Table 3.
Summary of transcript expression in C57Bl6j mice from E13.5 to E15.5
| Brain expression | VZ | SVZ | Mantle | Cortex | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mouse gene name | V 14.5 | G 14.5 | A 13.5 | A 15.5 | B 15 | V 14.5 | G 14.5 | A 13.5 | A 15.5 | B 15 | V 14.5 | G 14.5 | A 13.5 | A 15.5 | B 15 | V 14.5 | G 14.5 | A 13.5 | A 15.5 | B 15 | V 14.5 | G 14.5 | A 13.5 | A 15.5 | B 15 |
| Pitx1 | + | + | ND | ND | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Pitx2 | + | ND | + | ND | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||
| Pitx3 | + | ND | ND | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Foxb2 | - | ND | ND | + | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| FoxL1 | ND | ND | ND | ND | ND | ||||||||||||||||||||
| Foxa1 | - | ND | + | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||
| Foxb1 | - | + | + | + | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||
| Foxi2 | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Foxd2 | ND | + | + | ND | ND | - | + | - | + | - | - | - | + | ||||||||||||
| Foxq1 | ND | + | ND | + | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | ||||||||||||
| Foxa3 | - | + | - | - | - | - | + | - | - | - | - | + | - | - | - | - | + | - | - | - | - | + | - | - | - |
| Jup | + | + | ND | ND | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Ctnnb1 | + | + | + | ND | ND | + | + | + | + | + | + | - | + | - | - | + | + | ||||||||
| Ip6k1 | + | + | ND | ND | ND | - | - | - | + | + | + | + | + | ||||||||||||
| Ip6k2 | - | + | ND | ND | ND | - | - | - | + | - | + | - | + | ||||||||||||
| Ip6k3 | ND | ND | ND | ND | ND | ||||||||||||||||||||
| Ipmk | + | ND | ND | ND | ND | + | + | + | + | ||||||||||||||||
| Phox2a | ND | + | ND | - | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Arx | - | ND | + | + | ND | - | + | - | - | + | + | - | + | + | - | + | + | ||||||||
| Alx4 | - | + | ND | + | ND | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||
| Phox2b | - | ND | + | + | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||
| Pax7 | - | ND | ND | + | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Nkx2-5 | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Nkx2-3 | + | + | ND | ND | ND | + | - | - | - | - | + | - | - | ||||||||||||
| Nkx2-1 | + | + | + | + | ND | - | - | - | - | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||
| Nkx2-4 | ND | ND | ND | ND | ND | ||||||||||||||||||||
| Hnf4g | - | + | - | - | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||
| Hnf4a | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Rarg | - | + | ND | + | ND | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | ||||||||
| Znf541 | ND | ND | ND | ND | ND | ||||||||||||||||||||
| Trerf1 | - | + | ND | ND | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | ||||||||||||
| C130039O16Rik | - | + | ND | ND | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | ||||||||||||
| Mier1 | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Rcor1 | - | + | + | + | ND | - | + | + | + | - | - | + | + | - | + | + | - | - | - | + | - | ||||
| Foxj3 | + | ND | ND | + | ND | + | - | + | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Ncor1 | ND | ND | + | + | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | + | + | + | ||||||||
| Ezh2 | + | + | ND | ND | ND | + | + | + | - | - | + | - | + | ||||||||||||
| Ezh1 | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Suv39h1 | + | + | ND | ND | + | + | + | + | + | - | - | - | - | - | + | - | - | ||||||||
| Taf11 | - | + | ND | ND | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | ||||||||||||
| Dspp | - | ND | ND | ND | ND | - | - | - | - | ||||||||||||||||
| Myst3 | + | ND | ND | ND | ND | + | - | + | + | ||||||||||||||||
| Rxrb | + | + | - | - | ND | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | + | - | - | ||||
| Cux1 | + | ND | + | ND | ND | + | + | + | + | + | - | + | + | ||||||||||||
| Cux2 | + | + | + | + | ND | - | - | - | - | - | - | - | - | + | + | + | + | + | + | + | + | ||||
| Myh8 | + | ND | ND | ND | ND | + | - | - | - | ||||||||||||||||
| Myh10 | ND | + | ND | ND | ND | + | - | + | + | ||||||||||||||||
| Clip1 | - | + | ND | ND | ND | - | + | - | - | - | + | - | + | ||||||||||||
| Myh11 | ND | ND | ND | ND | ND | ||||||||||||||||||||
| Med6 | - | + | - | - | ND | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||
| Rpgrip1 | ND | + | ND | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | - | ||||||||||||
| Sptbn1 | - | + | ND | ND | ND | - | + | - | - | - | - | - | + | ||||||||||||
| Ncl | + | + | ND | ND | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | + | ||||||||
| Pnn | + | ND | + | ND | + | + | + | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||||||||
| Thoc4 | + | + | ND | ND | ND | + | + | + | - | - | - | - | - | ||||||||||||
| Refbp2 | + | ND | ND | ND | ND | + | - | - | + | ||||||||||||||||
| Fox1 | + | + | ND | ND | ND | - | - | - | - | + | + | + | + | ||||||||||||
| Hist1h1a | + | ND | ND | ND | ND | + | + | + | + | ||||||||||||||||
| Med8 | - | + | ND | ND | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | ||||||||
| Pou6f2 | + | + | + | ND | ND | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | ||||||||
| Tcfap4 | + | + | + | - | ND | + | + | + | - | + | - | + | - | + | - | - | - | + | + | + | - | ||||
| Hey2 | ND | + | + | + | ND | - | + | - | - | - | - | - | - | + | - | - | |||||||||
V14.5 (Vanderbilt Study), G14.5 (GenePaint data), A13.5 to A15.5 (Allen Brain Atlas data at two ages), B15 (BGEM dataset). ND or empty cell = no data. SVZ, subventricular zone; VZ, ventricular zone.