Table 2.

shows the distribution of the four possible sets of triplicates (e.g. 0,0,0 and 0,0,>0 and 0,>0,>0 and >0,>0,>0) for each gene probe at each time point. This reveals that some probes have a larger proportion of heterogeneous triplicates than others (45% for Enterococcus, 12% for the best performing probes), suggesting that they are not performing as well as others. However, when evaluating this we also needed to consider whether the probe identified microbes that were present in low concentration because this also influences the proportion of heterogeneous triplicates. The influence of low concentration can be observed clearly for probes identifying microbes that increased in concentration over time. When the concentration increased, the number of heterogeneous triplicates decreased, and vica versa (Veillonella and Staphylococcus sp.are good examples). Rather than choosing an arbitary threshold value, we decided that if two out of the three triplicate values were zero, we would assign a value of 0 for that individual at that time point for that probe. This has the advantage of taking into account the obvious differential performance of different probes. The presence and absence data were then used to assign concentrations of “0” to absent probes. The value “0” was chosen because all probes had some very low values within the useable data as shown in the new table (Table 1). For probes that met our criteria for present, we then added “1” to each of the three replicate values and took the mean of the three log-transformed to use for analysis. The resulting transformed data exhibited approximately symmetric distribution, consequently means of the transformed triplicate values were used in analyses of concentration. The description has been expanded in methods

	% of triplicates
		0,0,0a	0,0,1b	0, 1, 1c	1,1,1d
Bifidobacterium longum
	Day 4	14,7	7,7	9,6	67,9
	Day 10	12,7	5,8	9,4	72,1
	Day 30	12,8	3,6	10,5	73,1
	Day 120	6,3	3,4	7,9	82,5
Bifidobacterium 1
	Day 4	42,5	9,6	5,3	42,5
	Day 10	39,1	8,6	6,7	45,7
	Day 30	32,5	11,1	6,2	50,2
	Day 120	27,6	4,5	6,1	61,8
Bifidobacterium bifidum
	Day 4	20,1	11,3	13,5	55,1
	Day 10	16,1	11,2	12,0	60,7
	Day 30	11,3	10,0	13,5	65,2
	Day 120	8,5	5,4	10,1	76,0
Bifidobacterium 2
	Day 4	28,2	6,8	8,3	56,6
	Day 10	24,7	7,9	8,2	59,2
	Day 30	20,3	7,9	7,7	64,1
	Day 120	16,6	7,2	7,2	69,0
Varibaculum
	Day 4	34,8	37,4	22,6	5,1
	Day 10	35,0	38,0	22,5	4,5
	Day 30	35,3	37,6	20,5	6,6
	Day 120	28,8	31,2	24,3	15,7
Pseudomonas
	Day 4	15	12,4	19,4	53,2
	Day 10	13,5	13,5	20	53
	Day 30	18,6	12,6	22,4	46,4
	Day 120	18,4	14,8	18,4	48,3
Enterobacteriaceae 1
	Day 4	34,4	12,8	7,5	45,3
	Day 10	35,4	9,9	7,9	46,8
	Day 30	28,2	12	7,1	52,8
	Day 120	15,7	8,1	8,3	67,9
Enterobacteriaceae 2
	Day 4	13,9	6,8	7,5	71,8
	Day 10	8,8	6	7,1	78,1
	Day 30	9,4	4,9	6,4	79,3
	Day 120	6,1	3,1	5,6	85,2
gamma Proteobacteria
	Day 4	5,8	6	10,3	78
	Day 10	2,1	4,3	11,4	82,2
	Day 30	2,4	3,2	8,8	85,7
	Day 120	1,6	1,3	9,2	87,9
Lachnospiraceae 1
	Day 4	49,6	23,6	9,7	17,2
	Day 10	46,4	21,6	11,5	20,5
	Day 30	32,1	13,5	9,7	44,7
	Day 120
Lachnospiraceae 2
	Day 4	38,2	9,8	9,8	42,1
	Day 10	30,7	10,9	9	49,4
	Day 30	25,9	8,3	8,3	57,5
	Day 120	14,8	5,2	7,4	72,6
Lachnospiraceae Inc_2
	Day 4	41,9	9,4	11,5	37,2
	Day 10	38	8,8	10,5	42,7
	Day 30	34,8	6,2	12,6	46,4
	Day 120	21,8	5,6	9,7	62,9
Lachnospiraceae_Inc_3
	Day 4	15	24,1	29,9	31
	Day 10	11,8	27,5	33,5	27,3
	Day 30	11,3	26,7	28,8	33,1
	Day 120	11,7	22,7	29,2	36,4
Veillonella
	Day 4	59,2	10,3	4,3	26,3
	Day 10	41,2	9,7	6,4	42,7
	Day 30	23,5	7,7	7,9	60,9
	Day 120	21,6	7	7,4	64
Clostridium perfringens
	Day 4	45,3	12,4	12,6	29,7
	Day 10	41,6	11,4	10,1	36,9
	Day 30	37,4	9,8	8,5	44,2
	Day 120	25,6	8,8	4,9	60,7
Streptococcus
	Day 4	45,5	10,5	9,8	34,2
	Day 10	43,8	12,9	11,6	31,8
	Day 30	42,7	11,8	13,5	32,1
	Day 120	55,3	14,2	13,3	17,3
Staphylococcus sp.
	Day 4	3,6	3,2	13,7	79,5
	Day 10	1,9	3,6	13,9	80,5
	Day 30	9	6,4	15,2	69,4
	Day 120	26,5	10,8	15,3	47,4
Lactobacillus 1
	Day 4	54,9	12,8	9,8	22,4
	Day 10	50,4	12,9	9,4	27,3
	Day 30	41,2	9,6	11,1	38,0
	Day 120	48,8	13,0	10,3	27,9
Lactobacillus 2a
	Day 4	35,3	16	17,5	31,2
	Day 10	33,5	16,1	20	30,5
	Day 30	28,2	15	17,1	39,7
	Day 120	17,5	12,1	12,4	58
Enterococcus
	Day 4	22,4	19,2	25,2	33,1
	Day 10	19,7	24,7	25,1	30,5
	Day 30	20,7	22,6	26,3	30,3
	Day 120	11	23,4	27,6	38
Bacteroides fragilis
	Day 4	66,5	11,1	5,6	16,9
	Day 10	62	14,2	5,8	18
	Day 30	64,1	12,6	6,2	17,1
	Day 120	65,6	14,2	4,3	16
Uncultured human fecal bacterium
	Day 4	20,9	29,1	14,7	35,3
	Day 10	23,6	34,1	13,9	28,3
	Day 30	21,8	30,8	20,1	27,4
	Day 120	22,9	29,9	15,7	31,5

^aAll triplicates 0 value

^btwo triplicates 0 value, one triplicate with value above 0.

^cOne triplicates 0 value, one triplicate with value above 0

^dall triplicates values above 0. N at day 4, 10, 30 and 120, 468, 466, 468 and 445, respectively, for all probes.