Table 2. Allele and haplotype frequency data.

	NRY
	R1a1	I	J2	R1 xR1a1	F xI/J2/R1	E	n
SW	0.013	0.150	0.025	0.750	0.038	0.025	80
CN	0.053	0.140	0.018	0.684	0.105	0.000	57
E	0.035	0.161	0.023	0.598	0.138	0.046	87
N	0.022	0.202	0.033	0.656	0.071	0.016	183
OR	0.342	0.079	0.000	0.579	0.000	0.000	38
	HLA-A					HLA-B						HLA-C
	01	02	03	11	2n	07	08	15	35	44	2n	03	05	06	07	2n
SW	0.169	0.307	0.156	0.055	326	0.151	0.170	0.077	0.071	0.106	311	0.123	0.141	0.083	0.368	326
CN	0.191	0.270	0.157	0.071	267	0.139	0.147	0.053	0.090	0.109	266	0.167	0.104	0.089	0.333	270
E	0.172	0.304	0.175	0.052	326	0.134	0.130	0.103	0.103	0.090	322	0.175	0.089	0.092	0.316	326
N	0.177	0.271	0.151	0.076	661	0.186	0.105	0.060	0.081	0.124	651	0.131	0.122	0.087	0.366	666
OR	0.183	0.291	0.091	0.080	175	0.222	0.090	0.084	0.030	0.204	167	0.171	0.114	0.091	0.381	176
	HLA-DRB1								HLA-DQB1
	01	03	04	07	11	13	15	2n	02	03	05	06	2n
SW	0.106	0.156	0.240	0.100	0.065	0.109	0.122	321	0.225	0.338	0.184	0.225	320
CN	0.105	0.165	0.173	0.102	0.094	0.109	0.132	266	0.229	0.342	0.150	0.259	266
E	0.079	0.142	0.195	0.145	0.085	0.101	0.123	318	0.280	0.341	0.137	0.213	314
N	0.116	0.144	0.177	0.147	0.055	0.090	0.164	654	0.262	0.308	0.150	0.253	652
OR	0.061	0.141	0.160	0.184	0.043	0.086	0.209	163	0.267	0.320	0.111	0.273	172
	HLA-A, -B and -DRB1 haplotypes
	01-08-03	03-07-15	02-44-04	02-07-15	02-15-04	29-44-07	2n
SW	0.076	0.023	0.030	0.020	0.030	0.003	304
CN	0.088	0.023	0.012	0.012	0.008	0.008	260
E	0.077	0.026	0.016	0.026	0.019	0.016	310
N	0.062	0.019	0.021	0.015	0.011	0.011	623
OR	0.051	0.013	0.044	0.051	0.013	0.044	158
	MC1R (rs1805007)		MC1R (rs1805008)		ABO (rs7853989)
	C	2n	C	2n	C	2n
SW	0.906	340	0.945	328	0.929	328
CN	0.924	264	0.909	264	0.893	270
E	0.908	326	0.932	310	0.920	326
N	0.910	652	0.934	664	0.914	660
OR	0.887	194	0.906	192	0.828	192

The NRY haplogroups are those that are the most common in Europe, while the HLA alleles (low, allele group, resolution) are those that have a frequency of >7.5% in at least one region. The estimated frequencies of the six most common HLA-A, -B -and DRB1 haplotypes are also shown. Only the major allele frequencies are presented for the MC1R and ABO SNPs. Populations are grouped into regions as defined in the main text. The regions are: SW (Cornwall, Devon and Pembrokeshire), CN (Oxfordshire and the Forest of Dean), E (Sussex, Kent, Norfolk and Lincolnshire), N (Cumbria, Yorkshire and the North East) and OR (Orkney).