Table A1. Deduced amino acid substitutions for West Nile virus isolates, Upper Texas Gulf Coast, USA*.
| Gene | Position | 1999 |
2005 |
2006 |
2007 |
2008 |
2009 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NY99 | M12214 | TX5058 | TX5810 | M6019 | TX6276 | TX6647 | TX6747 | M19433 | TX7191 | TX7558 | M37012 | M37906 | TX7827 | M38488 | M20140 | M20141 | M20122 | |||||||
| C |
39* | D | · | · | · | N | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 109 |
T |
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·
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I |
I |
·
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| PrM/M |
88 | R | · | · | · | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 122 | V | · | · | · | · | · | I | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 140 | V | · | · | · | · | · | · | I | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 156 |
V |
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I |
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| E |
49 | E | · | · | · | · | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 70 | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | I | · | I | · | · | · | ||||||
| 159 | V | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | ||||||
| 431 | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | F | ||||||
| 460 | I | · | · | · | · | M | · | · | · | · | · | L | L | · | L | L | L | L | ||||||
| 475 |
N |
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S |
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| NS2A |
90 | M | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | |||||
| 98 | R | · | · | G | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 118 | Y | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | H | ||||||
| 124 | I | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 137 | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | V | · | ||||||
| 224 |
A |
|
V |
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| NS2B |
41 | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 99 |
M |
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T |
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| NS3 |
106 | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | |||||
| 160 | S | · | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 162 | I | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 213 | I | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | M | · | · | · | ||||||
| 355 | Y | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | H | · | · | · | · | ||||||
| 365 | S | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||||
| 486 | F | · | L | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 562 |
R |
|
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·
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K |
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| NS4A |
65 | M | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 85 |
A |
|
T |
·
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·
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|
T |
·
|
T |
·
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|
T |
|
·
|
·
|
·
|
·
|
·
|
·
|
·
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| NS4B |
33 | L | · | · | · | F | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 116 | T | · | · | · | · | · | · | A | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 176 | I | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 240 |
I |
|
·
|
·
|
|
M |
M |
M |
|
·
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·
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|
·
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·
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M |
M |
·
|
M |
M |
M |
M |
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| NS5 | 21 | K | · | · | · | · | · | R | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |||||
| 91 | M | · | · | · | · | · | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 314 | K | · | · | · | · | · | · | · | R | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 395 | M | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | I | · | · | · | · | · | ||||||
| 422 | R | · | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 640 | L | · | · | P | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 661 | S | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
| 860 | A | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | ||||||
*C, capsid; PrM/M, premembrane/membrane; E, envelope, NS nonstructural. Dot indicates no change from NY99 isolate.