Table 2. Distribution of type three secretion systems encoded by SPI-1 (T3SS-1) and SPI-2 (T3SS-2) and their secreted effectors in the salmonellae.

			Salmonella species/serotypes
			S.bongori 12419	S. Typhi CT18	S.Typhimurim LT2	S. Enteritidis P125109	S. Gallinarum 287/91	S.Cholerasuis SC-B67	S. arizonae CDC346-86
Secretion system			T3SS effector systems
			Presence/absence
T3SS-1			+	+	+	+	+	+	+
T3SS-2			−	+	+	+	+	+	+
			T3SS effector proteins
Genomic Location	Secreted by	Gene name	Presence/absence
øGifsy-1	SPI-2	gogB	−	−	+	−	−	+	−
SPI-5	SPI-2	pipB	−	+	+	+	+	+	−
ROD	SPI-2	pipB2	−	+	+	+	+ Ψ	+	−
BB	SPI-2	sifA	−	+	+	+	+	+	+
BB	SPI-2	steA	−	+	+	+	+	+	−
BB	SPI-2	sifB	−	+	+	+	+ Ψ	+	+
BB	SPI-2	steB	−	−	+	+	+	+	−
BB	SPI-2	steC	−	+	+	+	+	+	−
BB	SPI-1 & 2	slrP	+	+ Ψ	+	+ Ψ	+ Ψ	+ Ψ	+
BB	SPI-1	sopA	−*	+ Ψ	+	+	+ Ψ	+ Ψ	−
SPI-2	SPI-2	spiC (ssaB)	−	+	+	+	+	+	+
SPI-5	SPI-1	sopB (sigD)	+	+	+	+	+	+	+
BB	SPI-1	sopD	+	+	+	+	+	+	+
BB	SPI-2	sopD2	−	+ Ψ	+	+	+	+	+
øSopE and øSE12	SPI-1	sopE	−	+	−	+	+	−	−
BB	SPI-1	sopE2	+	+ Ψ	+	+	+	+	+
SPI-1	SPI-1	avrA	+	−	+	+	+	−	−
SPI-1	SPI-1	sptP	+ Ψ	+	+	+	+	+	+ Ψ
SPI-1	SPI-1	sipA (sspA)	+	+	+	+	+	+	+
SPI-1	SPI-1	sipB (sspB)	+	+	+	+	+	+	+
SPI-1	SPI-1	sipC (sspC)	+	+	+	+	+	+	+
SPI-2	SPI-2	sseF	−	+	+	+	+	+	+
SPI-2	SPI-2	sseG	−	+	+	+	+	+	+
BB	SPI-2	sseL	−	+	+	+	+	+	+
øGifsy2	SPI-2	sseI (srfH)	−	−	+	+	−	+ Ψ	+
BB	SPI-2	sseJ	−	+ Ψ	+	+	+	+	+
ROD	SPI-2	sseK1	−	−	+	+	+ Ψ	+	+
ROD	SPI-2	sseK2	−	−	+	−	−	−	−
øSE20	-	sseK3	−	−	−&	+	−	−	−
ROD	SPI-1 & 2	sspHI	−	−	+@	−	−	−	−
SPI-12	SPI-2	sspH2	−	+	+	+	+ Ψ	+ Ψ	+
pSLT plasmid	SPI-2	spvB	−	−	+	+	+	−	+

+, present; -, absent; Ψ, pseudogene;

*, see sboH: a chimera of sopA and a Non-LEE-encoded Type III secretion system effector gene nleH1; BB, chromosomal backbone; ROD, region of difference/genomic island;

@, of limited distribution in S. Typhimurium [89]; &, carried on phage ST64B of other S. Typhimurium strains [90].