Table 2.
Can a 16S primer be universal when its ≥16 b?
| Bacteriumb | Published primers/universal primers | Al-Quds University general primers (QUGP) | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RTU8a | 909 bpa | 909 bp Ra | 8F | F1 | F3 R3 | F4 R4 | F5 R5 | F6 R6 | R1b | R2 | R7 | |
| Acidobacteria bacterium | Y | Y | Y | Y | Y | R | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Acinetobacter sp. | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Aeromonas hydrophila | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Agrobacterium tumefaciens | N | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Anabaena variabilis | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Aquifex aeolicus VF5 | Y | N | Y | Y | Y | R | Y | M | Y | Y | N | N |
| Arthrobacter aurescens | N | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Arthrobacter sp. FB24 | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | T | Y | N |
| Bacillus cereus | N | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Bacillus subtilis | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Bifidobacterium adolescentis | Y | N | N | N | N | M | Y | Y | Y | T | Y | N |
| Bordetella pertussis | Y | Y | Y | Y | Y | R | Y | Y | Y | M | Y | Y |
| Brucella abortus | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Burkholderia cenocepacia | Y | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | M | Y | Y |
| Campylobacter jejuni | N | N | Y | Y | Y | R | Y | Y | Y | M | Y | Y |
| Chlamydophila pneumoniae 1 | Y | N | Y | N | N | R | N | N | M | M | Y | N |
| Chlamydophila pneumoniae | N | N | Y | N | N | M | N | N | Y | Y | Y | N |
| Corynebacterium jeikeium | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Dehalococcoides ethenogenes | N | Y | Y | N | N | M | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Deinococcus geothermalis | Y | Y | Y | N | N | M | M | Y | Y | M | Y | Y |
| Desulfovibrio vulgaris | Y | N | Y | Y | M | R | Y | Y | Y | M | Y | N |
| Escherichia coli O157:H7 | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Fusobacterium nucleatum | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y |
| Haemophilus influenzae | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| H. pylori | N | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | T | Y |
| Lactobacillus acidophilus | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y |
| Legionella pneumophila | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Magnetococcus sp. | Y | Y | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | M |
| M. tuberculosis | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Mycoplasma pneumoniae | N | N | Y | Y | Y | N | N | Y | N | T | Y | M |
| Neisseria meningitidis | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Nocardioides sp. | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Prochlorococcus marinus | N | Y | Y | N | N | R | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| P. putida | N | N | Y | N | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Ralstonia eutropha | N | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | T | Y | Y |
| Rhodopirellula baltica | N | Y | N | Y | N | M | R | R | R | T | Y | Y |
| Rickettsia akari | N | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | T | M | N | Y |
| Rickettsia rickettsii | N | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | T | M | N | Y |
| Salmonella enterica | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Staphylococcus aureus | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Streptococcus pyogenes | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Streptomyces avermitilis | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Streptomyces coelicolor | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N |
| Syntrophobacter fumaroxidans | Y | Y | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y | Y | Y | Y |
| Thermotoga lettingae | Y | N | N | N | N | R | Y | Y | Y | T | N | M |
| Thermus thermophilus | N | Y | Y | Y | Y | M | N | Y | Y | Y | Y | Y |
| Treponema pallidum | Y | Y | Y | N | N | M | N | Y | R | Y | Y | Y |
| Vibrio cholerae O395 | Y | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | N | Y | Y |
| V. parahaemolyticus | N | N | Y | Y | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
| Wolbachia endosymbiont | N | Y | N | Y | M | Y | N | Y | Y | N | M | Y |
Y primer sequence is present, M 5′ or central mismatch was detected, T 3′-end mismatch was found. R Only the reverse primer may be functional. N the sequence is completely absent or partially present
Published a RTU8, 909 bp, 909R, and 8F are as in Table 1
bDistribution of primers was analyzed in other bacteria: Bacteroides fragilis, Bdellovibrio bacteriovorous, Clostridium tetani, Enterococcus faecalis, Listeria monocytogenes, and Ochrobactrum anthropi