Table 3. Species with deep within species divergences recovered monophyletic with COI barcodes.
| Species | Cluster or sample locality (sampling)a | Max K2PD (%)b |
| Arremon taciturnus | a. NAF (1) b. Ron/Pa1 (1) c. Be (1) | 1.6 |
| Chloroceryle aenea | a. SEAF (1) b. Ron (1) | 2.21 |
| Cnemotriccus fuscatus | a. Ron/Pa1 (1) b. Caa (1) | 5.97 |
| Conopophaga aurita | a. Ron (2) b. N (1) | 7.48 |
| Crypturellus tataupa | a. Caa (1) b. SWAF (1) | 3.94 |
| Cyanocompsa brissonii | a. Ch (4) Pu (2) b. Ch (2)/Caa (1) | 2.66 |
| Cyclarhis gujanensis | a. Caa (1) b. Ch (3)/Pu (1) | 3.04 |
| Cyphorhinus arada | a. Ron (1) b. N (1) | 4.86 |
| Dacnis cayana | a. N (1) b. SEAF (1) | 2.92 |
| Deconychura longicauda | a. Ron (1) b. N (1) | 2.33 |
| Deconychura stictolaema | a. Ron/Pa1 (1) b. N | 2.28 |
| Dixiphia pipra | a. Be (3) b. N (1)/Gu (1) | 2.52 |
| Formicarius colma | a. N (1) b. Be (1) | 2.5 |
| Formicivora grisea | a. Ron/Pa1 (1) b. NAF (1) | 1.64 |
| Galbula dea | a. Gu (1) b. Be (1) | 5.14 |
| Geothlypis aequinoctialis | a. Ch (4) b. Pu (1) | 2.36 |
| Glyphorynchus spirurus | a. Ron/Pa1 (1) b. N (3) | 6.02 |
| Hemithraupis flavicollis | a. Ron (1) b. N (1) | 1.97 |
| Hylophylax naevius | a. Ron (1) b. N (1) | 4.87 |
| Hylophylax poecilinotus | a. N (2)/Im (1) b. Ron/Pa1 (2) | 6.05 |
| Hypocnemis cantator | a. Gu (1) b. Ro (1) | 4.05 |
| Jacamerops aureus | a. Ron (1) b. N (1) c. Be (1) | 4.49 |
| Malacoptila rufa | a. Ron/Pa1 (3) b. Be (1) | 3.95 |
| Micrastur gilvicollis | a. Ron/Pa1 (1) b. In (2) | 5.95 |
| Microcerculus marginatus | a. Ron (1) b. Be (1) | 1.61 |
| Mionectes oleagineus | a. Be (1) b. N (2)/Im (1)/Gu(2) | 2.76 |
| Monasa morphoeus | a. N (2) b. Ron/Pa1 (3) | 1.67 |
| Myiobius atricaudus | a. Caa (1) b. SEAF (1) | 1.74 |
| Myrmeciza atrothorax | a. Ron/Pa1 (1) b. Im (1) | 3.31 |
| Myrmoborus myotherinus | a. N (1) b. Ron/Pa1 (1) | 2.83 |
| Myrmotherula hauxwelli | a. Be (1) b. Ron (1) | 3.43 |
| Myrmotherula longipennis | a. Ron (1) b. N (1) | 7.83 |
| Nyctidromus albicollis | a. N (1)/Gu(1) b. Ch(1) | 2.66 |
| Phaeomyias murina | a. Caa (1) b. Pu (1) | 3.16 |
| Phaethornis ruber | a. Be (1) b. N (1) | 2.44 |
| Piculus chrysochloros | a. Caa (1) b. Ch (1) | 2.61 |
| Piranga flava | a. Flooded Pm (1) b. Caa (1) | 1.98 |
| Schiffornis turdina | a. Ron (1) b. N (1) | 4.75 |
| Sittasomus griseicapillus | a. Caa (1) b.SEAF (2) c. Pu (3)/Ch (3) | 3.29 |
| Terenotriccus erythrurus | a. Im (1) b. Ron (1) | 4.94 |
| Thalurania furcata | a. Ron/Pa1 (1) b. Be (1) | 2.68 |
| Thamnomanes caesius | a. Ron/Pa1 (1) b. N (2) c. Im (1) Gu (1) | 6.04 |
| Thamnophilus aethiops | a. N (2) b. Ron/Pa1 (2) c. Im (1) d. Be (3) | 4.21 |
| Thryothorus longirostris | a. Caa (1) b. SEAF (1) | 4.6 |
| Trogon curucui | a. Caa (1) b. Ron/Pa1 (1) | 2.46 |
| Trogon melanurus | a. Im (1) b. Pa2 (1)/Ron/Pa1 (1) | 2.29 |
| Xenops minutus | a. N (1) b. SWAF (1) | 5.69 |
| Xiphorhynchus guttatus | a. Be (1) b. Ron/N (1) | 3.29 |
a
Areas of endemism or ecoregion for each cluster.
b
Mmaximum K2P genetic distances within species. Geographic areas coded according Figure 1.