Table 6.
Genetic distance (Nei, 1978) among the weedy rice (Oryza sativa f. spontanea) populations, groups of cultivated (O. sativa) and wild rice (O. rufipogon) with different origins
| G. D. | dg1 | dg2 | dg3 | dg4 | dg5 | hc1 | hc2 | hc3 | hc4 | hc5 | ps1 | ps2 | ps3 | ps4 | ps5 | sjt1 | sjt2 | sjt3 | sjt4 | sjt5 | tl1 | tl2 | tl3 | tl4 | tl5 | zh1 | zh2 | zh3 | zh4 | zh5 | c-LN | jap-Ch | in-Ch | c-JK | c-Ph | w-Ch | w-SEA | w-SA |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| dg1 | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dg2 | 0 | – | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dg3 | 0 | 0·001** | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dg4 | 0 | 0·001** | 0·001* | – | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dg5 | 0 | 0·000† | 0·000** | 0·000† | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| hc1 | 0·362 | 0·362 | 0·371 | 0·349 | 0·369 | – | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| hc2 | 0·286 | 0·284 | 0·284 | 0·272 | 0·290 | 0·172 | – | |||||||||||||||||||||||||||||||
| hc3 | 0·402 | 0·400 | 0·401 | 0·387 | 0·407 | 0·125 | 0·055 | – | ||||||||||||||||||||||||||||||
| hc4 | 0·388 | 0·386 | 0·385 | 0·368 | 0·392 | 0·223 | 0·049 | 0·132 | – | |||||||||||||||||||||||||||||
| hc5 | 0·276 | 0·273 | 0·283 | 0·260 | 0·281 | 0·110 | 0·110 | 0·095 | 0·132 | – | ||||||||||||||||||||||||||||
| ps1 | 0·208 | 0·204 | 0·210 | 0·210 | 0·213 | 0·268 | 0·151 | 0·169 | 0·283 | 0·209 | – | |||||||||||||||||||||||||||
| ps2 | 0·376 | 0·370 | 0·377 | 0·372 | 0·382 | 0·457 | 0·243 | 0·307 | 0·254 | 0·235 | 0·212 | – | ||||||||||||||||||||||||||
| ps3 | 0·235 | 0·233 | 0·235 | 0·230 | 0·239 | 0·299 | 0·157 | 0·236 | 0·217 | 0·207 | 0·132 | 0·139 | – | |||||||||||||||||||||||||
| ps4 | 0·406 | 0·405 | 0·406 | 0·393 | 0·412 | 0·403 | 0·148 | 0·239 | 0·178 | 0·218 | 0·288 | 0·231 | 0·175 | – | ||||||||||||||||||||||||
| ps5 | 0·188 | 0·185 | 0·192 | 0·181 | 0·193 | 0·195 | 0·078 | 0·120 | 0·174 | 0·079 | 0·084 | 0·170 | 0·135 | 0·127 | – | |||||||||||||||||||||||
| sjt1 | 0·419 | 0·413 | 0·426 | 0·408 | 0·424 | 0·316 | 0·227 | 0·162 | 0·334 | 0·162 | 0·191 | 0·433 | 0·440 | 0·390 | 0·168 | – | ||||||||||||||||||||||
| sjt2 | 0·304 | 0·298 | 0·310 | 0·296 | 0·309 | 0·319 | 0·195 | 0·202 | 0·269 | 0·130 | 0·152 | 0·261 | 0·325 | 0·311 | 0·099 | 0·072 | – | |||||||||||||||||||||
| sjt3 | 0·357 | 0·351 | 0·362 | 0·349 | 0·362 | 0·253 | 0·175 | 0·129 | 0·285 | 0·126 | 0·151 | 0·333 | 0·349 | 0·329 | 0·114 | 0·030 | 0·045 | – | ||||||||||||||||||||
| sjt4 | 0·349 | 0·343 | 0·354 | 0·342 | 0·354 | 0·304 | 0·179 | 0·141 | 0·280 | 0·145 | 0·142 | 0·328 | 0·351 | 0·303 | 0·117 | 0·011* | 0·055 | 0·020* | – | |||||||||||||||||||
| sjt5 | 0·334 | 0·330 | 0·341 | 0·325 | 0·339 | 0·258 | 0·200 | 0·137 | 0·347 | 0·154 | 0·134 | 0·398 | 0·379 | 0·422 | 0·130 | 0·047 | 0·081 | 0·067 | 0·059 | – | ||||||||||||||||||
| tl1 | 0·180 | 0·179 | 0·185 | 0·177 | 0·184 | 0·193 | 0·225 | 0·211 | 0·350 | 0·135 | 0·143 | 0·307 | 0·271 | 0·357 | 0·105 | 0·209 | 0·151 | 0·152 | 0·162 | 0·158 | – | |||||||||||||||||
| tl2 | 0·233 | 0·231 | 0·239 | 0·228 | 0·236 | 0·225 | 0·263 | 0·276 | 0·316 | 0·148 | 0·213 | 0·321 | 0·317 | 0·437 | 0·164 | 0·304 | 0·193 | 0·223 | 0·249 | 0·238 | 0·042* | – | ||||||||||||||||
| tl3 | 0·327 | 0·322 | 0·333 | 0·318 | 0·332 | 0·254 | 0·203 | 0·186 | 0·240 | 0·083 | 0·196 | 0·275 | 0·330 | 0·313 | 0·115 | 0·134 | 0·071 | 0·087 | 0·104 | 0·137 | 0·082 | 0·069 | – | |||||||||||||||
| tl4 | 0·223 | 0·219 | 0·227 | 0·217 | 0·227 | 0·234 | 0·148 | 0·157 | 0·257 | 0·104 | 0·120 | 0·287 | 0·256 | 0·307 | 0·058 | 0·139 | 0·074 | 0·096 | 0·113 | 0·075 | 0·081 | 0·107 | 0·055 | – | ||||||||||||||
| tl5 | 0·186 | 0·184 | 0·190 | 0·186 | 0·192 | 0·201 | 0·122 | 0·131 | 0·232 | 0·119 | 0·065* | 0·203 | 0·194 | 0·274 | 0·044 | 0·161 | 0·094 | 0·098 | 0·107 | 0·103 | 0·055 | 0·082 | 0·071 | 0·036 | – | |||||||||||||
| zh1 | 0·087 | 0·087 | 0·088 | 0·085 | 0·089 | 0·318 | 0·218 | 0·305 | 0·360 | 0·252 | 0·184 | 0·331 | 0·228 | 0·386 | 0·150 | 0·363 | 0·260 | 0·292 | 0·295 | 0·284 | 0·099 | 0·152 | 0·239 | 0·168 | 0·119 | – | ||||||||||||
| zh2 | 0·075 | 0·074 | 0·073 | 0·073 | 0·075 | 0·437 | 0·247 | 0·355 | 0·377 | 0·302 | 0·192 | 0·340 | 0·245 | 0·415 | 0·186 | 0·389 | 0·286 | 0·327 | 0·310 | 0·308 | 0·137 | 0·163 | 0·260 | 0·200 | 0·135 | 0·026 | – | |||||||||||
| zh3 | 0·112 | 0·112 | 0·111 | 0·108 | 0·114 | 0·397 | 0·177 | 0·278 | 0·292 | 0·237 | 0·163 | 0·274 | 0·224 | 0·325 | 0·126 | 0·304 | 0·209 | 0·253 | 0·232 | 0·232 | 0·121 | 0·139 | 0·190 | 0·137 | 0·091 | 0·041 | 0·019 | – | ||||||||||
| zh4 | 0·143 | 0·141 | 0·147 | 0·142 | 0·148 | 0·194 | 0·141 | 0·194 | 0·260 | 0·134 | 0·116 | 0·237 | 0·150 | 0·261 | 0·064 | 0·289 | 0·196 | 0·208 | 0·221 | 0·218 | 0·048 | 0·099 | 0·144 | 0·087 | 0·054 | 0·073 | 0·114 | 0·104 | – | |||||||||
| zh5 | 0·124 | 0·124 | 0·128 | 0·120 | 0·126 | 0·279 | 0·236 | 0·318 | 0·375 | 0·216 | 0·193 | 0·333 | 0·254 | 0·345 | 0·124 | 0·344 | 0·240 | 0·275 | 0·277 | 0·265 | 0·058 | 0·111 | 0·199 | 0·144 | 0·115 | 0·044 | 0·078* | 0·078* | 0·065 | – | ||||||||
| c-LN | 0·240 | 0·237 | 0·240 | 0·245 | 0·245 | 0·453 | 0·193 | 0·282 | 0·321 | 0·290 | 0·095 | 0·147 | 0·107 | 0·212 | 0·110 | 0·370 | 0·252 | 0·277 | 0·264 | 0·328 | 0·232 | 0·317 | 0·280 | 0·191 | 0·124 | 0·213 | 0·217 | 0·177 | 0·109 | 0·240 | – | |||||||
| jap-Ch | 0·477 | 0·471 | 0·477 | 0·476 | 0·483 | 0·560 | 0·409 | 0·432 | 0·531 | 0·362 | 0·271 | 0·394 | 0·318 | 0·393 | 0·268 | 0·366 | 0·292 | 0·300 | 0·309 | 0·399 | 0·356 | 0·398 | 0·336 | 0·316 | 0·315 | 0·406 | 0·449 | 0·397 | 0·346 | 0·394 | 0·312 | – | ||||||
| in-Ch | 1·067 | 1·067 | 1·070 | 1·064 | 1·067 | 1·186 | 1·190 | 1·285 | 1·162 | 1·245 | 1·015 | 1·025 | 0·811 | 1·232 | 1·095 | 1·336 | 1·086 | 1·275 | 1·222 | 1·293 | 1·099 | 1·183 | 1·327 | 1·273 | 1·111 | 1·055 | 1·071 | 1·075 | 1·099 | 1·018 | 1·089 | 0·882 | – | |||||
| c-JK | 0·573 | 0·572 | 0·572 | 0·574 | 0·576* | 0·888 | 0·613 | 0·819 | 0·704 | 0·744 | 0·539 | 0·585 | 0·494 | 0·733 | 0·580 | 0·895 | 0·748 | 0·774 | 0·781 | 0·859 | 0·687 | 0·724 | 0·783 | 0·671 | 0·595 | 0·540 | 0·542 | 0·519 | 0·555 | 0·530 | 0·464* | 0·662* | 1·526 | – | ||||
| c-Ph | 2·432 | 2·432** | 2·474 | 2·469 | 2·478 | 1·441** | 1·632** | 1·642 | 1·465** | 1·650 | 1·820 | 1·550 | 1·298 | 1·715** | 1·899 | 1·936** | 2·157** | 1·883** | 1·794** | 2·396** | 1·956 | 2·204 | 1·964 | 2·292 | 1·889 | 1·959 | 2·448 | 2·348 | 1·729 | 2·153 | 1·722 | 1·442† | 0·860 | 2·403 | – | |||
| w-Ch | 0·785 | 0·789 | 0·792 | 0·779 | 0·790 | 0·867 | 0·806 | 0·974 | 0·923 | 0·857 | 0·793 | 0·929 | 0·716 | 0·786 | 0·760 | 1·015 | 1·023 | 0·964 | 0·930 | 1·077 | 0·778 | 0·896 | 1·008 | 0·937 | 0·864 | 0·722 | 0·791 | 0·784 | 0·712 | 0·648 | 0·792 | 0·738 | 1·050 | 0·595 | 1·455† | – | ||
| w-SEA | 1·425* | 1·442 | 1·430* | 1·416 | 1·434 | 1·338* | 1·323 | 1·467 | 1·412* | 1·456 | 1·408 | 1·341* | 1·201 | 1·421 | 1·381* | 2·093* | 1·806 | 1·988* | 1·959 | 1·658 | 1·301 | 1·459 | 1·721* | 1·472* | 1·452 | 1·229* | 1·413 | 1·396 | 1·204 | 1·206* | 1·420* | 1·696 | 1·134 | 1·883 | 1·477† | 1·014** | – | |
| w-SA | 1·496 | 1·494 | 1·494 | 1·482 | 1·498* | 1·620 | 1·387 | 1·667* | 1·424* | 1·482* | 1·541* | 1·300 | 1·220 | 1·247 | 1·380 | 1·922* | 1·827 | 1·749* | 1·728* | 2·109 | 1·562 | 1·661 | 1·784 | 1·758* | 1·599 | 1·435 | 1·468 | 1·452 | 1·351 | 1·367 | 1·273 | 1·161** | 1·563** | 1·204 | 1·793 | 0·693* | 0·443† | – |
Symbols are the results of significance tests (1000 permutations) of genetic distances between pairs of groups. †P < 0.05); **P < 0.05); *P < 0.01); others without symbols = P = 0.001). Levels of genetic distance among nearly all different clusters were significant.