Table 1.
Genotypes of five low-risk SNPs in 40 human breast cancer cell lines
| Breast cancer cell lines | SNP genotypes and allelic losses | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8q24 | Loss 8q | MAP3K1 | Loss 5q | FGFR2 | Loss 10q | TNRC9 | Loss 16q | LSP1 | Loss 11p | |
| SUM185PE | Het | No | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
| BT483 | Het | No | Maj H | No | Min H | Yes | Maj H | No | Maj H | No |
| MDA-MB-134VI | Het | No | Het | No | Het | No | Het | No | Maj H | No |
| MDA-MB-175VII | Het | No | Min H | No | Het | No | Het | No | Maj H | No |
| MDA-MB-415 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Het | No | Het | No |
| MPE600 | Het | No | Maj H | nd | Het | No | Maj H | nd | Het | No |
| SUM52PE | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd |
| CAMA-1 | Het | No | Het | No | Min H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
| MCF-7 | Maj H | No | Het | No | Maj H | No | Het | No | Maj H | Yes |
| ZR75-1 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Maj H | Yes | Het | No |
| SUM44PE | Het | No | Min H | nd | Maj H | nd | Het | No | Min H | nd |
| T47D | Het | No | Het | No | Maj H | No | Min H | Yes | Min H | Yes |
| MDA-MB-361 | Het | No | Het | No | Maj H | No | Het | No | Min H | No |
| BT474 | Het | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | No | Maj H | No |
| UACC812 | Min H | No | Min H | No | Het | No | Het | No | Min H | Yes |
| ZR75-30 | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
| OCUB-F | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
| SK-BR-5 | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
| SUM190PT | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
| SUM225CWN | Het | No | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Het | No |
| MDA-MB-330 | Het | No | Min H | Yes | Min H | Yes | Het | No | Maj H | No |
| MDA-MB-453 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
| SK-BR-3 | Min H | Yes | Het | No | Het | No | Maj H | Yes | Min H | No |
| EVSA-T | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd |
| UACC893 | Maj H | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Het | No | Maj H | No |
| BT20 | Min H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Het | No |
| HCC1937 | Het | No | Min H | nd | Het | No | Het | No | Maj H | nd |
| MDA-MB-468 | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
| SUM149PT | Min H | nd | Het | No | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | Yes |
| SUM229PE | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd |
| BT549 | Maj H | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Het | No | Min H | Yes |
| Hs578T | Het | No | Maj H | Yes | Min H | Yes | Min H | No | Maj H | No |
| MDA-MB-157 | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Min H | No | Maj H | Yes |
| MDA-MB-231 | Maj H | Yes | Het | No | Het | No | Maj H | Yes | Het | No |
| MDA-MB-436 | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | No | Min H | No | Maj H | Yes |
| SK-BR-7 | Het | No | Het | No | Min H | nd | Maj H | nd | Het | No |
| SUM159PT | Maj H | nd | Het | No | Min H | nd | Het | No | Maj H | nd |
| SUM1315MO2 | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Het | No | Maj H | nd |
| SUM102PT | Het | No | Het | No | Maj H | nd | Het | No | Maj H | nd |
| MDA-MB-435s | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | No |
| Total major homozygotes | 13 | 17 | 19 | 16 | 25 | |||||
| Total heterozygotes | 21 | 15 | 7 | 14 | 7 | |||||
| Total minor homozygotes | 6 | 8 | 14 | 10 | 8 | |||||
| Percentage of allelic loss | 13 | 25 | 52 | 32 | 37 | |||||
Genotypes of five low-risk SNPs have been determined in the current study. Allelotype data have been reported elsewhere and involved microsatellite analysis. Loss: Yes, allelic loss at the indicated chromosomal region; and No, no allelic loss at the indicated chromosomal region. nd, not determined; Maj H, major homozygotes; Min H, minor homozygotes; Het, heterozygote allele carriers.