Table 3. Top results obtained for SNPs that showed a R_χ p-value<1E-4 and R_M p-value<1E-2.

					ROADTRIPS			MQLS		naive frequencies			BLUE frequencies
ch	SNP	bp	genes	alleles	RM	Rχ	RW	Corr. χ2	MQLS	cases	cont's	all sample	cases	cont's	unkn cont's	all sample	Hapmap (CEU)
1	rs12404212	244348886	SMYD3	A/G	0.004620	0.000094	0.548685	0.000080	0.000061	0.22	0.16	0.11	0.15	0.11	0.07	0.07	0.08
2	rs1915174	50451419	NRXN1	G/A	0.002606	0.000028	0.000116	0.000023	0.000819	0.30	0.47	0.48	0.34	0.51	0.51	0.53	0.57
2	rs12465806	50451831	NRXN1	A/G	0.002432	0.000029	0.000119	0.000025	0.000755	0.30	0.47	0.48	0.34	0.51	0.52	0.53	0.56
2	rs11125301	50452354	NRXN1	T/A	0.001982	0.000025	0.000080	0.000020	0.000582	0.30	0.47	0.48	0.34	0.53	0.52	0.53	0.57
2	rs1829534	50464580	NRXN1	C/T	0.002602	0.000028	0.000122	0.000023	0.000818	0.30	0.47	0.48	0.34	0.51	0.51	0.53	0.58
2	rs1402129	50470343	NRXN1	T/C	0.003125	0.000042	0.000313	0.000035	0.001035	0.30	0.47	0.48	0.34	0.51	0.51	0.52	0.57
2	rs1864466	203564702	ALS2CR8	A/G	0.000657	0.000011	0.000125	0.000008	0.000001	0.32	0.14	0.17	0.26	0.10	0.09	0.09	0.08
2	rs2359681	207274185	DYTN, ADAM23	T/C	0.002540	0.000078	0.018889	0.000072	0.000140	0.30	0.18	0.17	0.22	0.18	0.13	0.13	0.15
6	rs10946741	25118978	LRRC16A-SLC17A4	A/G	0.000256	0.000091	0.064420	0.000087	0.000169	0.21	0.35	0.41	0.27	0.43	0.51	0.48	0.44
7	rs16872208	7957012	GLCCI1	A/T	0.009254	0.000071	0.000014	0.000061	0.002070	0.29	0.19	0.17	0.26	0.17	0.13	0.14	0.08
7	rs17528240	10716439	NDUFA4, PHF14	G/A	0.003906	0.000013	0.000010	0.000011	0.001173	0.57	0.38	0.39	0.50	0.37	0.36	0.36	0.28
7	rs12673360	10802614	NDUFA4, PHF14	A/G	0.006443	0.000015	0.000032	0.000012	0.002306	0.57	0.38	0.39	0.51	0.37	0.38	0.37	0.30
7	rs6460751	10811628	NDUFA4, PHF14	G/A	0.005312	0.000007	0.000007	0.000006	0.001823	0.58	0.37	0.39	0.53	0.37	0.38	0.38	0.30
8	rs1484190	2879144	CSMD1	T/A	0.002964	0.000042	0.024529	0.000040	0.001511	0.60	0.39	0.40	0.62	0.35	0.35	0.36	0.42
8	rs12707927a	129274206	PVT1	A/G	0.006739	8.95E-08	0.031231	6.49E-08	0.004214	0.16	0.05	0.05	0.08	0.04	0.07	0.06	0.06
10	rs11239832	42739373	BMS1	T/G	0.006675	0.000069	0.064082	0.000057	0.000746	0.23	0.09	0.12	0.22	0.09	0.08	0.10	0.12
10	rs12784847	72181534	ADAMTS14	A/G	0.004672	0.000072	0.331840	0.000069	0.002452	0.50	0.35	0.31	0.40	0.32	0.30	0.28	0.30
10	rs3740434	72192195	ADAMTS14	T/C	0.000808	0.000076	0.193978	0.000073	0.000226	0.55	0.37	0.36	0.46	0.35	0.31	0.29	0.41
10	rs11591930	72198570	ADAMTS14	A/T	0.000224	0.000026	0.152853	0.000025	0.000037	0.55	0.37	0.35	0.46	0.35	0.29	0.27	0.26
12	rs1358652	126947387	-	C/T	0.001398	0.000014	0.148832	0.000011	0.000139	0.18	0.07	0.08	0.16	0.04	0.06	0.06	0.14
12	rs764377	126947603	-	A/G	0.001194	0.000013	0.134585	0.000010	0.000092	0.18	0.07	0.08	0.16	0.04	0.06	0.07	0.14
12	rs1463670a	126948493	-	C/A	0.000692	0.000025	0.210417	0.000024	0.000288	0.20	0.07	0.08	0.18	0.04	0.08	0.08	0.14
12	rs1463669a	126948655	-	G/A	0.000707	0.000026	0.211419	0.000025	0.000289	0.20	0.07	0.08	0.18	0.04	0.08	0.08	0.14
12	rs1463666	126949325	-	C/T	0.001194	0.000013	0.134585	0.000010	0.000092	0.18	0.07	0.08	0.16	0.04	0.06	0.07	0.14
13	rs2503340	21708964	-	G/T	0.002605	0.000023	0.000112	0.000019	0.000531	0.49	0.36	0.33	0.44	0.31	0.29	0.29	0.17
14	rs7146962	53215067	-	G/A	0.003006	0.000090	0.000017	0.000077	0.000907	0.64	0.44	0.47	0.63	0.40	0.43	0.43	0.24
22	rs12167903a	29096466	CCDC157	T/C	0.000450	0.000056	0.000021	0.000054	0.000001	0.15	0.07	0.05	0.13	0.05	0.02	0.02	0.00

Naïve and BLUE allele frequencies and are shown.

^aROADTRIPS gives a warning for R_χ.