Table 1.
List of species included in this study
| Species | Code | Lineage | Supergroup | Data Source |
|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Hsa | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Mus musculusa | Mmu | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Rattus norvegicusa | Rno | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Gallus gallusa | Gga | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Xenopus tropicalisa | Xtr | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Danio rerioa | Dre | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Takifugu rubripes | Fru | Metazoa | Opisthokonta | Fugu Genome Project |
| Ciona intestinalis | Cin | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Anopheles gambiaea | Aga | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Drosophila melanogaster | Dme | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Apis melliferaa | Ame | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Caenorhabditis briggsae a | Cbr | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Caenorhabditis elegans | Cel | Metazoa | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Monosiga brevicollis | Mbr | Choanoflagellate | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Saccharomyces cerevisiaea | Sce | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Candida glabrata | Cgl | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Ashbya gossypiia | Ago | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Kluyveromyces lactis | Kla | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Debaryomyces hansenii | Dha | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Yarrowia lipolytica | Yli | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Magnaporthe oryzaea | Mor | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Neurospora crassaa | Ncr | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Fusarium oxysporuma | Fox | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Aspergillus fumigatus | Afu | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Schizosaccharomyces pombe | Spo | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Cryptococcus neoformans | Cne | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Ustilago maydisa | Uma | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Encephalitozoon cuniculi | Ecu | Fungi | Opisthokonta | NCBI RefSeq |
| Dictyostelium discoideum | Ddi | Mycetozoa | Amoebozoa | NCBI RefSeq |
| Entamoeba dispar a | Edi | Archamoebae | Amoebozoa | NCBI RefSeq |
| Entamoeba histolytica | Ehi | Archamoebae | Amoebozoa | NCBI RefSeq |
| Arabidopsis thaliana | Ath | Streptophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Oryza sativa | Osa | Streptophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Populus trichocarpa | Pop | Streptophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Physcomitrella patens | Ppa | Streptophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Chlamydomonas reinhardtii | Cre | Chlorophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Volvox carteri | Vca | Chlorophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Ostreococcus lucimarinusa | Olu | Chlorophyta | Plantae | NCBI RefSeq |
| Cyanidioschyzon merolae | Cme | Rhodophyta | Plantae | U. of Tokyo |
| Guillardia thetab | Gth | Cryptophyta | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Bigelowiella natansb | Bna | Cercozoa | Rhizaria | NCBI RefSeq |
| Emiliania huxleyic | Ehu | Haptophyta | ? | Joint Genome Institute |
| Theileria parva | Tpa | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Plasmodium berghei a | Pbe | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Plasmodium falciparum | Pfa | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Plasmodium knowlesi a | Pkn | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Plasmodium vivax a | Pvi | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Plasmodium yoelii a | Pyo | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Toxoplasma gondii | Tgo | Alveolata | Chromalveolata | ToxoDB |
| Cryptosporidium hominis a | Cho | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Cryptosporidium parvum | Cpa | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Paramecium tetraurelia | Pte | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Tetrahymena thermophila | Tth | Alveolata | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Phaeodactylum tricornutum | Ptr | Stramenopila | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Thalassiosira pseudonana | Tps | Stramenopila | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Phytophthora infestans | Pin | Stramenopila | Chromalveolata | NCBI RefSeq |
| Leishmania braziliensis a | Lbr | Kinetoplastida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Leishmania infantum a | Lin | Kinetoplastida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Leishmania major | Lma | Kinetoplastida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Trypanosoma brucei | Tbr | Kinetoplastida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Trypanosoma cruzi a | Tcr | Kinetoplastida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Trypanosoma vivax a | Tvi | Kinetoplastida | Excavata | GeneDB |
| Naegleria gruberi | Ngr | Heterolobosea | Excavata | NCBI RefSeq |
| Giardia lamblia | Gla | Diplomonadida | Excavata | NCBI RefSeq |
| Trichomonas vaginalis | Tva | Parabasalia | Excavata | NCBI RefSeq |
a Results for these species are available in the Supplementary Online Material.
b The nucleomorph genomes of these species were included in the searches. Despite the phylogenetic position of the hosts, they were members of placed close to Plantae in the tables because of the algal origin of the nucleomorphs.
c The phylogenetic position of Emiliana is still unclear (see [11,12]).