Table 1. Breed information, including geographical grouping, for the 111 cattle breeds sampled as part of this study, and associated haplotypic data (defined as SNP-INRA189-BM861) and diversity values.
| Geographic grouping | Breed | Code | Country of origin | Number of Y-chromosomes | Haplotype | haplotype diversity (± SD) | total number of haplotypes | ||||||||||||||||||
| Y1-94-158 | Y1-96-158 | Y1-98-158 | Y1-98-160 | Y1-100-158 | Y1-102-158 | Y2-80-158 | Y2-90-158 | Y2-94-158 | Y2-96-158 | Y2-98-158 | Y2-98-160 | Y2-100-158 | Y2-102-158 | Y2-102-160 | Y2-104-158 | Y2-104-160 | Y2-106-158 | Y3-88-156 | |||||||
| India (IND) | Nellore | NEL | Brazil | 12 | 12 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Ongole | ONG | India | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 16 | 16 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||||
| Africa (AFR) | N'Dama | NDM | Guinea | 12 | 2 | 9 | 1 | 0.247±0.184 | 3 | ||||||||||||||||
| Total | 12 | 2 | 9 | 1 | 0.247±0.184 | 3 | |||||||||||||||||||
| Southwest Asia (SWA) | Anatolian Black | ANT | Turkey | 5 | 1 | 1 | 2 | 1 | 0.300±0.424 | 4 | |||||||||||||||
| Damascus | DAM | Syria | 3 | 1 | 1 | 1 | 0.556±0.416 | 3 | |||||||||||||||||
| East Anatolian Red | EAR | Turkey | 4 | 1 | 2 | 1 | 0.278±0.393 | 3 | |||||||||||||||||
| Middle Iraqi | IQM | Iraq | 4 | 3 | 1 | 0.500±0.000 | 2 | ||||||||||||||||||
| North Iraqi | IQN | Iraq | 1 | 1 | n/a | 1 | |||||||||||||||||||
| South Iraqi | IQS | Iraq | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| South Anatolian Red | SAR | Turkey | 4 | 2 | 2 | 0.222±0.314 | 2 | ||||||||||||||||||
| Total | 24 | 4 | 1 | 1 | 1 | 7 | 5 | 5 | 0.574±0.192 | 7 | |||||||||||||||
| Podolian (POD) | Chianina | CHI | Italy | 20 | 20 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Istrian | IST | Croatia | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Marchigiana | MCG | Italy | 11 | 11 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Maremmana | MMA | Italy | 19 | 19 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Podolica | PODi | Italy | 13 | 9 | 4 | 0.154±0.218 | 2 | ||||||||||||||||||
| Serbian Podolica | PODs | Serbia | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Turkish Grey | TGY | Turkey | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Ukrainian Grey | UGY | Ukraine | 5 | 5 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 79 | 5 | 28 | 43 | 3 | 0.193±0.273 | 4 | ||||||||||||||||||
| Iberian (IBE) | Alentejana | ALN | Portugal | 34 | 34 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Alistana-Sanabresa | ALS | Spain | 12 | 12 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Arouquesa | ARQ | Portugal | 33 | 25 | 8 | 0.126±0.179 | 2 | ||||||||||||||||||
| Asturiana de los Valles | ASV | Spain | 38 | 26 | 6 | 6 | 0.256±0.202 | 3 | |||||||||||||||||
| Asturiana de Montana | ASM | Spain | 19 | 18 | 1 | 0.070±0.050 | 2 | ||||||||||||||||||
| Avilena Negro Iberica | AVI | Spain | 7 | 1 | 1 | 5 | 0.270±0.214 | 3 | |||||||||||||||||
| Barrosã | BAR | Portugal | 33 | 4 | 29 | 0.073±0.104 | 2 | ||||||||||||||||||
| Berrenda | BER | Spain | 5 | 3 | 2 | 0.200±0.283 | 2 | ||||||||||||||||||
| Betizu | BEB | Spain | 17 | 17 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Brava de Lide | BRV | Portugal | 26 | 2 | 23 | 1 | 0.122±0.091 | 3 | |||||||||||||||||
| Cachena | CCH | Portugal | 25 | 1 | 24 | 0.027±0.038 | 2 | ||||||||||||||||||
| Garvonesa | GAR | Portugal | 6 | 6 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Lidia | LID | Spain | 66 | 1 | 1 | 64 | 0.020±0.028 | 3 | |||||||||||||||||
| Mallorquina | MAL | Spain | 8 | 8 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Marinhoa | MAH | Portugal | 17 | 17 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Maronesa | MAR | Portugal | 23 | 23 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Mertolenga | MRT | Portugal | 21 | 7 | 1 | 1 | 2 | 10 | 0.378±0.273 | 5 | |||||||||||||||
| Minhota | MIN | Portugal | 28 | 28 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Mirandesa | MIR | Portugal | 23 | 23 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Morucha | MOR | Spain | 5 | 5 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Mostrenca | MOS | Spain | 21 | 21 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Pajuna | PAJ | Spain | 4 | 1 | 2 | 1 | 0.444±0.342 | 3 | |||||||||||||||||
| Preta | PRT | Portugal | 29 | 1 | 1 | 5 | 22 | 0.158±0.178 | 4 | ||||||||||||||||
| Retinta | RET | Spain | 6 | 4 | 2 | 0.178±0.251 | 2 | ||||||||||||||||||
| Rubia Gallega | RGA | Spain | 44 | 44 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Sayaguesa | SAY | Spain | 8 | 1 | 5 | 2 | 0.202±0.286 | 3 | |||||||||||||||||
| Tudanca | TUD | Spain | 10 | 10 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 568 | 44 | 57 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 277 | 17 | 140 | 28 | 0.335±0.244 | 11 | |||||||||||
| Central (CEN) | Blonde d'Aquitaine | BDA | France | 5 | 3 | 2 | 0.200±0.283 | 2 | |||||||||||||||||
| Bruna de los Pirineds | BPI | Spain | 11 | 11 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Busha | BUS | Serbia | 5 | 5 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Cabannina | CAB | Italy | 2 | 1 | 1 | 0.333±0.471 | 2 | ||||||||||||||||||
| Charolais | CHA | France | 31 | 30 | 1 | 0.022±0.030 | 2 | ||||||||||||||||||
| Limousin | LIM | France | 24 | 24 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Montbeliard | MBE | France | 6 | 6 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Parthenaise | PAR | France | 15 | 4 | 11 | 0.279±0.198 | 2 | ||||||||||||||||||
| Piemontese | PIM | Italy | 13 | 2 | 11 | 0.094±0.133 | 2 | ||||||||||||||||||
| Pinzgaur | PGZ | Austria | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Pirenaica | PIR | Spain | 10 | 8 | 2 | 0.119±0.168 | 2 | ||||||||||||||||||
| Pustertaler | PUS | Italy | 13 | 13 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Salers | SAL | France | 20 | 1 | 19 | 0.067±0.047 | 2 | ||||||||||||||||||
| Simmental | SIM | Switzerland | 15 | 15 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Swiss Brown | SWB | Switzerland | 14 | 14 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Tarentaise | TAR | France | 18 | 18 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Tyrolean Grey | TYG | Italy | 19 | 2 | 17 | 0.066±0.094 | 2 | ||||||||||||||||||
| Total | 230 | 5 | 4 | 215 | 1 | 5 | 0.056±0.045 | 5 | |||||||||||||||||
| British (BRT) | Aberdeen Angus | ABA | Scotland | 27 | 20 | 7 | 0.133±0.188 | 2 | |||||||||||||||||
| Ayrshire | AYR | Scotland | 16 | 16 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| British White | BWH | England | 21 | 16 | 1 | 1 | 3 | 0.252±0.111 | 4 | ||||||||||||||||
| Dexter | DEX | Ireland | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Galloway | GAL | Scotland | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Hereford | HER | England | 21 | 20 | 1 | 0.063±0.045 | 2 | ||||||||||||||||||
| Highland | HIG | Scotland | 10 | 10 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Jersey | JER | Jersey | 19 | 19 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 127 | 56 | 8 | 20 | 21 | 22 | 0.413±0.226 | 5 | |||||||||||||||||
| Nordic (NOR) | Blacksided Troender | STN | Norway | 7 | 7 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Doela | DOL | Norway | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Eastern Finncattle | EFC | Finland | 9 | 1 | 8 | 0.148±0.105 | 2 | ||||||||||||||||||
| Eastern Red Polled | ORA | Norway | 5 | 5 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Fjallnara | FNR | Sweden | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Icelandic | ICL | Iceland | 8 | 8 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Northern Finncattle | NFC | Finland | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Norwegian (commercial, hybrid) | NRF | Norway | 12 | 12 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Swedish Mountain | SFR | Sweden | 8 | 8 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Swedish Red Polled | ROK | Sweden | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Telemark | TEL | Norway | 2 | 2 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Western Finncattle | WFC | Finland | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Western Fjord | VFJ | Norway | 6 | 3 | 3 | 0.200±0.283 | 2 | ||||||||||||||||||
| Western Red Polled | VRA | Norway | 3 | 2 | 1 | 0.222±0.314 | 2 | ||||||||||||||||||
| Total | 82 | 64 | 4 | 6 | 8 | 0.222±0.161 | 4 | ||||||||||||||||||
| Baltic Red (BHR) | Angler | ANG | Germany | 10 | 10 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Danish Red | RDM | Denmark | 19 | 18 | 1 | 0.070±0.050 | 2 | ||||||||||||||||||
| Latvian Blue (native) | LBL | Latvia | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Latvian Brown (commercial) | LBR | Latvia | 8 | 8 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Latvian Danish Red | DAR | Latvia | 7 | 3 | 4 | 0.381±0.269 | 2 | ||||||||||||||||||
| Suksunskaya | SUK | Russia | 5 | 4 | 1 | 0.267±0.189 | 2 | ||||||||||||||||||
| Ukrainian Red Steppe | RST | Ukraine | 5 | 1 | 4 | 0.133±0.189 | 2 | ||||||||||||||||||
| Total | 63 | 1 | 56 | 6 | 0.126±0.090 | 3 | |||||||||||||||||||
| North-West (NWE) | Belgian Blue | BWB | France | 21 | 19 | 2 | 0.060±0.085 | 2 | |||||||||||||||||
| Belgian Red | BRE | Belgium | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Normand | NOR | France | 46 | 46 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Shorthorn | SHN | Belgium | 19 | 19 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 90 | 19 | 71 | 0.112±0.159 | 2 | ||||||||||||||||||||
| Lowland Pied (LLP) | Dutch Belted | DUB | Netherlands | 8 | 3 | 5 | 0.357±0.253 | 2 | |||||||||||||||||
| Friesian-Dutch | FRH | Netherlands | 8 | 8 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| German Original Black Pied-West | BPW | Germany | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Groningen Whitehead | GWH | Netherlands | 6 | 6 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Holstein Friesian | HFR | Netherlands | 65 | 64 | 1 | 0.021±0.015 | 2 | ||||||||||||||||||
| Jutland (old native) | SJM | Denmark | 6 | 6 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Meuse-Rhine-Yssel | MRY | Netherlands | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Red Holstein dual type | RH2 | Netherlands | 1 | 1 | n/a | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 106 | 100 | 1 | 5 | 0.072±0.039 | 3 | |||||||||||||||||||
| Eastern (EAS) | Bestuzhev | BZH | Russia | 4 | 4 | 0.000±0.000 | 1 | ||||||||||||||||||
| Istobenskaya | ISB | Russia | 9 | 9 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Kalmyk | KAL | Russia | 12 | 12 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Kholomogorskaya | KHO | Russia | 6 | 6 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Pechorskaya | PCH | Russia | 7 | 7 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Ukrainian Whiteheaded | UWH | Ukraine | 11 | 4 | 1 | 6 | 0.388±0.276 | 3 | |||||||||||||||||
| Yakutian cattle | YKT | Siberia | 23 | 22 | 1 | 0.029±0.041 | 2 | ||||||||||||||||||
| Yaroslavskaya | YAR | Russia | 3 | 3 | 0.000±0.000 | 1 | |||||||||||||||||||
| Total | 75 | 33 | 1 | 6 | 34 | 1 | 0.373±0.247 | 5 | |||||||||||||||||
| Overall | 111 breeds | 1472 | 44 | 20 | 448 | 8 | 25 | 1 | 6 | 14 | 1 | 1 | 2 | 1 | 7 | 559 | 18 | 259 | 1 | 36 | 21 | 0.422±0.269 | |||