Table 2.
Percent (%) identity of Md27 structural genes with other IBV strains.
| IBV Strains | S1 | S2 | 3a | 3b | 3c(E) | M | 5a | 5b | N | 3′UTR | 7kb* |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ArkDPI | 86(84) | 98(98) | 91 | 98 | 98(96) | 99(98) | 99 | 98 | 96(96) | 98 | 95 |
| Ark99 | 85(84) | 96(95) | 97 | 98 | 95(91) | 97(96) | NA | NA | 96(95) | 96 | NA |
| Beaudette | 83(80) | 94(93) | 86 | 84 | 88(82) | 91(93) | 93 | 96 | 93(94) | 97 | 91 |
| BJ | 77(76) | 85(89) | 86 | 76 | 87(81) | 90(93) | 86 | 93 | 89(91) | 88 | 85 |
| Cal99 | 82(79) | 94(93) | 97 | 98 | 93(88) | 96(95) | 99 | 98 | 94(95) | 90 | 91 |
| CK/CH/LSD/05I | 78(75) | 87(90) | 85 | 84 | 92(87) | 96(96) | 99 | 99 | 96(96) | 91 | 89 |
| Connecticut | 83(80) | 95(96) | 97 | 98 | 98(97) | 99(98) | 99 | 98 | 96(95) | NA | NA |
| CU-T2 | 85(83) | 94(93) | 94 | 97 | 91(87) | 88(86) | 98 | 98 | 94(93) | 97 | NA |
| DE072 | 62(50) | 75(76) | NA | NA | NA | NA | 98 | 98 | NA | 98 | NA |
| Gray | 86(82) | 98(97) | NA | NA | 96(92) | 97(97) | 98 | 98 | 95(95) | 97 | NA |
| GAV-92 | 83(79) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| H120 | 83(80) | NA | NA | NA | NA | 91(94) | NA | NA | 92(94) | 82 | NA |
| H52 | 83(80) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 95(95) | NA | NA |
| HK | 83(80) | 95(95) | 91 | 98 | 98(95) | 99(98) | 99 | 98 | 96(95) | 44 | NA |
| Holte | 83(78) | 94(94) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| Ind/TN/92/03 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 94(94) | NA | NA |
| IS/1366 | 77(74) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 92(94) | NA | NA |
| Jilin | 86(84) | 98(98) | 91 | 98 | 98(96) | 99(98) | 99 | 98 | 96(96) | 98 | 95 |
| JMK | 86(84) | 98(98) | NA | NA | NA | 97(96) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KB8523 | 83(80) | 90(91) | NA | NA | NA | 93(94) | NA | NA | 93(95) | NA | NA |
| LX4 | 76(75) | 85(88) | 81 | 76 | 89(81) | 90(91) | 83 | 91 | 88(91) | NA | 26 |
| M41 | 83(79) | 94(94) | 84 | 85 | 88(82) | 91(94) | 90 | 96 | 95(94) | 97 | 91 |
| Qu16 | 84(81) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| SAIBK | 81(79) | 87(90) | 82 | 82 | 85(81) | 89(92) | 85 | 96 | 87(92) | 90 | 86 |
| SAIBb2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 85 | NA |
| SE 17 | 96(93) | 98(98) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| TW2296/95 | 80(78) | 86(89) | 81 | 85 | 88(83) | 90(91) | 86 | 95 | 88(89) | NA | NA |
| UK/2/91 | 77(75) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| Vic | 82(79) | 89(91) | 84 | 88 | 88(87) | 89(94) | 88 | 94 | 90(93) | NA | NA |
Sequences with >95% identity are indicated in bold letters; Amino acid sequences identity are within the parenthesis; NA-Not available for Analysis.
*
Entire structural genome, starting from start codon of spike gene to last nucleotide of IBV genome.