Table 9. Overall values for estimates of $r^2$and abs($r_{\text{ES}}^2$ −$r_{\text{HS}}^2$) and abs($r_{\text{MIH}}^2$ −$r_{\text{HS}}^2$) for pairs of SNPs for which the sire was double heterozygote using alternative methods of estimation: $r_{\text{HS}}^2$ (half-sib), $r_{\text{ES}}^2$ (Excoffier and Slatkin 1995), and $r_{\text{MIH}}^2$ (maternal informative haplotypes).

Chromosome	No. of pairs	$r_{\text{HS}}^2$	$r_{\text{ES}}^2$	$r_{\text{MIH}}^2$	abs($r_{\text{ES}}^2$ −$r_{\text{HS}}^2$)	abs($r_{\text{MIH}}^2$ −$r_{\text{HS}}^2$)
1	19344	0.089	0.266	0.933	0.207	0.850
2	12033	0.092	0.269	0.945	0.207	0.859
3	8415	0.122	0.294	0.962	0.216	0.848
4	10439	0.097	0.273	0.919	0.212	0.828
5	7380	0.115	0.287	0.920	0.217	0.814
6	13930	0.120	0.282	0.928	0.214	0.817
7	8369	0.131	0.281	0.940	0.217	0.821
8	10948	0.096	0.269	0.950	0.210	0.862
9	9631	0.106	0.281	0.929	0.216	0.830
10	7212	0.080	0.258	0.900	0.199	0.824
11	5530	0.115	0.283	0.929	0.221	0.823
12	8049	0.080	0.248	0.916	0.198	0.844
13	7982	0.105	0.271	0.923	0.212	0.829
14	5828	0.111	0.265	0.923	0.207	0.823
15	5789	0.113	0.264	0.911	0.210	0.812
16	5286	0.095	0.255	0.898	0.202	0.813
17	6340	0.091	0.270	0.916	0.209	0.830
18	6798	0.103	0.266	0.909	0.200	0.812
19	5334	0.079	0.242	0.894	0.193	0.823
20	4127	0.088	0.258	0.959	0.204	0.878
21	4107	0.083	0.246	0.898	0.200	0.825
22	4146	0.103	0.269	0.932	0.214	0.838
23	5161	0.094	0.262	0.912	0.204	0.828
24	5244	0.089	0.270	0.934	0.213	0.853
25	4703	0.104	0.245	0.889	0.196	0.798
26	3970	0.098	0.260	0.910	0.203	0.821
27	4651	0.092	0.248	0.933	0.205	0.853
28	4214	0.078	0.252	0.913	0.204	0.841
29	3912	0.082	0.239	0.922	0.191	0.847
Overall	208872	0.100	0.267	0.925	0.208	0.834

abs, the absolute value of the difference.