Table 6.

Escherichia coli TUs Predicted to Belong to the CRP Regulon

Operon	Site sequence	Position	Score
Category I
adhE	AAATTTGATTTGGATCACGTAA	−241	18.71
aer	AATTGCGATCTAAATCAAATTA	−104	17.51
atpIBEFHAGDC	ATATGTGATCTGAAGCACGCTT	−251	17.30
b1458	AATTGTGATGTAAATCACGATT	−100	20.51
b1498-b1497	ATAAGTGACATCCATCACATAT	−265	19.07
b1520	GAATGTGATCGTAATCACGTTT	−4	17.16
b1904	TTATGTGATACAAATCACATAA	−184	22.99
	TAATATGACAACCATCACAAAA	−214	15.20
b1963-yedJ	AAATGTGACTTTTATCACATAA	25	21.90
	TGGTGTGATCAGGCGCACATTA	−269	15.12
b2146-yeiA	ATTTGTGAATCTTTTCACAGTT	−113	17.61
b2343	AAGTGTGATTTCGGTCACTTAT	−100	19.13
	AATTTTGTTTTAGATCATTTTT	−122	10.09
b2595-b2596-yfiA	TTATGAGATTTTCATCACACAT	−82	17.84
b2736-b2737	TTATGTGAATCAGATCACCATA	−91	18.83
cdd	TAATGAGATTCAGATCACATAT	−79	21.29
	ATTTGCGATGCGTCGCGCATTT	−129	10.13
deaD	TACTTTGAGCCGGTTCACACTT	−48	17.36
	TTTTTTGATTGCCATCACCTTA	−105	13.58
fadL	ATAAGTGACCGAAATCACACTT	−264	19.13
	AAAAATGATCTAAAACAAAATT	−242	10.09
fixAB	ATAAGTGACCGAAATCACACTT	−300	20.42
	ATTGGTGAGGAACTTAACAATA	−123	10.97
	ATTGGTGATCCATAAAACAATA	−180	10.88
flhDC	TTGTGTGATCTGCATCACGCAT	−271	19.67
folA	AAGAGTGACGTAAATCACACTT	−190	19.46
galP	TGATGTGATTTGCTTCACATCT	−83	18.25
gapA	AATCGTGATGAAAATCACATTT	−227	19.67
	CACTTTAATCGTGCTCACATTA	−330	10.39
gcd	AATTGTGATGACGATCACACAT	−80	20.46
glpABC	AAATGTGAATTGCCGCACACAT	−166	17.25
gntKU1U2	AAATTTGAAGTAGCTCACACTT	−171	19.84
hpt	ATGTGTGATCGTCATCACAATT	−136	20.46
idnDO	TGACGTGATCTTCATCACAAAT	−81	17.10
idnK	ATTTGTGATGAAGATCACGTCA	−158	17.10
kdgT	TTTTGTGATCAATTTCAAAATA	−172	17.07
	TGATGTGGTTTTGATCACTTTT	−112	13.87
mtlADR	AAATGTGACACTACTCACATTT	−280	21.14
	TTATGTGATTGATATCACACAA	−163	21.01
	TTTTGTGATGAACGTCACGTCA	−207	15.55
	TCTTGTGATTCAGATCACAAAG	−324	11.91
	TAACATGCTGTAGATCACATCA	−367	11.80
mutH	ATTCGTGACCCAGGTCACACCT	−378	17.49
serC-aroA	TTGTGTGATGCAAGCCACATTT	−156	18.52
	CATTGCGATGTGTGTCACTGAA	−114	10.29
tsr	ATATGTGATTCATATCACATAT	−169	23.71
yagA	AAATTTAAGCTGGATCACATAT	−177	18.19
yagEF	ATATGTGATCCAGCTTAAATTT	−119	18.19
ycdZ	AAGTGTGATCTACGTCACTCAT	−56	19.86
	AAATGTGTGCTCGATCTCATTC	−5	13.87
ycfQ	AGATGTGATCTGGATCACATAC	−97	20.54
ycfR	GTATGTGATCCAGATCACATCT	−88	20.54
ychE	TTACGTGATCCAAATCAAATTT	−258	18.71
yciCB	TAATGTGATTTAAATCAATTTT	−212	18.20
yciD	AAAATTGATTTAAATCACATTA	−167	18.20
ydaJ-b1337-ydaH-ogt	CTACGTGAACCGGGTCACACTT	−19	17.07
ydaK	AAGTGTGACCCGGTTCACGTAG	−154	17.07
ydeA	AAACGCGATCCAGATCACAAAT	−95	18.17
yeaA-b1777	AAATGTGATTTTCATCACGATT	−137	19.67
yeaF	AATTGTGACCAAACTCAAACTT	−4	17.32
ygbI	TATGGTGATCTGATTCACATAA	−97	18.83
ygcW	CACTGTGATTACGATCACATTA	−68	17.12
	TTGTGTGAGAGTAATCACGCTT	−125	15.17

Operon	Site sequence	Position	Score
Category I
ygdP-pstP	AGGTGTGACCTGGGTCACGAAT	−329	17.49
ygiG	TAATTTGATTTAGATCGCAATT	−225	17.51
yhcN	TTTTGTGATATGGGTCACGAAA	−10	18.70
yhcRQP	AAAAGTGATTTAGATCACATAA	−98	21.67
yhcS	TTATGTGATCTAAATCACTTTT	−38	21.67
yibIH	TTGTGTGATATCAATCACATAA	−396	21.01
	AAATGTGAGTAGTGTCACATTT	−279	21.14
	TGACGTGACGTTCATCACAAAA	−352	15.55
	CTTTGTGATCTGAATCACAAGA	−235	11.91
	TGATGTGATCTACAGCATGTTA	−192	11.80
yjcB	AATTGTGATATAGTTCACAAAA	−80	22.28
yjcC	TTTTGTGAACTATATCACAATT	−303	22.28
yjhIHG	AAGTGTGTACAAGATCACATTT	−115	18.78
yjiY	ATATGTGATATGAATCACATAT	−216	23.71
yjjIW	TAATGCGATCTGGTTCAAATAA	−130	17.11
	CACTTCGATACACATCACAATT	−183	11.87
yohI	AAACGTGCTACCGATCACATTA	−192	17.07
yohJK	TAATGTGATCGGTAGCACGTTT	−69	17.07
yqcD	AATTGTGGGTTGTATCACAATA	−299	17.33
yqcE-ygcE	TAATGTGATCGTAATCACAGTG	−198	17.11
	AAGCGTGATTACTCTCACACAA	−141	15.17
ysgA	AAAAGTGATGCAAATCACATAA	−176	20.62
	TTTCGTGATACTCATCACCATG	−228	11.04
Category IIA
aphA	TTTTGCAACAAATCTCACAATA	−58	11.41
	AAATATGCGCAAGATCACACAG	−5	11.01
artPIQMJ	AATCGTGATGCCCGTAACATTC	−397	12.39
b2463	ATGAGTGCGTTAATTCACACTT	−257	13.22
citCDEF	CTATGTGAAATAAATCAAAATT	−96	16.51
cspD	TAGCGTTAACTGCTTCAAATTT	−180	12.32
	ATCAGCGACATCTGTCACATTC	−209	10.39
fdhD	AAATGTGACAAATATCACAGGT	−72	13.26
folE-yeiB	TTATGTGCGCCGCCTCACGCAC	−101	11.20
fucAO	TTATGTGACTACCATCACTTTA	−361	16.91
	TTAGTTGAACCAGGTCACAAAA	−144	15.59
	TAGTGTGAAAGGAACAACATTA	−54	12.46
mglBAC	ATCTGTGAGTGATTTCACAGTA	−270	16.65
ndh	AAACTTGATTAACATCAATTTT	−155	11.17
nrdD	TACTTTGAGCTACATCAAAAAA	−253	14.52
oppABCDF	AAAAGAGAATTGCTTAACAATT	−338	11.12
pckA	GAATGCGATTCCACTCACAATA	−241	14.03
ribA	TTAGGTGAACCCCTTCTCGTTA	−67	11.55
rpsF-priB-rpsR-rplI	AAGTGTGATGAACTTCAAATCA	−199	15.68
sdaC	ATTTGAGATCAAGATCACTGAT	−180	14.46
sfsA-dksA	TGCGGTGACGGAGTTCACCCTT	−105	10.25
sodA	GTGGGTGATTTGCTTCACATCT	−162	13.65
spr	TTTTGTGCGTTAGTCCACAGAT	−131	11.55
ung	ATCTTTGATTTAAATCAATAAA	−202	11.25
uxuR	AAATTTGATTAACCGCACCTAA	−36	10.83
xylAB	TTTTGCGAGCGAGCGCACACTT	−134	12.26
	ATTTATGACCGAGATCTTACTT	−224	10.68
xylFGHR	AAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAA	−254	12.26
	AAGTAAGATCTCGGTCATAAAT	−164	10.68
yfiD	TTTATTGATTTAAATCAAAGAT	−125	11.25
yhdG-fis	AAGTGCGAGCAAGCTCACAAAA	−298	15.84
	AATTGAGAACTTACTCAAATTT	−213	14.58
yiaJ	GATCGTGAACTACGGCACACTT	−47	13.32
yiaKL	AAGTGTGCCGTAGTTCACGATC	−176	13.32
yiaMNO-lyxK-sgbHUE	AATTGTGGTTAAAGTCGCATTA	−155	13.48
yidKJ	AATTCCGCTGGAGATCACATTT	−259	10.70
yqfB	TAAGGTGAGTTTTTTCACTATC	−62	10.42

Listed are predictions from categories I and IIA.