Table II.

Haplotypes for the individuals carrying the rare variants

Case/control	Age	Smoking	New rare variants				SNPs associated with bladder cancer risk
			c.2251-37 C>A Intron 11 rs2470353	c.1177 C>T Arg393Trp rs121965090	c.905 T>C Phe302Ser rs121965091	c.*156G>A 3′ UTR rs121965092	c.1496C>T Ala499Val (rs2228000)	c.*611 T>A, Ex15-184 (rs2470352) and c.*618 A>Ga, Ex15-177 (rs2470458)
Cases
1	86	48years	wt	het	wt	wt	wt	wt
2	82	16 years	wt	het	wt	wt	wt	wt
3	79	non-smoker	bwt	wt	het	wt	het	het
4	75	31 years	wt	het	wt	wt	wt	wt
5	76	40 years	bwt	wt	wt	het	wt	wt
6	63	4 years	wt	wt	het	wt	wt	wt
7	63	37 years	wt	het	wt	wt	wt	wt
8	62	non-smoker	bwt	het	wt	wt	het	het
9	80	49 years	wt	het	wt	wt	cwt	wt
10	73	27 years	bwt	het	wt	wt	cwt	wt
11	76	non-smoker	het	wt	wt	wt	wt	het
12	78	20 years	het	wt	wt	wt	cwt	het
Controls
1	62	non-smoker	bwt	het	wt	wt	het	het
2	66	non-smoker	bwt	het	wt	wt	wt	wt
3	73	37 years	bwt	het	wt	wt	wt	wt
4	79	23 years	bwt	wt	het	wt	wt	wt

These are compared with three SNPs associated with increased bladder cancer risk in Sak et al. (17). The 2% minor allele frequency SNP c.621 + 22G>A was wild-type in all 16 individuals.

^ars2470352 and rs2470458 are in complete linkage.

^bHeterozygote for common SNP rs2470353 C>G.

^cSNP genotypes in cases 9, 10 and 12 were established by direct sequencing, as they were not included in the original 547 cases:579 control study.