Table 3.

Gene copy number by qPCR

	GENE	MET	RON	HER2	FGFR2	MSP	HGF	SMAD4
	Chromosome	7q31	3p21.3	17q21.1	10q26.1	3p21	7q21.1	18q21.1
	Gastric cell lines
	HS746t	9.51	2.78	1.88		3.42	1.68	1.03
	KatoIII	0.89	2.32	3.10	486.00	3.19	0.68	2.20
	NCI	0.87	1.08	114.14		0.83	1.15	0.86
	AGS	1.69	2.37	1.91		2.41	1.28	0.84
	MKN-45	17.60	2.20	2.59		1.78	1.91	0.07
	Snu-1	1.65	3.04	2.25		3.14	2.07	2.30
	Snu-5	18.33	2.28	1.95		3.40	7.22	0.84
	Snu-16	2.49	2.08	1.77	320.00	2.53	3.86	2.19
Patient	Frozen tissues (OCT)
sample #
1	F2D	3.61	1.70	1.86	2.46	2.09	2.48	0.80
2	F3D (adjacent nl of F4)			2.04				1.605
2	F4D	4.28	1.19	42.98	1.64	2.19	2.61	1.18
3	F6D	2.22	1.36	1.50	2.74	1.71	1.85	1.28
4	F8D	2.16	1.74	1.52	1.42	1.92	2.32	1.00
5	F10D	2.21	1.60	1.52	2.11	1.25	1.67	1.18
6	F11D	2.01	2.41	1.48	1.85	1.86	1.77	0.87
7	F14D	1.83	1.05	1.31	1.47	1.64	2.17	0.45
8	F15D	1.91	1.59	1.58	1.63	2.39	1.87	1.09
9	F18D	2.94	1.43	2.02	1.72	1.82	2.74	1.31
10	F23 gastritis		1.91		0.65
11	F24 gastritis		2.93		0.99
12	F25 gastritis		1.99		0.53
13	F26 gastritis		2.15		0.61
Patient	Paraffin embedded (FFPE)
sample #
1	P1D LN	2.38	3.6		1.51	2.4	1.82
1	P2D primary	1.44	4.01	2.93	2.78	3.33	0.91	2.24
2	P3D	2.46	4.49	3.97		2.27	1.97	1.92
3	P4D LN	2.29	4.1	3.37	1.4	3.25	2.56	1.88
3	P5D primary	1.85	2.97			2.47	0.42
4	P6D	2.34	6.29	3.54	0.99	3.4	1.45	1.83
5	P7D	2.05	3.15	2.79	1.89	1.83	1.35	2.19
6	P8D	6.17	24.3	8.77	1.77	9.63	3.39	2.7
7	P9D primary	74.3	38.29	16.98	6.2	17.86	2.8	3.89
7	P10D LN	21.77	43.83	55.69		10.83	0.98	14.48
8	P11D LN	3.07	3.9	4.8	0.58	3.06	2.38	3.4
8	P12D primary	2.87	5.19			2.56	3.88
9	P13D primary	4.04	9.1		0.95	7.61	1.9
9	P14D LN	2.9	11.97	49.4	0.45	6.1	1.51	4.94
10	P15D	2.11	7.3	6.03	3.02	4.78	1.85	3.86
11	P16D	2.29	4.07	3.12	0.63	4.24	1.24	3.02
12	P17D primary	1.43	7.6	7.78	1.15	3.99	1.26	2.01
12	P18D LN	2.19	4.29			2.98	1.62
13	P19D	3.09	5.46	3.51	0.69	4.41	2.65	4.56
14	P20D primary	1.83	3.43		0.7	3.31	0.69
14	P21D LN	2.46	4.43	2.76		3.73	1.85	3.25
15	P22D primary	2.8	5.55		0.8	4.15	1.28
15	P23D LN	2.44	13.06	4.89		5.31	1.17	4.72
16	P24D LN	2.1	4.11	4.57		3	1.35	4.43
16	P25D	1.98	3.52		0.86	3.11	1.1
17	P26D	10.73	115.1	39.26	11.41	92.7	4.56	13.5
18	P27D primary	2.74	5.36	4.78	0.59	4.09	1.35	3.66
18	P28D LN	2.16	4.29			2.39	1.1
19	P29D primary	1.73	2.63		1.06	2.65	1.47
19	P30D LN	1.97	5.36	16.4		4.28	0.99	3.27
20	P31D	1.87	3.93	3.01	0.82	2.6	1.1	2.39
21	P32D	4.14	7.61	4.17	0.65	6.46	1.01	3.08
22	P33D	1.81	6.97	4.64	0.91	4.68	1.15	2.8
23	P34 primary	3.57	5.91	4.66		5.19	1.9	5.38
23	P35 liver met	2.25	15.6		2.39	8.49	1.08
23	P36D LN	3.34	4.78			7.2	1.44
24	P37 LN	3.04	7.25	6.98		5.16	1.68	6.68
24	P38D primary	2.07	2.73			2.23	1.08
25	P39D primary	5.62	32.59		5.97	17.59	2.51
25	P40D LN	3.48	24.79	29.4		15.85	1.33	18.66
26	P41D	4.05	7.73	16.87	0.74	8.07	1.32	13.54
27	P42D	3.08	6.76	6.67		3.74	1.36	4.08
28	P43D	0.44	32.2	105.28	21.36	17.49	0.42	32.19
29	P44D primary	2.73	14.13	10.97	1.46	5.06	0.5	7.2
29	P45 LN	3.3	8.2			5.45	1.52
30	P46	8.91	79.19	151.33	7.5	26.48	1.01	73.6
31	P49	1.81	1.75	2.09	0.65	2.13	1.21	2.04
32	P52	2.45	3.18	4.92	0.59	2.53	1.48	4.7
33	P53	2.09	2.81	3.35	0.92	2.38	1.95	2.93
34	P56 recur	2.11	3.55	2.79	0.8	3.46	1.16	2.88
34	P59 2000	3.23	3.25			2.45	1.4
35	P61	3.22	3.08	3.22	0.87	2.36	1.32	3
36	P65 gallbladder met	2.42	2.7	2.38	0.79	2.05	1.54	2.52
36	P67 primary	1.91	1.43			0.8	1.71
	Adjacent normals (FFPE)
6	P68 nl stomach of P8		3.06			1.7
7	P69 nl prox mg P9,10		4.75			2.53
9	P70 nl antrum of P13,14		1.84	2.35		1.03		2.32
24	p71 nl distal mg of P37,38		3.05			1.98
29	p72 nl stomach P44,45		3.87			2.65
	Esophageal cell lines
	TE1		2.08
	TE8		1.92
	TE12		1.78
	SGKT4		2.4
	SGKT5		3.28
	Flo		2.53
	KYSE 110		3.11
	KYSE 140		2.54
	KYSE 220		2.59
	KYSE 520		2.98
	KYSE 550		2.44