Table 4.
Identification of 16 other coagulase-negative staphylococci by genotypica and phenotypic methods
| 16S rRNA analysis (GenBank) | 16S rRNA analysis (MicroSeq) | 16S rRNA analysis (EzTaxon) | 16S rRNA analysis (BIBI) | tuf gene analysis (GenBank) | tuf gene analysis (BIBI) | Vitek2 | MicroScan | Definitive ID | No. of isolates |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S. cohnii | S. cohnii | S. cohnii | S. cohnii | S. cohnii (98.3 [1], 97.3 [1], 97.1 [1]) | S. cohnii | S. cohnii | S. cohnii | S. cohnii | 3 |
| S. lugdunensis (100.0 [3], 99.8 [1], 99.3 [1]) | S. lugdunensis (99.9 [2], 99.8 [3]) | S. lugdunensis | S. lugdunensis | S. lugdunensis (100 [1], 99.7 [3], 99.6 [1]) | S. lugdunensis | S. lugdunensis | S. haemolyticus | S. lugdunensis | 5 |
| S. lugdunensis | S. lugdunensis (99.8) | S. lugdunensis | S. lugdunensis | S. lugdunensis (99.7) | S. lugdunensis | NAb | S. lugdunensis | S. lugdunensis | 1 |
| S. pettenkoferi/ S. pseudolugdunensis (99.6) | S. hyicus/S. cohnii/ S. caprae/S. capitis (96.6) | S. pettenkoferi | S. pseudolugdunensis/S. pettenkoferi | S. pseudolugdunensis | S. pettenkoferi | NA | S. capitis | S. pettenkoferi | 1 |
| S. saprophyticus | S. saprophyticus/S. xylosus (99.9) | S. saprophyticus/S. xylosus (99.6) | S. saprophyticus | S. saprophyticus (98.9) | S. saprophyticus | S. saprophyticus | S. saprophyticus | S. saprophyticus | 1 |
| S. simulans (99.6) | S. simulans (99.9) | S. simulans. | S. simulans | S. simulans (99.1) | S. simulans | S. simulans | S. simulans | S. simulans | 1 |
| S. simulans (99.6) | S. simulans (99.9) | S. simulans | S. simulans | S. simulans (99.1) | S. simulans | S. simulans | S. cohnii | S. simulans | 1 |
| S. warneri/S. pasteuri | S. warneri | S. warneri | S. warneri | S. warneri/S. pasteuri | S. warneri | S. saprophyticus | S. warneri | S. warneri | 1 |
| S. warneri/S. pasteuri (99.8) | S. warneri/S. pasteuri (99.8) | S. warneri | S. warneri | S. warneri/S. pasteuri (99.6) | S. warneri | S. warneri | S. auricularis | S. warneri | 1 |
| S. warneri/S. pasteuri | S. warneri/S. pasteuri | S. warneri | S. warneri | S. warneri/S. pasteuri | S. warneri | S. warneri | S. warneri | S. warneri | 1 |
a
Where the percentage of identity for 16S rRNA analysis with GenBank, MicroSeq, or EzTaxon or for tuf analysis with GenBank is not 100%, the percentage of identity is given in parentheses, and the number of isolates with that percentage of identity (if more than 1) is given in brackets.
b
NA, not available.