Skip to main content
. 2012 Mar 7;13(3):3085–3100. doi: 10.3390/ijms13033085

Table 1.

Alignment, frequencies and haplotypes of rpS7 in Coilia nasus.

Sequence Frequency Haplotype

Code 0000000001111111112222222233333344444444444555555555555566666666677777
5555577880015568990113459934566912233668899000011233456900113344812234
2567856171930927561485444627616220556057938346907548233347461801121943
JJ1a tgtggattttacttcgacttgttaatttacccaagatatacattaggattgctctatactaaacacttga 2 H1
JJ1b a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . g . . . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . a . c . . . . . . . . . g . . . c . 3 H2
JJ2a . . . . . c . . . . . . . . . . . . . . . c . . g . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . . . . . . . g . . c c . 1 H3
JJ2b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . . . . . . . . . . c . . . g . . g t . . c . 2 H4
JJ3 . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . . . a . . . . . . . t . . . . c c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c t . . . . . g . . . c . 3 H5
JJ4 a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . c . g . . . . . g . a - - . . . . . t . . . . . . . . . t g . . . c . 2 H6
JJ5a a . . . t . . . . . . a . . . . . . . . . . . . . c . . . . . - . . . c . g . . . g . g . a . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . c g 2 H7
JJ5b a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . c . g . . . . . g . a - - . c . . . t . . . . . . . . . t g . . . c . 2 H8
PY1 a . . . t . . . . . . a . . . . . . . . . . . . . c . . . . . - . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . . . a . . . . . . . g . . . c . 3 H9
PY2 a a . . . . c . . a . a a . t . . . c c . . . . . c . c . g . . . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . c g . . . . . . . . g . . . c . 2 H10
PY3a a . . . t . . c . . . a . . . . . . . . . . . . . c . . . . . - . . . c . g . . . . c g . a . . . . . . . . . . . . . . . . - . g . . . c . 2 H11
PY3b a . . . t . . . . . . a . . . . . . . . . . . . . c . . . . . - . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . c . 5 H12
PY4 a . . . t . . . . . . a . . . . . . . . . . c . . c . . . . . - . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . . . a . . c . . . . g . . . c . 6 H13
TH1a . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . c . 2 H14
TH1b . . . . . . . . . . g . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . t . . . . . c . . g . . . g . . . c . 1 H15
TH2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . c . c . 3 H16
TH3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . c . 3 H17
TH4 . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . c . 5 H18
TH5b . . . . . . . . c . g . . . . . . . . . . . . t . . . . . . . . . . . . . . . g t . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . c . 2 H19
TH6a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c t . . . . . g . . . c . 3 H20
TH6b . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . c . . . . . . . . . c . . c . . . . . . . . . . . a . . . . . . c t . . . . . g . . . c . 2 H21
YE1 a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . g . . . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . c . . . . . . . . . g . . . c . 3 H22
YE2 a a . . . . c . . . . a a . t . . . . . . . . . . c . . . g . . . . . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . c . . . . . . . . . g . . . c . 3 H23
XS1b a . . . . . . . . . . a . . . . - - . . . . . . . c . . . . . . g . . c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . . c . 2 H24
XS2b a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . . . . . . . c . g . . . . . g . a - - . . . . . t . . . . . . . . . t g . c . c . 2 H25
WH1 a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . a . . . . . . . g . c . g . . . . . g . a . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . c . 3 H26
WH2 a a . . . . c . . . . a . . t . . . . . . . . . . c . . . g . . . . t c . g . . . . . g . a . . . . . . . . . . . . . . . . . . g . . . c . 3 H27
WH4 a . . . . . . . . . . a . . . . - - . . . . . . . c . . . . . . g . . c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . . . 6 H28
AS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c . . . . . . g . . . c . 15 H29