Table 3.

Analysis of intrahost variation in DENV sequences in sequential samples from 17 patients in the 1HQ data set

Study ID no.	Clone merged sequences (n)	Nucleotide mutations		Pairwise distance		Global dN/dSa	Haplotypes (n)	Total no. of amino acid mutations	No. of stop codons	Coverage (mean)
		Total no.	%	Mean	SE
G2500	116	23	0.042	0.00093	0.00020	0.269	13	12		108.4
G2501	47	8	0.035	0.00074	0.00026	0.183	8	3		45.5
G2503	317	92	0.057	0.00125	0.00012	0.750	69	64		318.5
G2504	285	80	0.060	0.00127	0.00019	0.859	56	62	1	265.8
G2505	233	121	0.104	0.00225	0.00030	0.500	59	76	5	231.8
G2506	254	45	0.038	0.00078	0.00011	0.473	40	28		233.1
G2507	39	17	0.088	0.00186	0.00050	0.718	13	12		38.5
G2508	8	4	0.111	0.00216	0.00105		4	4		7.1
G2509	254	156	0.122	0.00277	0.00080	0.609	83	121	3	255.2
G2510	141	97	0.137	0.00276	0.00083	0.923	43	78		140.5
G2511	63	47	0.149	0.00271	0.00102	1.682	24	41	1	62.9
G2512	320	94	0.061	0.00127	0.00013	0.899	76	70		306.8
G2513	361	135	0.074	0.00163	0.00015	0.668	99	92	3	361.0
G2514	307	69	0.047	0.00103	0.00013	0.506	55	45	1	293.9
G2515	169	37	0.045	0.00100	0.00016	0.398	32	22		165.0
G2516	130	33	0.051	0.00109	0.00019	0.758	26	24	2	128.8
G2517	155	71	0.092	0.00198	0.00023	0.518	56	44		152.7
G2518	47	12	0.052	0.00119	0.00033	0.679	11	9		46.2
G2519	230	116	0.101	0.00216	0.00020	0.592	89	76		228.0
G2520	284	90	0.064	0.00138	0.00016	0.653	72	62		279.5
G2521	212	82	0.077	0.00155	0.00018	0.442	64	46	2	210.5
G2522	4	3	0.198	0.00324	0.00183	0.613	3	2		3.1
G2523	17	8	0.095	0.00203	0.00067	0.307	8	4		16.8
G2524	250	99	0.079	0.00162	0.00048	0.247	57	42		248.9
G2525	58	25	0.087	0.00185	0.00039	0.435	20	15	1	57.2
G2526	6	5	0.166	0.00360	0.00154	0.461	5	3		6.0
G2527	210	80	0.077	0.00174	0.00022	0.344	54	45	1	206.8
G2528	201	68	0.069	0.00150	0.00020	0.823	49	51		194.5
G2529	15	5	0.070	0.00144	0.00063	0.465	4	3		14.1
G2536	328	142	0.087	0.00189	0.00016	0.482	101	89	2	323.3
G2537	251	93	0.074	0.00167	0.00019	0.535	74	63	3	248.6
G2538	69	38	0.110	0.00238	0.00037	0.325	29	19	1	68.5
G2539	353	87	0.050	0.00109	0.00012	0.667	70	61		348.5
G2540	140	50	0.071	0.00151	0.00022	0.697	40	34		139.2
G2541	27	5	0.037	0.00080	0.00033	0.460	6	3		26.9
G2542	175	50	0.058	0.00123	0.00019	0.234	31	22		172.6
G2543	92	38	0.083	0.00178	0.00031	0.426	29	22		91.2
G2544	9	1	0.022	0.00048	0.00049	0.000	2	0		9.0
G2545	346	128	0.073	0.00158	0.00015	0.556	94	82	4	347.4
G2546	260	109	0.084	0.00174	0.00019	0.782	72	74		258.1
G2547	141	63	0.089	0.00196	0.00022	0.871	46	46	1	140.0
G2548	122	67	0.110	0.00240	0.00030	0.395	44	39	4	120.8
G2549	13	4	0.061	0.00133	0.00061	0.923	5	3		13.0
G2551	316	100	0.063	0.00131	0.00013	0.320	70	49		315.6
G2552	317	90	0.056	0.00123	0.00013	0.606	71	59		319.2
G2553	112	26	0.047	0.00100	0.00019	0.581	22	17		110.8
G2554	308	57	0.037	0.00081	0.00011	0.725	46	41	1	304.6
G2555	153	42	0.055	0.00116	0.00019	0.530	34	26		152.5
G2556	50	24	0.098	0.00207	0.00039	0.745	21	17		48.7

^ad_N/d_S, ratio of nonsynonymous/synonymous substitutions per site.