Table 5.

Top Association Results in European-American Samples with Cases Defined as ETDRS Score ≥14 for Variants in Genes on the IBC Chip

SNP	Chr	Gene	Position	Minor Allele	ARIC				CHS				MESA				CMH Combined Analysis						P correction
					MAF		OR	P	MAF		OR	P	MAF		OR	P	MAF		OR	L95	U95	P	Bonferroni	Permutation
					Cases	Controls			Cases	Controls			Cases	Controls			Cases	Controls
rs9332570	1	F5	167794699	G	0.09	0.18	0.44	8.8 × 10−5	0.08	0.19	0.35	0.02	0.11	0.21	0.46	0.05	0.09	0.19	0.43	0.31	0.61	1.1 × 10−6	4.3 × 10−5	0.0001
rs7545236	1	F5	167796694	C	0.09	0.18	0.44	9.4 × 10−5	0.08	0.19	0.35	0.02	0.11	0.21	0.46	0.05	0.09	0.19	0.44	0.31	0.61	1.2 × 10−6	4.6 × 10−5	0.0001
rs2298908	1	F5	167805168	T	0.09	0.18	0.45	0.0001	0.08	0.19	0.35	0.02	0.11	0.21	0.46	0.05	0.09	0.19	0.44	0.31	0.61	1.3 × 10−6	4.9 × 10−5	0.0001
rs1894701	1	F5	167797210	C	0.09	0.18	0.44	8.8 × 10−5	0.08	0.19	0.36	0.03	0.11	0.21	0.46	0.05	0.09	0.19	0.44	0.31	0.61	1.3 × 10−6	5.0 × 10−5	0.0001
rs6427203	1	F5	167795655	C	0.09	0.18	0.45	0.0001	0.08	0.19	0.36	0.03	0.11	0.21	0.46	0.05	0.09	0.18	0.44	0.32	0.62	1.8 × 10−6	7.1 × 10−5	0.0001
rs35260	5	PDE4D	58668304	A	0.38	0.47	0.68	0.0003	0.36	0.48	0.61	0.07	0.24	0.50	0.31	7.4 × 10−5	0.35	0.48	0.60	0.48	0.74	2.0 × 10−6	7.6 × 10−5	0.0001
rs6128	1	SELP	167829528	T	0.08	0.16	0.48	0.0007	0.06	0.18	0.30	0.02	0.08	0.20	0.36	0.02	0.08	0.17	0.43	0.31	0.62	3.1 × 10−6	0.0001	0.0001
rs7168655	15	PCSK6	99782444	A	0.43	0.32	1.60	0.0002	0.47	0.33	1.76	0.04	0.43	0.33	1.50	0.13	0.44	0.33	1.61	1.31	1.98	7.6 × 10−6	0.0003	0.0001
rs35259	5	PDE4D	58669348	T	0.39	0.47	0.70	0.005	0.36	0.48	0.61	0.07	0.26	0.50	0.36	0.0004	0.36	0.48	0.62	0.50	0.77	8.6 × 10−6	0.0003	0.0001
rs6133	1	SELP	167831970	A	0.05	0.12	0.39	0.0003	0.03	0.13	0.22	0.02	0.07	0.13	0.50	0.16	0.05	0.12	0.38	0.25	0.59	1.1 × 10−5	0.0004	0.0001
rs9332579	1	F5	167791936	T	0.06	0.14	0.37	8.9 × 10−5	0.05	0.13	0.32	0.05	0.10	0.14	0.66	0.34	0.06	0.14	0.41	0.28	0.61	1.3 × 10−5	0.0005	0.0001
rs3917779	1	SELP	167837472	A	0.05	0.12	0.40	0.0004	0.03	0.12	0.23	0.03	0.07	0.13	0.50	0.16	0.05	0.12	0.39	0.26	0.60	1.6 × 10−5	0.0006	0.0002
rs6856425	4	Near IDUA	966918	C	0.04	0.02	2.36	0.01	0.11	0.02	6.17	0.0004	0.06	0.03	2.28	0.19	0.05	0.02	2.88	1.75	4.73	2.9 × 10−5	0.001	0.0002
rs1824159	5	PDE4D	58654401	T	0.15	0.09	1.87	0.0006	0.11	0.09	1.15	0.76	0.19	0.08	2.81	0.004	0.15	0.09	1.88	1.39	2.53	3.5 × 10−5	0.001	0.0001
rs1006273	15	PCSK6	99782862	A	0.52	0.43	1.47	0.002	0.59	0.43	1.93	0.02	0.51	0.42	1.48	0.14	0.53	0.43	1.53	1.24	1.88	5.6 × 10−5	0.002	0.0001
rs16879334	5	MTRR	7944506	G	NA	NA	NA	NA	0.11	0.03	3.33	0.01	0.10	0.02	5.88	0.001	0.10	0.03	4.11	2.05	8.21	6.4 × 10−5	0.002	0.0003
rs10036406	5	PDE4D	58588070	C	0.16	0.10	1.82	0.0007	0.12	0.10	1.29	0.55	0.18	0.09	2.14	0.04	0.16	0.10	1.78	1.34	2.38	9.1 × 10−5	0.004	0.0001
rs7105871	11	CADM1	114717935	C	0.14	0.26	0.46	6.6 × 10−6	0.24	0.25	0.98	0.94	0.25	0.28	0.87	0.65	0.17	0.26	0.59	0.46	0.77	9.4 × 10−5	0.004	0.0002

The minor allele is the effect allele for the ORs. Chr, chromosome; L95, lower 95% CI boundary; U95, upper 95% CI boundary; NA, not available.