Table 5.
Codon usage in male and female Musculista senhousia mitochondrial genomes.
| FEMALE | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | Codon | Count | % |
| Phe (F) | UUU | 303 | 8,0 | Ser (S) | UCU | 107 | 2,8 | Tyr (Y) | UAU | 125 | 3,3 | Cys (C) | UGU | 80 | 2,1 | UNU | 615 | 16,2 |
| UUC | 36 | 0,9 | UCC | 8 | 0,2 | UAC | 39 | 1,0 | UGC | 14 | 0,4 | UNC | 97 | 2,6 | ||||
| Leu (L) | UUA | 254 | 6,7 | UCA | 36 | 0,9 | s.c. (*) | UAA | 14 | 0,4 | Trp (W) | UGA | 53 | 1,4 | UNA | 357 | 9,4 | |
| UUG | 105 | 2,8 | UCG | 14 | 0,4 | UAG | 7 | 0,2 | UGG | 50 | 1,3 | UNG | 176 | 4,6 | ||||
| CUU | 89 | 2,3 | Pro (P) | CCU | 95 | 2,5 | His (H) | CAU | 58 | 1,5 | Arg (R) | CGU | 35 | 0,9 | CNU | 277 | 7,3 | |
| CUC | 20 | 0,5 | CCC | 13 | 0,3 | CAC | 15 | 0,4 | CGC | 7 | 0,2 | CNC | 55 | 1,5 | ||||
| CUA | 62 | 1,6 | CCA | 11 | 0,3 | Gln (Q) | CAA | 32 | 0,8 | CGA | 14 | 0,4 | CNA | 119 | 3,1 | |||
| CUG | 41 | 1,1 | CCG | 4 | 0,1 | CAG | 26 | 0,7 | CGG | 13 | 0,3 | CNG | 84 | 2,2 | ||||
| Ile (I) | AUU | 147 | 3,9 | Thr (T) | ACU | 54 | 1,4 | Asn (N) | AAU | 82 | 2,2 | Ser (S) | AGU | 71 | 1,9 | ANU | 354 | 9,3 |
| AUC | 41 | 1,1 | ACC | 9 | 0,2 | AAC | 27 | 0,7 | AGC | 30 | 0,8 | ANC | 107 | 2,8 | ||||
| Met (M) | AUA | 139 | 3,7 | ACA | 29 | 0,8 | Lys (K) | AAA | 81 | 2,1 | AGA | 90 | 2,4 | ANA | 339 | 8,9 | ||
| AUG | 62 | 1,6 | ACG | 17 | 0,4 | AAG | 33 | 0,9 | AGG | 68 | 1,8 | ANG | 180 | 4,7 | ||||
| Val (V) | GUU | 200 | 5,3 | Ala (A) | GCU | 88 | 2,3 | Asp (D) | GAU | 59 | 1,6 | Gly (G) | GGU | 102 | 2,7 | GNU | 449 | 11,8 |
| GUC | 24 | 0,6 | GCC | 17 | 0,4 | GAC | 15 | 0,4 | GGC | 39 | 1,0 | GNC | 95 | 2,5 | ||||
| GUA | 113 | 3,0 | GCA | 44 | 1,2 | Glu (E) | GAA | 44 | 1,2 | GGA | 43 | 1,1 | GNA | 244 | 6,4 | |||
| GUG | 84 | 2,2 | GCG | 22 | 0,6 | GAG | 49 | 1,3 | GGG | 89 | 2,3 | GNG | 244 | 6,4 | ||||
| NUN | 1720 | 45,4 | NCN | 568 | 15,0 | NAN | 706 | 18,6 | NGN | 798 | 21,0 | Total | 3792 | |||||
| MALE | ||||||||||||||||||
| aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | aa | Codon | Count | % | Codon | Count | % |
| Phe (F) | UUU | 333 | 8,1 | Ser (S) | UCU | 131 | 3,2 | Tyr (Y) | UAU | 133 | 3,2 | Cys (C) | UGU | 90 | 2,2 | UNU | 687 | 16,8 |
| UUC | 57 | 1,4 | UCC | 22 | 0,5 | UAC | 36 | 0,9 | UGC | 15 | 0,4 | UNC | 130 | 3,2 | ||||
| Leu (L) | UUA | 274 | 6,7 | UCA | 36 | 0,9 | s.c. (*) | UAA | 18 | 0,4 | Trp (W) | UGA | 69 | 1,7 | UNA | 397 | 9,7 | |
| UUG | 104 | 2,5 | UCG | 6 | 0,1 | UAG | 10 | 0,2 | UGG | 46 | 1,1 | UNG | 166 | 4,1 | ||||
| CUU | 86 | 2,1 | Pro (P) | CCU | 91 | 2,2 | His (H) | CAU | 51 | 1,2 | Arg (R) | CGU | 42 | 1,0 | CNU | 270 | 6,6 | |
| CUC | 16 | 0,4 | CCC | 14 | 0,3 | CAC | 30 | 0,7 | CGC | 11 | 0,3 | CNC | 71 | 1,7 | ||||
| CUA | 55 | 1,3 | CCA | 20 | 0,5 | Gln (Q) | CAA | 40 | 1,0 | CGA | 12 | 0,3 | CNA | 127 | 3,1 | |||
| CUG | 28 | 0,7 | CCG | 8 | 0,2 | CAG | 22 | 0,5 | CGG | 8 | 0,2 | CNG | 66 | 1,6 | ||||
| Ile (I) | AUU | 178 | 4,3 | Thr (T) | ACU | 61 | 1,5 | Asn (N) | AAU | 81 | 2,0 | Ser (S) | AGU | 78 | 1,9 | ANU | 398 | 9,7 |
| AUC | 43 | 1,0 | ACC | 22 | 0,5 | AAC | 52 | 1,3 | AGC | 43 | 1,0 | ANC | 160 | 3,9 | ||||
| Met (M) | AUA | 148 | 3,6 | ACA | 35 | 0,9 | Lys (K) | AAA | 104 | 2,5 | AGA | 97 | 2,4 | ANA | 384 | 9,4 | ||
| AUG | 79 | 1,9 | ACG | 12 | 0,3 | AAG | 38 | 0,9 | AGG | 75 | 1,8 | ANG | 204 | 5,0 | ||||
| Val (V) | GUU | 193 | 4,7 | Ala (A) | GCU | 81 | 2,0 | Asp (D) | GAU | 65 | 1,6 | Gly (G) | GGU | 103 | 2,5 | GNU | 442 | 10,8 |
| GUC | 30 | 0,7 | GCC | 22 | 0,5 | GAC | 22 | 0,5 | GGC | 28 | 0,7 | GNC | 102 | 2,5 | ||||
| GUA | 106 | 2,6 | GCA | 44 | 1,1 | Glu (E) | GAA | 59 | 1,4 | GGA | 53 | 1,3 | GNA | 262 | 6,4 | |||
| GUG | 83 | 2,0 | GCG | 19 | 0,5 | GAG | 42 | 1,0 | GGG | 88 | 2,1 | GNG | 232 | 5,7 | ||||
| NUN | 1813 | 44,2 | NCN | 624 | 15,2 | NAN | 803 | 19,6 | NGN | 858 | 20,9 | Total | 4098 | |||||
Codons that match the corresponding tRNA anticodon are bold and underlined.
aa: coded amminoacid.
s.c.: stop codon.