Table 1b.
Identification Results Obtained by Partial 16S rRNA Gene Sequence Analysis and by Vitek 2 NH Characterization of 30 Neisseria Species Strains Included in the Vitek 2 NH Database
| Strains | Strain Designationsa, b | 16S rRNA Gene Analysis Resultsc | Difference Between Max Scoresd | NCBI –BLAST Species Interpretation | Vitek 2 NH Identificatione |
|---|---|---|---|---|---|
| N. cinerea | CCUG 2156T | 904 (N. meningitidis)/ 897 (N. polysaccharea)/893 (N. cinerea) // 504 | -11 | Confirmed | Correct |
| N. cinerea | CCUG 346 | 758 / 753 (N. meningitidis / N. polysaccharea) // 420 | 5 | Confirmed | Correct |
| N. cinerea | CCUG 5746 | 924 (N. meningitidis)/915( N. cinerea) // 515 | -9 | Confirmed | Low Discrimination |
| N. elongata subsp.elongata | CCUG 30802T | 693 / 625 (N. subflavia / N. animalis) // 384 | 68 | Confirmed | Correct |
| N. elongata subsp.elongata | CCUG 9686 | 879 / 774 (N. animalis) // 492 | 105 | Confirmed | Correct |
| N. elongata subsp.elongata | SSI: AB 2895 | 909 / 798 (N. animalis) // 502 | 111 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | CCUG 26876T | 585 / 562 (N. cinerea) // 329 | 23 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | SSI: 189/2006 | 904 / 850 (N. meningitidis) // 501 | 54 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | SSI: 196/2006 | 915 / 861 (N. meningitidis) // 507 | 54 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | SSI: 199/2006 | 805 / 760 (N. meningitidis) // 447 | 45 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | SSI: 218/2006 | 823 / 773 (N. meningitidis) // 456 | 50 | Confirmed | Low Discrimination |
| N. gonorrhoeae | SSI: 223/2006 | 921 / 866 (N. meningitidis) // 510 | 55 | Confirmed | Correct |
| N. gonorrhoeae | SSI: 253/2006 | 854 / 800 (N. meningitidis) // 487 | 46 | Confirmed | Low Discrimination |
| N. gonorrhoeae, proAf neg. | SSI: 177/2002 | 675 / 643 (N. cinerea) // 374 | 32 | Confirmed | Misidentified |
| N. gonorrhoeae, proA neg. | SSI: 67/2002 | 765 / 729 (N. meningitidis) // 428 | 36 | Confirmed | Misidentified |
| N. gonorrhoeae, proA neg. | SSI: 52/2002 | 904 / 850 (N. meningitidis) // 501 | 54 | Confirmed | Misidentified |
| N. lactamica | CCUG 5853T | 717 / 675 (N. polysaccharea) // 406 | 42 | Confirmed | Correct |
| N. lactamica | SSI: BH 67320 | 794 / 791 (N. polysaccharea) // 518 | 3 | Probable | Correct |
| N. meningitidis | CCUG 3269T | 937 / 913 (N. polysaccharea) // 507 | 24 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 17/2006 | 937 / 904 (N. cinerea) // 513 | 33 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 18/2006 | 828 / 798 (N. polysaccharea) // 452 | 30 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 19/2006 | 924 / 889 (N. cinerea) // 503 | 35 | Confirmed | Low Discrimination |
| N. meningitidis | SSI: 20/2006 | 902 / 878 (N. polysaccharea) // 501 | 24 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 21/2006 | 913 / 889 (N. polysaccharea) // 504 | 24 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 50/2006 | 893 / 863 (N. cinerea) // 489 | 30 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 23/2006 | 918 / 900 (N. cinerea) // 503 | 18 | Confirmed | Correct |
| N. meningitidis | SSI: 60/2004 | 915 / 880 (N. cinerea) // 502 | 35 | Confirmed | Correct I |
| N. meningitidis | SSI: 109/1998 | 913 / 888 (N. polysaccharea) // 501 | 25 | Confirmed | Correct |
| N. sicca | CCUG 23929T | 859 / 854 (N. pharyngis) // 483 | 5 | Probable | Correct I |
| N. sicca | SSI: "19343" | 884 / 845 (N. pharyngis) // 498 | 39 | Confirmed | Correct |
a-e
see Table 1a.
f
proA: proline A arylamidase.