Table 5. Type I error rates in presence of population stratification and admixture for and .

	MAFs	pp	l =	l =	l =	l =	l =
0.01	0.1	0.5	0.013	0.008	0.008	0.010	0.007
0.01	0.3	0.5	0.014	0.010	0.007	0.010	0.007
0.01	0.5	0.5	0.006	0.009	0.007	0.010	0.009
0.01	0.1	0.75	0.014	0.010	0.009	0.012	0.012
0.01	0.3	0.75	0.017	0.009	0.012	0.015	0.014
0.01	0.5	0.75	0.015	0.010	0.014	0.007	0.009
0.01	0.1	0.833	0.011	0.010	0.008	0.015	0.005
0.01	0.3	0.833	0.013	0.007	0.009	0.012	0.008
0.01	0.5	0.833	0.012	0.007	0.013	0.017	0.007
0.05	0.1	0.5	0.062	0.047	0.043	0.053	0.052
0.05	0.3	0.5	0.063	0.060	0.043	0.048	0.047
0.05	0.5	0.5	0.044	0.055	0.045	0.050	0.048
0.05	0.1	0.75	0.056	0.048	0.056	0.061	0.064
0.05	0.3	0.75	0.061	0.056	0.053	0.061	0.063
0.05	0.5	0.75	0.056	0.050	0.061	0.060	0.058
0.05	0.1	0.833	0.056	0.045	0.046	0.053	0.049
0.05	0.3	0.833	0.060	0.044	0.047	0.061	0.049
0.05	0.5	0.833	0.046	0.044	0.053	0.071	0.056
0.01	0.1	0.5	0.013	0.016	0.009	0.008	0.008
0.01	0.3	0.5	0.014	0.014	0.010	0.008	0.004
0.01	0.5	0.5	0.006	0.017	0.010	0.010	0.015
0.01	0.1	0.75	0.014	0.010	0.012	0.008	0.006
0.01	0.3	0.75	0.017	0.009	0.008	0.008	0.005
0.01	0.5	0.75	0.015	0.007	0.008	0.010	0.009
0.01	0.1	0.833	0.011	0.007	0.011	0.008	0.008
0.01	0.3	0.833	0.013	0.009	0.010	0.010	0.008
0.01	0.5	0.833	0.012	0.008	0.013	0.009	0.008
0.05	0.1	0.5	0.062	0.068	0.051	0.052	0.057
0.05	0.3	0.5	0.062	0.065	0.055	0.048	0.047
0.05	0.5	0.5	0.044	0.068	0.049	0.053	0.065
0.05	0.1	0.75	0.056	0.050	0.052	0.059	0.056
0.05	0.3	0.75	0.061	0.047	0.048	0.065	0.058
0.05	0.5	0.75	0.056	0.058	0.046	0.051	0.056
0.05	0.1	0.833	0.056	0.050	0.050	0.055	0.055
0.05	0.3	0.833	0.060	0.048	0.050	0.058	0.059
0.05	0.5	0.833	0.046	0.050	0.074	0.073	0.061

Results for different minor allele frequencies (MAFs) in the second subpopulation (q) and different proportion of trios from the first subpopulation (pp), obtained by (top half) and (bottom half) for nominal levels and and haplotypes of length , , , and (columns to respectively).