TABLE 1.
Comparison of HCV genotyping obtained by NS5B sequencing with that obtained by hybridization on the biochip
| NS5B sequencing | No. of isolates with HCV genotype and subtype assigned by hybridization on biochip |
|||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1a | 1b | 1d | 1e | 2 | 2a | 2b | 2c | 2i | 2j | 2k | 2l | 3a | 4 | 4a | 4c | 4d | 4f | 4h | 4k | 4p | 4r | 5a | 6 | Total | |
| 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | ||||||||||||||||||||||
| 1a | 103 | 103 | ||||||||||||||||||||||||
| 1b | 88 | 88 | ||||||||||||||||||||||||
| 1d | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 1e | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 2 | 3 | 1 | 4 | |||||||||||||||||||||||
| 2a | 1 | 4 | 5 | |||||||||||||||||||||||
| 2b | 5 | 5 | ||||||||||||||||||||||||
| 2c | 3 | 1 | 4 | |||||||||||||||||||||||
| 2i | 7 | 7 | ||||||||||||||||||||||||
| 2j | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 2k | 5 | 5 | ||||||||||||||||||||||||
| 2l | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 3a | 84 | 84 | ||||||||||||||||||||||||
| 4 | 0 | |||||||||||||||||||||||||
| 4a | 12 | 12 | ||||||||||||||||||||||||
| 4c | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 4d | 8 | 8 | ||||||||||||||||||||||||
| 4f | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 4h | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 4k | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 4p | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| 4r | 2 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||||||
| 5a | 3 | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| 6 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Total | 2 | 104 | 89 | 0 | 1 | 6 | 4 | 5 | 3 | 7 | 0 | 7 | 0 | 84 | 3 | 12 | 1 | 8 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | 3 | 1 | 345 |