TABLE 6.

Comparison of EMMOL Precision with Normalization Method Using Only iTRAQ Ratios

5 μg/100 μg (114/117)	25 μg/100 μg (115/117)	50 μg/100 μg (116/117)	100 μg/100 μg (117/117)	SwissProt entry name	114 normalized to 100	115 normalized to 100	116 normalized to 100	117 normalized to 100	(A) sd/avg using only iTRAQ ratios	(B) sd/avg using EMMOL	EMMOL advantage, A/B
A	B	C	D	E	G	H	I	J	K	L	M
0.06	0.28	0.55	1	GRCA_ECOBW	0.18	0.19	0.20	0.19	3.05	1.93	1.58
0.06	0.28	0.58	1	RS10_ECO24	0.21	0.19	0.21	0.19	4.61	5.04	0.91
0.06	0.31	0.59	1	RL11_ECO24	0.19	0.21	0.21	0.19	5.03	4.73	1.06
0.05	0.25	0.50	1	HNS_ECOLI	0.16	0.17	0.18	0.19	7.37	6.24	1.18
0.06	0.28	0.50	1	CSPC_ECOLI	0.20	0.19	0.18	0.19	4.06	5.08	0.80
0.06	0.29	0.55	1	EFTU1_ECO24	0.18	0.20	0.20	0.19	3.58	2.86	1.25
0.05	0.25	0.58	1	RL7_ECO24	0.16	0.17	0.21	0.19	11.39	10.21	1.12
0.07	0.28	0.55	1	TALB_ECOLI	0.23	0.19	0.20	0.19	8.65	9.83	0.88
0.07	0.26	0.53	1	RL1_ECO24	0.23	0.18	0.19	0.19	10.59	11.69	0.91
0.05	0.27	0.52	1	TNAA_ECOBW	0.18	0.18	0.19	0.19	3.64	2.50	1.46
0.05	0.24	0.52	1	CSRA_ECOBW	0.17	0.16	0.18	0.19	7.69	6.65	1.16
0.05	0.32	0.58	1	AHPC_ECOLI	0.17	0.22	0.21	0.19	10.74	10.18	1.05
0.05	0.27	0.53	1	DBHA_ECOLI	0.15	0.18	0.19	0.19	9.64	8.53	1.13
0.06	0.27	0.52	1	RS4_ECO24	0.18	0.18	0.18	0.19	2.99	2.19	1.36
0.07	0.28	0.51	1	RL9_ECO24	0.21	0.19	0.18	0.19	6.88	8.12	0.85
0.06	0.28	0.54	1	RS1_ECO57	0.18	0.19	0.19	0.19	3.15	1.85	1.70
0.05	0.30	0.56	1	OMPA_ECOLI	0.17	0.20	0.20	0.19	6.48	5.61	1.15
0.06	0.24	0.56	1	ALKH_ECOLI	0.19	0.17	0.20	0.19	8.12	7.59	1.07
0.06	0.27	0.54	1	ATPB_ECOBW	0.21	0.18	0.19	0.19	5.71	6.63	0.86
0.05	0.27	0.57	1	RL3_ECO24	0.17	0.18	0.21	0.19	7.30	6.11	1.19
0.06	0.25	0.52	1	RBSB_ECOLI	0.18	0.17	0.19	0.19	5.17	4.56	1.13
0.06	0.27	0.56	1	RS3_ECO24	0.20	0.18	0.20	0.19	3.57	3.69	0.97
0.06	0.31	0.55	1	RL5_ECO24	0.19	0.21	0.20	0.19	4.19	4.33	0.97
0.06	0.27	0.53	1	G3P1_ECO57	0.18	0.18	0.19	0.19	3.28	2.23	1.47
0.06	0.43	0.56	1	RS6_ECO24	0.18	0.29	0.20	0.19	22.78	22.96	0.99
0.07	0.29	0.51	1	RL10_ECO24	0.23	0.19	0.18	0.19	10.98	12.32	0.89
0.06	0.26	0.51	1	ATPF_ECODH	0.18	0.17	0.18	0.19	3.87	3.64	1.06
0.05	0.26	0.53	1	EFTS_ECOBW	0.18	0.18	0.19	0.19	4.32	3.16	1.37
0.05	0.26	0.50	1	THIO_ECOLI	0.17	0.18	0.18	0.19	4.37	3.44	1.27
0.05	0.27	0.53	1	TIG_ECOBW	0.17	0.18	0.19	0.19	4.71	3.44	1.37
30.5	147.5	278.7	522.0		100.0	100.0	100.0	100.0

Data from Table 3 are normalized without EMMOL (columns G–K), and the sd/average in percent is shown in column K. Data from Table 3 using EMMOL are shown in column L. Values in column K/column L give the EMMOL advantage as ratios >1 in two-thirds of proteins.