Table 5. Ratio of non-synonymous (dN) and synonymous (dS) substitutions of RXLR genes.
Gene | No seq. | dN | dS | dN/dS | Z-statistic | P-value |
RXLR3 | 6 | 0,026 | 0,011 | 2,4 | 1,6 | 0,06 |
RXLR4 | 2 | 0 | 0 | - | - | - |
RXLR5 | 7 | 0 | 0,001 | - | - | - |
RXLR6 | 8 | 0,006 | 0,007 | 0,9 | -0,3 | 1 |
RXLR7 | 7 | 0,0012 | 0 | - | - | - |
RXLR9 | 8 | 0,071 | 0,023 | 3,1 | 3,5 | 0,0004 |
RXLR13 | 7 | 0,025 | 0,006 | 4,2 | 3,9 | 0,0001 |
RXLR15 | 8 | 0,002 | 0 | - | - | - |
RXLR16 | 8 | 0,103 | 0,041 | 2,5 | 4,8 | 0,000002 |
RXLR17 | 7 | 0,008 | 0,003 | 2,7 | 1,3 | 0,103 |
RXLR18 | 8 | 0,001 | 0,003 | 0,3 | -0,8 | 1 |
RXLR19 | 7 | 0,055 | 0,03 | 1,8 | 2,7 | 0,004 |
RXLR20 | 8 | 0,007 | 0,013 | 0,5 | -0,9 | 1 |
RXLR21 | 8 | 0,009 | 0,012 | 0,8 | -0,3 | 1 |
RXLR23 | 8 | 0,025 | 0,007 | 3,6 | 3,2 | 0,001 |
RXLR29 | 8 | 0,03 | 0,021 | 1,4 | 0,9 | 0,19 |
Nucleotide sequences obtained for each RXLR candidate of Hpa isolates were used to calculate the ratio dN/dS. Genes under positive selection exhibit a dN/dS ratio higher than 1 and a P-value <0.005 (in bold).