Table A1. Comparative nucleotide sequence analysis of partial 3D polymerase.

HEV71 Isolates	CV-A16/G10	CV-A14	Sha63	Sha66	CV-A5	CV-A2	CV-A10	CV-A12	CV-A7	BrCr	MS87	UH1	Sha89	5666	5865	Sha52	Sha71	TW 2086	NCKU 9822	Tainan4643	Tainan5746	Tainan6092	176044
CV-A16/G10		86	86	86	78	75	76	75	76	76	76	80	80	80	80	81	81	80	80	80	80	80	80
CV-A14			83	83	79	77	76	76	75	78	76	77	77	77	77	80	80	80	80	80	80	80	80
Sha63				100	78	76	76	78	76	75	77	78	77	78	79	81	80	80	80	80	80	80	81
Sha66					78	76	76	78	76	75	77	78	77	78	79	81	81	80	81	81	81	81	81
CV-A5						83	82	80	81	79	84	84	83	84	84	84	83	83	84	83	83	83	83
CV-A2							90	86	81	85	82	82	82	83	83	81	81	81	81	82	82	82	82
CV-A10								86	81	83	81	82	82	82	82	79	79	80	80	80	80	80	80
CV-A12									82	86	82	81	80	83	83	80	81	81	81	80	80	80	80
CV-A7										81	81	82	82	83	83	82	82	81	80	81	81	81	81
BrCr											79	80	80	81	81	80	80	80	80	80	80	80	80
MS87												87	87	88	89	80	81	79	79	79	79	79	79
UH1													98	96	96	82	81	81	81	81	81	81	81
Sha89														95	95	82	81	80	81	81	81	81	81
5666															99	81	81	80	80	80	80	80	80
5865																81	82	81	81	80	80	80	80
Sha52																	99	95	95	96	96	96	96
Sha71																		96	95	96	96	96	96
TW2086																			99	99	99	99	99
NCKU9822																				99	99	99	99
Tainan4643																					100	100	100
Tainan5746																						100	100
Tainan6092																							100
176044