Table 2.
Prediction of the chloroplast targeting signals in candidate TM-type tRNase ZSs from flowering plants
| Protein name | Form | Chl | Chloroplast targeting signal |
|---|---|---|---|
| AcoTrz1 | AcoTrzS1 | - | |
| AcoTrz2 | AcoTrzS2 | C | MKISLGISTSPILLPFSKPTLKIPHNRVCIP (31) |
| AlyTrz1 | AlyTrzS1 | - | |
| AlyTrz2 | AlyTrzS2 | C | MQLSSFPISPSKIFPFTKYHAPPVIIHQLAAQIQSHRSNFVSPVKVSGYFSSISRAIEEEEEYRKAR (67) |
| AthTrz1 | AthTrzS1 | - | |
| AthTrz2 | AthTrzS2 | C | MQLSSSFPISPPKIFPSTKHHKPPVITHQLAAQIQSNRRHFVSPVKVSGYFSSISRAIEEEEEYRKAR (68) |
| BdiTrz1 | BdiTrzS1 | - | |
| BdiTrz2 | BdiTrzS2 | C | MATISLFSLPPLRLTRGLLSPSSGPASRFQTL (32) |
| CpaTrz1 | CpaTrzS1 | - | |
| CpaTrz2 | CpaTrzS2 | C | MLTSVPILPSKLQSVFPFGHHHYHSISHKPTPIHQFSFLV (40) |
| CclTrz1 | CclTrzS1 | - | |
| CclTrz2 | CclTrzS2 | C | MQLSLPTSPSKLPTIFPFHPSSIPKTPQSPHHLSLQSHVGPLNALKSAGFLSSISRAIDEEEEYRKAR (68) |
| CsiTrz1 | CsiTrz S1 | - | |
| CsiTrz2 | CsiTrz S2 | C | MQLSLPTSPSKLPTIFPFHPSSIPKTPQSPHHLSLQSHVGPLNALKSAGFLSSISRAIDEEEEYRKAR (68) |
| CsaTrz1 | CsaTrzS1 | - | |
| CsaTrz2 | CsaTrzS2 | C | MQISIPISPLRPPQVFPFHQPLLHTPKPPGVALQSHLNPVNSFRDSGLLSTIGVE (55) |
| EgrTrz1 | EgrTrzS1 | - | |
| EgrTrz2 | EgrTrzS2 | C | MRISIPISPSKSPQIFPFHHHHRRRHQIPDLRRRPPALSLPASAVNPLKSSGYLSTIHR (59) |
| GmaTrz1 | GmaTrzS1 | - | |
| GmaTrz2 | GmaTrzS2 | C | MQISLSDLAFKTPQLFPIHHPIFPPKPPLNHQVST (35) |
| MesTrz1 | MesTrzS1 | - | |
| MesTrz2 | MesTrzS2 | C | MQTSFPVSPSKIPSIFPFNHPILHNPTAPTNHHQLPLQTYLKRPINSTSLKSSGFLSAIGRAIEEEEEYKKAR (73) |
| MtrTrz1 | MtrTrzS1 | - | |
| MtrTrz2 | MtrTrzS2 | C | MQIPLTNPTFKPPQIFPFHHTIPSPKQQLSFPT (33) |
| MguTrz1 | MguTrzS1 | - | |
| MguTrz2 | MguTrzS2 | C | MITLNPTTSNLLNLHPFHPTPATHKHHLPPQTRRSVIACVSDAVV (45) |
| OsaTrz1 | OsaTrzS1 | C | MANSGKSSPAATSTTAPPPGRPKAKAPPLTVEGYPVEGISIGGQETCVIFPT (52) |
| OsaTrz2 | OsaTrzS2 | C | MAATSLLSLPSLRLTHRLLVPASSSAPASRSQFQTL (36) |
| PtrTrz1 | PtrTrzS1 | - | |
| PtrTrz2 | PtrTrzS2 | C | MQISIPL (7) |
| PpeTrz1 | PpeTrzS1 | - | |
| PpeTrz2 | PpeTrzS2 | C | MQIFLTISPCKAPLILPFHPPISKTPKTQRTSLKTLSKPYRLARSQVLRKGV (52) |
| RcoTrz1 | RcoTrzS1 | - | |
| RcoTrz2 | RcoTrzS2 | C | MQTSLPISHSKFPSIFPFNHPISHKPTTTR (30) |
| SitTrz1 | SitTrzS1 | - | |
| SitTrz2 | SitTrzS2 | C | MATASLFSPPSLRLLSRTTARLSRFQTLAARKPP (34) |
| SitTrz3 | SitTrzS3 | - | |
| SitTrz4 | SitTrzS4 | - | |
| SbiTrz1 | SbiTrzS1 | - | |
| SbiTrz2 | SbiTrzS2 | C | MATASLFSLPSLRALSRTSARCSRFQTLAARKPVESSSSTATS (43) |
| SbiTrz3 | SbiTrzS3 | - | |
| VviTrz1 | VviTrzS1 | - | |
| VviTrz2 | VviTrzS2 | C | MQISLPFSTSKVPYLSPLPNPTPQPPLTIPKPHPKSYIT (39) |
| ZmaTrz1 | ZmaTrzS1 | - | |
| ZmaTrz2 | ZmaTrzS2 | C | MVTASLFSLPSLRVLSRTSAHGPRFQILAARKPVESSTATSGSRRGGSKGAGLLSVLDR (59) |
Identification of the putative chloroplast targeting signals was made by using ChloroP http://www.cbs.dtu.dk/services/ChloroP/. Chl stands for the chloroplast. C indicates chloroplast localization. "-", the localization could not be predicted. The numbers refer to amino acid positions starting from the N-terminus.