Table 1.
Naive Bayes classifier accuracy
Germline | AMC1 | NAMC | AMC, new2 | NAMC, new | AM Test3 | NAM Test | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
C | A | C | A | C | A | C | A | C | A | C | A | |
J00248 | 5 | 8 | 13 | 15 | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. |
M30446 | 0 | 6 | 7 | 10 | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. |
X72813 | 0 | 6 | 18 | 19 | 1 | 8 | 19 | 19 | 1 | 2 | N.A. | N.A. |
X93620 | 12 | 22 | 12 | 16 | 31 | 33 | 15 | 16 | 9 | 11 | N.A. | N.A. |
X93627 | 6 | 12 | 14 | 14 | 17 | 19 | 13 | 14 | 4 | 7 | N.A. | N.A. |
X93632 | 0 | 5 | 8 | 9 | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. |
X93640 | 6 | 11 | 10 | 13 | 9 | 17 | 12 | 13 | 4 | 6 | N.A. | N.A. |
Z22188 | 11 | 15 | 10 | 12 | 29 | 34 | 9 | 12 | 13 | 19 | N.A. | N.A. |
Z22191 | 0 | 5 | 9 | 9 | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. | N.A. |
Z22197 | 7 | 8 | 0 | 6 | 14 | 26 | 10 | 17 | 12 | 18 | 11 | 11 |
Z22208 | 7 | 13 | 12 | 14 | 31 | 35 | 13 | 20 | 8 | 22 | 4 | 4 |
Z73673 | 26 | 32 | 4 | 21 | 49 | 50 | 25 | 34 | 12 | 18 | 10 | 13 |
Accuracy (%) | 60.84 ± 35.96 | 74.05 ± 31.49 | 81.08 ± 29.32 | 77.24 ± 13.04 | 61.16 ± 13.75 | 89.28 13.32 |
1 Classifiers generated with the original training set comprised of 143 amyloidogenic and 158 non-amyloidogenic sequences
2 Classifiers generated with the original training set and the holdout test set
3 Results using AMC/NAMC, i.e. old classifiers
C = Correct; A = Actual