Table 1.
PCR primers and conditions used for detection of subAB and tia genes and for amplification of the subA gene
| Target gene | Primer | Nucleotide sequence (5′-3′) | Annealing conditions | Reference |
|---|---|---|---|---|
| subAB | RTsubABF | GCAGATAAATACCCTTCACTTG | 55°C, 60 s | 17 |
| subAB | RTsubABR | ATCACCAGTCCACTCAGCC | 55°C, 60 s | 17 |
| subA | SubHCDF | TATGGCTTCCCTCATTGCC | 50°C, 60 s | 14 |
| subA | SubSCDR | TATAGCTGTTGCTTCTGACG | 50°C, 60 s | 14 |
| tia | tia_lo | TCCATGCGAAGTTGTTATCA | 56°C, 60 s | 21 |
| tia | tia_sense | TTCTCTTTTTACCCTGCTTTTTGC | 56°C, 60 s | 21 |
| subA | Sub-F1 | CAATACGGCGCTCTGTTGACG | 60°C, 60 s | This study |
| subA | Sub-F2 | AACATATTGACCAGCAATAC | 60°C, 30 s; 50°C, 30 s | This study |
| subA | Sub-R | AAACATGCCATCCCGGGCATC | 60°C, 60 s, with Sub-F1; 60°C, 30 s, and 50°C, 30 s, with Sub-F2 | This study |
| 16S rRNA | 16SF | CATTGACGTTACCCGCAGAA | 56°C, 60 s | 19 |
| 16S rRNA | 16SR | CGCTTTACGCCCAGTAATTCC | 56°C, 60 s | 19 |