*1/*9) | GG | *1/*28 |
| GM17130 | *1/*2 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*3 | GG | *1/*37 |
| GM17052 | *1/*1 | *1/*3 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| Set 2: Consensus genotype |
|||||
|---|---|---|---|---|---|
| Cell line number | CYP2D6 | CYP2C19 | CYP2C9 | VKORC1 c.-1639G>A‡ | UGT1A1 |
| GM17215 | *4/*41 | *1/*1 | *1/*3 | GG | *1/*1 |
| GM16688 | *2/*10 | *2/*3 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17245 | *2/*4 | *1/*2 | *1/*2 | GA | *1/*28 |
| GM17218 | *2/*2 (*35) | *1/*2 | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17438 | *2/*4 | *1/*1 | *1/*2 | AA | *28/*37 |
| GM17618 | *1/*2 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17213 | *1/*2 (*35) | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17285 | *1/*1 | *1/*1 | *2/*3 | AA | *1/*1 |
| GM17209 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*28 |
| GM17216 | *1/*1 | *1/*1 | *1/*2 | AA | *1/*28 |
| GM17208 | *2/*41 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *28/*28 |
| GM17237 | *1/*4 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17232 | *2/*2XN | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17230 | *4/*41 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17207 | *2/*41 | *1/*2 | *1/*1 | GG | *28/*28 |
| GM17260 | *2/*2 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17242 | *1/*1 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17254 | *4/*41 | *1/*1 | *2/*3 | GG | *1/*28 |
| GM17256 | *2 (*35)/*2 (*35) | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17201 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM16689 | *2/*10 | *2/*2 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17205 | *1/*41 | *1/*2 | *1/*2 | GA | *1/*1 |
| GM17078 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*2 | GG | *1/*36 |
| GM17440 | *1/*1 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17466 | *1/*2 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17277 | *1/*1 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17020 | *1/*10 | *1/*1 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17220 | *1/*4 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17228 | *1/*1 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*28 |
| GM17224 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17206 | *2/*4 | *1/*1 | *1/*3 | GG | *1/*28 |
| GM17211 | *2/*4 | *1/*1 | *1/*3 | GA | *1/*1 |
| GM17226 | *4/*4 | *1/*1 | *1/*2 | GA | *28/*28 |
| GM17219 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*1 | GG | *28/*28 |
| GM17262 | *2/*41 | *1/*1 (*17/*17) | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17222 | *1/*2 | *1/*1 | *2/*2 | GA | *28/*28 |
| Set 3: Consensus genotype |
|||||
|---|---|---|---|---|---|
| Cell line number | CYP2D6 | CYP2C19 | CYP2C9 | VKORC1 c.-1639G>A‡ | UGT1A1 |
| GM17214 | *2/*2 | *1/*2 | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17244 | DUP/*4/*2A | *1/*1 | *1/*1 | AA | *1/*1 |
| GM17217 | *1/*41 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17073 | *1/*17 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *28/*28 |
| GM17282 | *41/*41 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *28/*28 |
| GM17295 | *1/*4 | *1/*2 | *1/*2 | GA | *1/*28 |
| GM17233 | *1/*41 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17269 | *2/*41 | *1/*2 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17264 | *1/*4 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GG | *1/*1 |
| GM17265 | *2/*2 | *1/*1 | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17292 | *4/*4 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17288 | *1/*1 | *1/*2 (*2/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17287 | *1/*1 (*36/?) | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17257 | *2/*4 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *28/*28 |
| GM17019 | *1/*10 | *1/*1 | *1/*3 | GA | *1/*1 |
| GM17290 | *1/*41 | *1/*2 | *1/*3 | GG | *1/*1 |
| GM17276 | *2/*5 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17268 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*1 |
| GM17291 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*3 | GA | *1/*28 |
| GM17283 | *4/*41 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*1 |
| GM17243 | *2 (*35)/*4 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*2 | AA | *1/*1 |
| GM17249 | *1/*41 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*2 | GA | *1/*1 |
| GM17275 | *1/*1 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17234 | *1/*41 | *1/*1 | *1/*3 | GG | *1/*1 |
| GM16654 | *10/*10 | *1/*2 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17212 | *1/*1 | *1/*2 | *1/*2 | GG | *1/*28 |
| GM17229 | *1/*2 | *1/*1 | *1/*1 | AA | *1/*28 |
| GM17261 | 2 (*35)/*4 | *1/*1 | *1/*2 | GA | *1/*28 |
| GM17286 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17236 | *2/*41 | *1/*1 | *1/*1 | GG | *1/*28 |
| GM17267 | *1/*4 | *1/*1 | *1/*1 | GA | *1/*1 |
| GM17231 | *1/*2 | *1/*1 | *1/*2 | GG | *1/*28 |
| GM17075 | *1/*2 | *1/*1 | *2/*2 | GA | *1/*28 |
| GM17263 | *1/*1 | *2/*2 | *1/*1 | GA | *1/*28 |
| GM17274 | *1/*2 | *1/*1 (*1/*17) | *1/*2 | GA | *1/*1 |
| GM17279 | *4/*41 | *1/*1 (*17/*17) | *1/*1 | GG | *1/*1 |
†
Genotypes in parentheses were detected by assays performed in only one laboratory. The results were not verified because no other assays designed to detect the allele were included in this study.
‡
VKORC1, only c.-1639G>A (3673) is indicated. Data for other alleles are available on the GeT-RM Web site http://wwwn.cdc.gov/dls/genetics/rmmaterials/default.aspx.