Skip to main content
. 2011 Aug 12;135(6):065102. doi: 10.1063/1.3615722

Table 2.

Vdw residue backbone scoring function (PIE_Vdw_Res_Bkbn).

  ILE VAL LEU PHE CYS MET ALA GLY THR SER TRP TYR PRO HIS ASN GLN ASP GLU LYS ARG NH CO
ILE 0.132 0.072 0.09 0.086 0.066 0.1 0.055 0.077 0.058 0.03 0.016 0.063 0.001 0.024 0.018 0.034 0.016 −0.007 −0.025 0.009 −0.041 0.006
VAL 0.072 0.16 0.104 0.059 −0.006 0.058 0.038 0.015 0.026 0.017 −0.005 0.066 0.043 0.025 0.025 −0.007 0.006 0.04 −0.007 0.041 −0.029 −0.001
LEU 0.09 0.104 0.1 0.1 0.049 0.05 0.072 0.044 0.027 0.029 0.059 0.092 0.043 0.019 0.004 0.021 −0.001 0.001 −0.008 0.023 −0.052 0.007
PHE 0.086 0.059 0.1 0.071 0.067 0.094 0.036 0.041 0.065 0.032 0.021 0.089 0.074 0.049 0.051 0.049 0.034 0.02 −0.023 0.029 −0.037 0.005
CYS 0.066 −0.006 0.049 0.067 0.118 0.124 0.007 0.034 0.005 0.02 −0.049 0.068 0.03 0.09 −0.049 −0.04 −0.016 −0.048 0.018 0.047 0.021 −0.021
MET 0.1 0.058 0.05 0.094 0.124 0.059 0.058 0.057 0.056 0.048 0.054 0.099 0.006 0.044 0.047 0.025 0.012 −0.01 −0.015 0.003 −0.049 0.009
ALA 0.055 0.038 0.072 0.036 0.007 0.058 0.052 0.026 0.027 0.032 0.07 0.046 −0.024 0.01 −0.002 0.027 −0.023 0.011 0.007 −0.002 −0.009 −0.025
GLY 0.077 0.015 0.044 0.041 0.034 0.057 0.026 0.061 0.028 0.036 0.028 0.051 0.032 0.005 0.034 0.005 0.011 −0.006 −0.006 0.043 −0.033 −0.008
THR 0.058 0.026 0.027 0.065 0.005 0.056 0.027 0.028 0.012 0.034 0.006 0.042 0.019 0.044 0.025 0.052 0.039 0.029 −0.035 0.022 −0.03 −0.007
SER 0.03 0.017 0.029 0.032 0.02 0.048 0.032 0.036 0.034 0.034 0.019 0.007 0.038 0.047 0.007 0.013 0.01 0.034 0.01 −0.007 −0.015 −0.022
TRP 0.016 −0.005 0.059 0.021 −0.049 0.054 0.07 0.028 0.006 0.019 0.186 0.003 0.074 0.107 0.053 0.069 −0.063 −0.039 0.034 0.057 −0.004 0.027
TYR 0.063 0.066 0.092 0.089 0.068 0.099 0.046 0.051 0.042 0.007 0.003 0.103 0.078 0.022 0.057 0.013 0.014 0.004 −0.002 0.046 −0.033 0.013
PRO 0.001 0.043 0.043 0.074 0.03 0.006 −0.024 0.032 0.019 0.038 0.074 0.078 0.01 0.014 0.021 0.024 0.01 0 −0.052 −0.013 −0.045 0.004
HIS 0.024 0.025 0.019 0.049 0.09 0.044 0.01 0.005 0.044 0.047 0.107 0.022 0.014 0.026 0.026 −0.025 0.035 0.018 0.016 −0.041 −0.041 0.018
ASN 0.018 0.025 0.004 0.051 −0.049 0.047 −0.002 0.034 0.025 0.007 0.053 0.057 0.021 0.026 0.054 0.015 −0.002 −0.008 −0.018 −0.002 −0.028 −0.001
GLN 0.034 −0.007 0.021 0.049 −0.04 0.025 0.027 0.005 0.052 0.013 0.069 0.013 0.024 −0.025 0.015 0.003 0.008 −0.031 0.023 0.005 −0.025 0.008
ASP 0.016 0.006 −0.001 0.034 −0.016 0.012 −0.023 0.011 0.039 0.01 −0.063 0.014 0.01 0.035 −0.002 0.008 −0.009 −0.034 0.039 0.085 0.006 −0.041
GLU −0.007 0.04 0.001 0.02 −0.048 −0.01 0.011 −0.006 0.029 0.034 −0.039 0.004 0 0.018 −0.008 −0.031 −0.034 −0.038 0.059 0.062 0.018 −0.042
LYS −0.025 −0.007 −0.008 −0.023 0.018 −0.015 0.007 −0.006 −0.035 0.01 0.034 −0.002 −0.052 0.016 −0.018 0.023 0.039 0.059 −0.04 −0.065 −0.022 0.018
ARG 0.009 0.041 0.023 0.029 0.047 0.003 −0.002 0.043 0.022 −0.007 0.057 0.046 −0.013 −0.041 −0.002 0.005 0.085 0.062 −0.065 −0.016 −0.042 0.027
NH −0.041 −0.029 −0.052 −0.037 0.021 −0.049 −0.009 −0.033 −0.03 −0.015 −0.004 −0.033 −0.045 −0.041 −0.028 −0.025 0.006 0.018 −0.022 −0.042 0.03 0.011
CO 0.006 −0.001 0.007 0.005 −0.021 0.009 −0.025 −0.008 −0.007 −0.022 0.027 0.013 0.004 0.018 −0.001 0.008 −0.041 −0.042 0.018 0.027 0.011 0.001
VDW 0.009