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. 2010 Dec 1;1:13. doi: 10.1186/2041-2223-1-13

Table 1.

HVSI mutations and haplotypes observed in the Queixadinha and the presumed Botocudo samples

Haplotype GenBank accession number Number of samples HVSIa nucleotide position Haplogroup
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6
0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3
5 1 1 1 2 2 5 6 7 7 8 1 1 2 2 6 7 8 9 9 1 2 2 3 5 6
1 1 3 7 6 9 3 6 2 8 9 3 7 3 4 0 8 7 5 8 1 5 7 5 6 2
CRS A C A T T G G A T T T G T C T C C C C T T T C A T T
Queixadinha samples (QUEIX)
MG18 EU526929 1 . . . . . . . . . C C . C . . . . . . . . . . . . . B
MG22 EU526933 1 . . . . . . . . . C C . C T . . . . . . . . . . . . B
MG23 EU526934 1 . T . . . . . . . C C . C . . . . . . . . . . . . . B
MG24 EU526935 1 . . . C . . . . . C C . C . . . . . . . . . . . . . B
MG28 EU526939 1 . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . C T . . C C
MG30 EU526941 3 G . . . . . . . . . . . C T . . . T . C . C T . . . C
MG31c EU526942 1 G . . . . . . . C . . . . T . . . . T C . C T G . . C
MG32 EU526943 2 . . . . C . . . . . . . . T . . . . . C . C T . . . C
MG33 EU526944 5 . . . . . . . G . . . . . T C T . . . C . C T . C . C
MG34 EU526945 1 . . C . . . . . . . . . . T . . . . T C C C . . . . C
MG36 EU526947 1 . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C T . . . C
MG37 EU526948 1 . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . C D
MG39 EU526950 1 . . . . . . A . . . . A . T . . T . . . C . . . . C D
Total 20
Botocudo samples
Bot01 HM151388 3 . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . C T . . . C
Bot02 HM151391 1 . . . . . A . . . . . . . T . . . . . C . C T . . . C
Bot03 HM151392 4 G . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . C T . . . C
Bot04c HM151396 4 G . . . . . . . C . . . . T . . . . T C . C T G . . C
Bot05d 1 B
Bot06d 1 B
otal 14

aHVS = hypervariable segment.; bCRS = Cambridge Reference Sequence; cthese two sequences were identical; dthese two sequences will be the subject of a future publication.