Table 3. Average FPR, sensitivities, FDR, and AUC of the 60-node simulated network.

			Weak Association				Median Association				Strong Association
Model	Method		FPR	Sens.	FDR	AUC	FPR	Sens.	FDR	AUC	FPR	Sens.	FDR	AUC
1		P Value	0.0470	0.157	0.817	0.629	0.0516	0.297	0.745	0.739	0.0523	0.533	0.621	0.863
		BH	0.0021	0.037	0.085		0.0014	0.043	0.070		0.0032	0.187	0.098
	Prior 1	PM1	0.0412	0.167	0.790	0.657	0.0468	0.297	0.695	0.776	0.0496	0.567	0.591	0.899
		MCP	0.0370	0.150	0.768		0.0418	0.253	0.696		0.0454	0.523	0.593
		PM2	0.0018	0.030	0.087		0.0014	0.050	0.075		0.0026	0.187	0.120
	Prior 2	PM1	0.0404	0.163	0.792	0.653	0.0437	0.290	0.689	0.768	0.0472	0.543	0.585	0.890
		MCP	0.0375	0.150	0.779		0.0416	0.277	0.689		0.0449	0.523	0.583
		PM2	0.0016	0.030	0.085		0.0021	0.090	0.110		0.0025	0.177	0.115
	Prior 3	PM1	0.0300	0.143	0.688	0.690	0.0326	0.293	0.592	0.795	0.0377	0.577	0.483	0.907
		MCP	0.0253	0.140	0.648		0.0270	0.247	0.594		0.0337	0.500	0.480
		PM2	0.0023	0.040	0.107		0.0012	0.053	0.065		0.0019	0.187	0.100
2		P Value	0.0457	0.173	0.730	0.629	0.0514	0.330	0.668	0.738	0.0505	0.465	0.565	0.840
		BH	0.0018	0.018	0.090		0.0027	0.035	0.100		0.0038	0.178	0.094
	Prior 1	PM1	0.0389	0.168	0.694	0.659	0.0450	0.340	0.621	0.788	0.0446	0.508	0.523	0.879
		MCP	0.0370	0.145	0.701		0.0416	0.318	0.618		0.0411	0.490	0.515
		PM2	0.0020	0.018	0.110		0.0016	0.050	0.085		0.0016	0.178	0.075
	Prior 2	PM1	0.0379	0.170	0.692	0.653	0.0439	0.323	0.624	0.775	0.0430	0.490	0.522	0.869
		MCP	0.0370	0.153	0.694		0.0413	0.305	0.626		0.0413	0.468	0.530
		PM2	0.0020	0.018	0.110		0.0016	0.048	0.085		0.0020	0.158	0.095
	Prior 3	PM1	0.0289	0.143	0.639	0.683	0.0364	0.320	0.583	0.803	0.0352	0.485	0.469	0.888
		MCP	0.0252	0.125	0.610		0.0321	0.288	0.577		0.0293	0.455	0.454
		PM2	0.0014	0.018	0.080		0.0013	0.048	0.065		0.0027	0.205	0.108
3		P Value	0.0478	0.148	0.756	0.648	0.0476	0.326	0.591	0.744	0.0458	0.524	0.468	0.856
		BH	0.0038	0.028	0.129		0.0015	0.050	0.051		0.0029	0.166	0.052
	Prior 1	PM1	0.0402	0.136	0.744	0.675	0.0425	0.336	0.544	0.794	0.0409	0.584	0.422	0.897
		MCP	0.0364	0.124	0.737		0.0387	0.320	0.545		0.0373	0.568	0.403
		PM2	0.0027	0.022	0.150		0.0011	0.056	0.053		0.0020	0.230	0.060
	Prior 2	PM1	0.0404	0.134	0.738	0.669	0.0411	0.318	0.559	0.779	0.0398	0.556	0.427	0.886
		MCP	0.0380	0.124	0.749		0.0393	0.302	0.559		0.0375	0.546	0.414
		PM2	0.0025	0.026	0.140		0.0009	0.052	0.045		0.0018	0.206	0.062
	Prior 3	PM1	0.0282	0.120	0.654	0.700	0.0333	0.310	0.486	0.806	0.0315	0.556	0.381	0.904
		MCP	0.0247	0.100	0.620		0.0280	0.270	0.479		0.0276	0.540	0.358
		PM2	0.0020	0.014	0.110		0.0011	0.046	0.055		0.0015	0.216	0.052