Table 2.
Differential isolate identification by API 20 Strep, Enteroarray, and cpn60 sequencing
| Isolate | Phenotypic identification API 20 Strep |
Genotypic identification (Enteroarray) |
cpn60 sequencing BLAST resulta |
|||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Species | % Identity | Species | % Identity | Accession no. | ||
| 2954 | E. faecalis | 97.0 | E. avium | ND | ||
| 2911 | E. faecium | 99.8 | E. avium | E. avium | 98 | AF417583 |
| 2803 | E. faecium | 99.9 | E. casseliflavus | E. casseliflavus | 98 | AF417584 |
| 2876 | E. faecium | 99.9 | E. casseliflavus | E. casseliflavus | 98 | AF417584 |
| 2982 | E. faecium | 99.9 | E. casseliflavus | E. casseliflavus | 100 | AF417584 |
| 2902 | E. durans | 91.9 | E. faecalis | E. faecalis | 98 | DQ074968 |
| 1737 | E. faecium | 92.0 | E. faecalis | E. faecalis | 99 | AF335185 |
| 2814 | E. faecium | 99.8 | E. faecalis | E. faecalis | 99 | DQ074968 |
| 2934 | E. faecium | 69.3 | E. faecalis | E. faecalis | 99 | DQ074968 |
| 2989 | E. faecium | 69.3 | E. faecalis | E. faecalis | 99 | DQ074968 |
| 2990 | E. faecium | 69.3 | E. faecalis | E. faecalis | 99 | DQ074968 |
| 2917 | E. durans | 90.1 | E. faecalis | E. faecium | 100 | AF417582 |
| 1695 | E. faecalis | 99.9 | E. faecium | E. faecium | 98 | AF417582 |
| 2804 | E. faecalis | 99.7 | E. faecium | E. faecium | 98 | AF417582 |
| 1746 | E. gallinarum | 66.0 | E. faecium | E. faecium | 99 | AF417582 |
| 1740 | E. gallinarum | 66.0 | E. faecium | E. faecium | 99 | AF417582 |
| 2019 | E. gallinarum | 77.4 | E. faecium | E. faecium | 99 | AF417582 |
| 2026 | E. gallinarum | 77.4 | E. faecium | ND | ||
| 2033 | E. gallinarum | 80.6 | E. faecium | E. faecium | 98 | AF417582 |
| 2020 | E. gallinarum | 93.8 | E. faecium | E. faecium | 99 | AF417582 |
| 1734 | E. gallinarum | 99.6 | E. faecium | E. faecium | 99 | AF417582 |
| 1745 | E. avium | 97.0 | E. gallinarum | E. gallinarum | 97 | AF417587 |
| 2828 | E. faecium | 93.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 95 | AF417587 |
| 2799 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 99 | AF417587 |
| 2802 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 95 | AF417587 |
| 2821 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 95 | AF417587 |
| 2823 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 98 | AF417587 |
| 2839 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 95 | AF417587 |
| 2853 | E. faecium | 99.8 | E. gallinarum | E. gallinarum | 99 | AF417587 |
| 2866 | E. durans | 91.7 | E. hirae | E. hirae | 97 | AF417586 |
| 2906 | E. durans | 91.7 | E. hirae | E. hirae | 100 | AF417586 |
| 1687 | E. durans | 95.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1696 | E. durans | 95.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1713 | E. durans | 95.0 | E. hirae | E. hirae | 99 | AF417586 |
| 1722 | E. durans | 95.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1732 | E. durans | 95.0 | E. hirae | E. hirae | 99 | AF417586 |
| 2029 | E. durans | 96.1 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1731 | E. faecium | 91.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1739 | E. faecium | 97.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 1721 | E. faecium | 99.0 | E. hirae | E. hirae | 98 | AF417586 |
| 2819 | E. faecium | 99.9 | E. hirae | ND | ||
| 2998 | Aerococcus viridans | 99.3 | No taxo probe | ND | ||
| 2941 | E. faecium | 99.8 | E. faecium and E. faecalis | ND | ||
| 2985 | Not valid | Not valid | One E. faecalis probe | ND | ||
a
cpn60 was amplified with universal primers (see Materials and Methods). ND, not done.