TABLE 3.
Type strains used in the specificity test for multiplex PCR
| Bacterial species | No. of isolates tested | Strain name(s)/sourcea | Amplification target in PCR |
||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16S rRNA gene | IS900 | IS901 | IS1311 | DT1 | |||
| M. avium complex | |||||||
| M. avium subsp. paratuberculosis | 6 | K-10, ATCC 19698, ATCC 43015, ATCC 43544, ATCC 43545, ATCC 49164 | + | + | − | + | − |
| M. avium subsp. hominissuis | 2 | ATCC 700898, 104 | + | − | − | + | − |
| M. avium subsp. avium | 2 | ATCC 35712, ATCC 25291 | + | − | + | + | + |
| M. intracellulare | 2 | ATCC 13950, ATCC 25122 | + | − | − | − | + |
| M. avium subsp. silvaticum | 1 | ATCC 49884 | + | − | + | + | + |
| Mycobacteria other than MAC | |||||||
| M. abscessus | 1 | ATCC 19977 | + | − | − | − | − |
| M. bovis | 1 | ATCC 19210 | + | − | − | − | − |
| M. bovis BCG | 1 | BCG Pasteur 1173P2 | + | − | − | − | − |
| M. celatum | 2 | ATCC 51130, ATCC 51131 | + | − | − | − | − |
| M. chelonae | 1 | ATCC 35749 | + | − | − | − | − |
| M. flavescens | 1 | ATCC 14474 | + | − | − | − | − |
| M. fortuitum | 2 | ATCC 49403, ATCC 49404 | + | − | − | − | − |
| M. gastri | 1 | ATCC 15754 | + | − | − | − | − |
| M. gordonae | 1 | ATCC 14470 | + | − | − | − | − |
| M. kansasii | 1 | ATCC 12478 | + | − | − | − | − |
| M. malmoense | 1 | ATCC 29571 | + | − | − | − | − |
| M. marinum | 1 | ATCC 927 | + | − | − | − | − |
| M. nonchromogenicum | 1 | ATCC 19530 | + | − | − | − | − |
| M. peregrinum | 1 | ATCC 14467 | + | − | − | − | − |
| M. phlei | 1 | ATCC 11758 | + | − | − | − | − |
| M. scrofulaceum | 1 | ATCC 19981 | + | − | − | − | − |
| M. smegmatis | 2 | ATCC 14468, mc2155 | + | − | − | − | − |
| M. terrae | 1 | ATCC 15755 | + | − | − | − | − |
| M. tuberculosis H37Ra | 1 | ATCC 25177 | + | − | − | − | − |
| M. tuberculosis H37Rv | 1 | ATCC 25618 | + | − | − | − | − |
| M. ulcerans | 1 | ATCC 19423 | + | − | − | − | − |
| M. vaccae | 1 | ATCC 15483 | + | − | − | − | − |
| M. xenopi | 1 | ATCC 19250 | + | − | − | − | − |
| Bacteria (nonmycobacteria) | |||||||
| Enterobacter aerogenes | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Escherichia coli | 3 | ATCC 25922, ATCC 35218, DH5α | − | − | − | − | − |
| Enterococcus faecalis | 1 | ATCC 29212 | − | − | − | − | − |
| Pseudomonas aeruginosa | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Corynebacterium pseudotuberculosis | 1 | JTC | − | − | − | − | − |
| Bacteroides fragilis | 1 | ATCC 25285 | − | − | − | − | − |
| Staphylococcus aureus | 1 | ATCC 29213 | − | − | − | − | − |
| Nocardia asteroides | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Nocardiopsis dassonvillei | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Nocardia farcinica | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Streptomyces rimosus | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Rhodococcus equi | 1 | WSLH | − | − | − | − | − |
| Total | 53 | ||||||
a
ATCC, American Type Culture Collection, Manassas, VA; JTC, Johne's Testing Center, Madison, WI; WSLH, Wisconsin State Laboratory of Hygiene, Madison, WI.